More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4019 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4019  inner-membrane translocator  100 
 
 		 411 aa  802    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0995  inner-membrane translocator  75.25 
 
 		 410 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178481  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0299  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  75.98 
 
 		 410 aa  561  1.0000000000000001e-159  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1943  inner-membrane translocator  75.49 
 
 		 410 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  46.32 
 
 		 377 aa  276  4e-73  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  43.17 
 
 		 390 aa  276  6e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.5 
 
 		 384 aa  272  6e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  44.28 
 
 		 392 aa  270  2.9999999999999997e-71  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 375 aa  269  8e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  46.38 
 
 		 397 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  44.2 
 
 		 387 aa  265  1e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  42.86 
 
 		 389 aa  265  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  44.8 
 
 		 377 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  46.38 
 
 		 401 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.09 
 
 		 391 aa  260  3e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 367 aa  257  2e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  42.49 
 
 		 403 aa  258  2e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.54 
 
 		 414 aa  257  3e-67  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  43.06 
 
 		 377 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  45.86 
 
 		 432 aa  254  2.0000000000000002e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  43.39 
 
 		 378 aa  254  2.0000000000000002e-66  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  44.41 
 
 		 367 aa  252  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.64 
 
 		 382 aa  251  1e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.52 
 
 		 405 aa  251  2e-65  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  43.52 
 
 		 371 aa  249  7e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.35 
 
 		 387 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 388 aa  246  6e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  45.22 
 
 		 386 aa  246  6.999999999999999e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.9 
 
 		 383 aa  245  9.999999999999999e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.93 
 
 		 358 aa  244  9.999999999999999e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  43.86 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.15 
 
 		 359 aa  244  3e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.04 
 
 		 381 aa  243  5e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.86 
 
 		 359 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  44.44 
 
 		 359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  44.44 
 
 		 359 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  44.51 
 
 		 394 aa  240  4e-62  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.69 
 
 		 359 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  42.36 
 
 		 385 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.51 
 
 		 394 aa  239  9e-62  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  42.4 
 
 		 359 aa  238  1e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 380 aa  238  1e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  43.14 
 
 		 384 aa  238  1e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.1 
 
 		 395 aa  237  2e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 364 aa  237  2e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  44.48 
 
 		 400 aa  237  3e-61  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  42.98 
 
 		 359 aa  237  3e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 395 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 395 aa  237  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.67 
 
 		 406 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.89 
 
 		 395 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 400 aa  235  9e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  44.19 
 
 		 340 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  44.19 
 
 		 400 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  46.02 
 
 		 387 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.15 
 
 		 401 aa  233  3e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.5 
 
 		 418 aa  233  5e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1086  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.76 
 
 		 372 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.15 
 
 		 394 aa  228  1e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  44.22 
 
 		 350 aa  228  1e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.75 
 
 		 388 aa  227  2e-58  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.15 
 
 		 393 aa  228  2e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.75 
 
 		 389 aa  227  3e-58  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1990  inner-membrane translocator  43.64 
 
 		 357 aa  226  6e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  41.15 
 
 		 400 aa  226  7e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 404 aa  226  8e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1423  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 358 aa  223  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.78 
 
 		 398 aa  223  6e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2871  urea ABC transporter, permease protein UrtC  43.93 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00794762  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1338  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  43.93 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2792  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  43.93 
 
 		 358 aa  221  3e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.42 
 
 		 358 aa  220  3.9999999999999997e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 363 aa  219  6e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2498  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42.49 
 
 		 362 aa  218  2e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0421862  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64290  putative permease of ABC transporter  41.44 
 
 		 359 aa  211  2e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374453  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5581  urea ABC transporter permease UrtC  41.95 
 
 		 359 aa  211  3e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0992  inner-membrane translocator  40.16 
 
 		 356 aa  210  5e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2039  ABC transporter permease  41.35 
 
 		 396 aa  208  2e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal  0.266776 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  37.04 
 
 		 363 aa  194  2e-48  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.79 
 
 		 375 aa  182  9.000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  35.96 
 
 		 385 aa  181  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.46 
 
 		 376 aa  180  4e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.46 
 
 		 376 aa  180  4.999999999999999e-44  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.79 
 
 		 376 aa  179  7e-44  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.76 
 
 		 371 aa  178  1e-43  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 393 aa  177  2e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  35.82 
 
 		 389 aa  177  3e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 389 aa  176  6e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 389 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2248  putative membrane protein of ABC transport system  36.99 
 
 		 375 aa  173  3.9999999999999995e-42  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.79 
 
 		 398 aa  173  3.9999999999999995e-42  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.54 
 
 		 392 aa  171  2e-41  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29721  putative membrane protein of urea ABC transport system  37.57 
 
 		 375 aa  168  2e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 387 aa  167  4e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.12 
 
 		 404 aa  166  6.9999999999999995e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  34.01 
 
 		 376 aa  165  1.0000000000000001e-39  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>