More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1200 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  100 
 
 		 380 aa  757    Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.72 
 
 		 406 aa  550  1e-155  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  71.98 
 
 		 400 aa  546  1e-154  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  69.48 
 
 		 394 aa  547  1e-154  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  70.59 
 
 		 404 aa  544  1e-153  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.21 
 
 		 394 aa  543  1e-153  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.48 
 
 		 389 aa  542  1e-153  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4012  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  68.12 
 
 		 395 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0110439  normal  0.428227 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.74 
 
 		 388 aa  540  9.999999999999999e-153  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.06 
 
 		 395 aa  538  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  69.06 
 
 		 395 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  69.06 
 
 		 395 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.21 
 
 		 401 aa  534  1e-151  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  67.58 
 
 		 400 aa  532  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  67.86 
 
 		 400 aa  534  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  67.86 
 
 		 400 aa  533  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2253  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.75 
 
 		 398 aa  523  1e-147  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.731994  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3685  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  68.73 
 
 		 393 aa  518  1e-146  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.145721 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0952  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.09 
 
 		 394 aa  520  1e-146  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  69.64 
 
 		 340 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  69.64 
 
 		 340 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  69.64 
 
 		 340 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  69.64 
 
 		 340 aa  508  1e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2039  ABC transporter permease  71.11 
 
 		 396 aa  504  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.995222  normal  0.266776 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  66.85 
 
 		 371 aa  499  1e-140  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  62.33 
 
 		 403 aa  490  1e-137  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  62.11 
 
 		 377 aa  488  1e-137  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  64.27 
 
 		 405 aa  483  1e-135  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  64.53 
 
 		 372 aa  478  1e-134  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  65.38 
 
 		 378 aa  473  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  62.4 
 
 		 367 aa  474  1e-132  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  64.18 
 
 		 414 aa  474  1e-132  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  65.68 
 
 		 385 aa  449  1e-125  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  61.71 
 
 		 358 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1086  urea ABC transporter, permease protein UrtC  65.45 
 
 		 372 aa  447  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.25 
 
 		 359 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  66.25 
 
 		 359 aa  442  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  65.52 
 
 		 359 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  65.53 
 
 		 359 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  65.05 
 
 		 359 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  66.67 
 
 		 359 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  65.12 
 
 		 359 aa  431  1e-119  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5581  urea ABC transporter permease UrtC  67.96 
 
 		 359 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64290  putative permease of ABC transporter  67.96 
 
 		 359 aa  426  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.374453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2159  urea ABC transporter, permease protein UrtC  68.25 
 
 		 358 aa  419  1e-116  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.708792  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1423  inner-membrane translocator  63.22 
 
 		 358 aa  421  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  58.67 
 
 		 377 aa  419  1e-116  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  61.38 
 
 		 375 aa  416  9.999999999999999e-116  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2498  urea ABC transporter, permease protein UrtC  68.25 
 
 		 362 aa  409  1e-113  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0421862  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  59.4 
 
 		 390 aa  405  1.0000000000000001e-112  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  65.84 
 
 		 363 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2792  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  64.52 
 
 		 358 aa  402  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1990  inner-membrane translocator  63.35 
 
 		 357 aa  404  1e-111  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.17029 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1338  hydrophobic amino acid ABC transporter permease  64.52 
 
 		 358 aa  403  1e-111  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2871  urea ABC transporter, permease protein UrtC  64.52 
 
 		 358 aa  403  1e-111  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00794762  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  58.19 
 
 		 392 aa  402  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  59 
 
 		 386 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.27 
 
 		 391 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  56.25 
 
 		 387 aa  396  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  60.56 
 
 		 397 aa  397  1e-109  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 401 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  58.6 
 
 		 432 aa  393  1e-108  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  57.96 
 
 		 389 aa  394  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  55.39 
 
 		 367 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  54.39 
 
 		 384 aa  390  1e-107  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  57.7 
 
 		 377 aa  388  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  55.79 
 
 		 383 aa  385  1e-106  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.34 
 
 		 387 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  54.57 
 
 		 382 aa  381  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0992  inner-membrane translocator  61.77 
 
 		 356 aa  380  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  58.52 
 
 		 388 aa  376  1e-103  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  58.05 
 
 		 384 aa  375  1e-103  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  54.67 
 
 		 364 aa  376  1e-103  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  59.34 
 
 		 387 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  56.35 
 
 		 381 aa  360  2e-98  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  49.7 
 
 		 418 aa  348  1e-94  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  47.97 
 
 		 363 aa  298  7e-80  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  46.3 
 
 		 382 aa  284  2.0000000000000002e-75  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  42.06 
 
 		 350 aa  277  2e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  44.05 
 
 		 372 aa  260  2e-68  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 393 aa  254  2.0000000000000002e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2776  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.2 
 
 		 352 aa  252  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.7 
 
 		 376 aa  249  7e-65  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.66 
 
 		 398 aa  246  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0299  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 		 410 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.765478  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1943  inner-membrane translocator  41.69 
 
 		 410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.12 
 
 		 385 aa  237  3e-61  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4019  inner-membrane translocator  40.94 
 
 		 411 aa  236  6e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.70134 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 351 aa  236  7e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 389 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38 
 
 		 392 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.12 
 
 		 383 aa  233  5e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.94 
 
 		 384 aa  231  2e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 		 391 aa  229  6e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.06 
 
 		 368 aa  229  6e-59  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 411 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.36 
 
 		 404 aa  227  2e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0995  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 410 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.178481  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  37 
 
 		 389 aa  226  4e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.93 
 
 		 396 aa  226  7e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>