More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3862 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1254  inner-membrane translocator  95.82 
 
 		 383 aa  669    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3862  inner-membrane translocator  100 
 
 		 383 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.938574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  91.91 
 
 		 383 aa  658    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  72.37 
 
 		 376 aa  547  1e-154  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0656  branched chain amino acid ABC transporter permease  80.58 
 
 		 379 aa  542  1e-153  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.370011 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.19 
 
 		 383 aa  520  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  74.48 
 
 		 384 aa  519  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0637205 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3570  urea ABC transporter, permease protein UrtC  74.87 
 
 		 393 aa  512  1e-144  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.107827  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3688  urea ABC transporter, permease protein UrtC  77.59 
 
 		 393 aa  508  1e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.852512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3379  urea ABC transporter, permease protein UrtC  77.59 
 
 		 393 aa  508  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  71.39 
 
 		 389 aa  503  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  71.08 
 
 		 389 aa  501  1e-141  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5510  urea ABC transporter, permease protein UrtC  80.24 
 
 		 390 aa  501  1e-140  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.762054 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  71.08 
 
 		 389 aa  500  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  66.22 
 
 		 391 aa  496  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  69.62 
 
 		 411 aa  495  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  70.33 
 
 		 387 aa  486  1e-136  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  66.05 
 
 		 389 aa  483  1e-135  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  67.95 
 
 		 404 aa  478  1e-134  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.58 
 
 		 396 aa  474  1e-132  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1595  urea ABC transporter, permease protein UrtC  69.73 
 
 		 384 aa  466  9.999999999999999e-131  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  67.7 
 
 		 401 aa  454  1.0000000000000001e-126  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3865  inner-membrane translocator  73.03 
 
 		 399 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3114  urea ABC transporter, permease protein UrtC  61.52 
 
 		 382 aa  435  1e-121  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  56.93 
 
 		 351 aa  368  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2203  inner-membrane translocator  53.75 
 
 		 380 aa  338  7e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.148404  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2416  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  53.15 
 
 		 380 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  43.77 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  42 
 
 		 368 aa  279  5e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  44.74 
 
 		 372 aa  279  6e-74  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  41.83 
 
 		 393 aa  275  8e-73  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.71 
 
 		 398 aa  273  4.0000000000000004e-72  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1672  urea ABC transporter, permease protein UrtC  44.35 
 
 		 392 aa  270  2.9999999999999997e-71  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.569838  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2005  urea ABC transporter, permease protein UrtC  46.25 
 
 		 361 aa  265  1e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2776  urea ABC transporter, permease protein UrtC  45.61 
 
 		 352 aa  262  6e-69  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  45.15 
 
 		 385 aa  259  4e-68  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2289  inner-membrane translocator  46.08 
 
 		 367 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.995784  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2336  inner-membrane translocator  46.08 
 
 		 367 aa  252  8.000000000000001e-66  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.112184  normal  0.257674 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2328  inner-membrane translocator  46.08 
 
 		 367 aa  251  2e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.228021  normal  0.0755161 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3800  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 370 aa  249  5e-65  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  40.4 
 
 		 386 aa  247  2e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.42 
 
 		 376 aa  246  4.9999999999999997e-64  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.42 
 
 		 376 aa  246  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.42 
 
 		 376 aa  246  6.999999999999999e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2248  putative membrane protein of ABC transport system  43.06 
 
 		 375 aa  242  7e-63  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.85 
 
 		 382 aa  242  7e-63  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0702  urea ABC transporter, permease protein UrtC  45.27 
 
 		 409 aa  242  7.999999999999999e-63  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000476428 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  39.82 
 
 		 363 aa  239  5e-62  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  40.06 
 
 		 375 aa  239  5.999999999999999e-62  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2988  ABC transporter inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 390 aa  238  9e-62  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.641521 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.12 
 
 		 387 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2594  inner-membrane translocator  44.01 
 
 		 370 aa  235  1.0000000000000001e-60  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.907756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  40.06 
 
 		 367 aa  234  3e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 377 aa  234  3e-60  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  40.76 
 
 		 371 aa  233  5e-60  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 375 aa  230  3e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  41.32 
 
 		 381 aa  230  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.65 
 
 		 392 aa  228  1e-58  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.76 
 
 		 382 aa  227  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.11 
 
 		 418 aa  228  2e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  35.36 
 
 		 377 aa  227  3e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 401 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.08 
 
 		 383 aa  226  4e-58  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3061  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.88 
 
 		 387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.992528  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4186  inner-membrane translocator  40.72 
 
 		 388 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.35336 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29721  putative membrane protein of urea ABC transport system  41.19 
 
 		 375 aa  225  1e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0228  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like  38.51 
 
 		 432 aa  224  2e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.836611 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  37.96 
 
 		 389 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  39.58 
 
 		 384 aa  224  3e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.02 
 
 		 387 aa  223  3e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  39.68 
 
 		 378 aa  223  6e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.62 
 
 		 391 aa  223  6e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.61 
 
 		 414 aa  222  7e-57  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 397 aa  222  8e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1200  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 380 aa  222  9e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.729253  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 367 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1021  inner-membrane translocator  38.26 
 
 		 384 aa  217  2.9999999999999998e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.744628  normal  0.313599 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 371 aa  216  4e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.65 
 
 		 405 aa  215  8e-55  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1504  urea ABC transporter, permease protein UrtC  38.24 
 
 		 373 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  36.65 
 
 		 400 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4900  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.54 
 
 		 359 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153709 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  38.17 
 
 		 403 aa  214  1.9999999999999998e-54  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1955  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.67 
 
 		 382 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0588  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 359 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.98768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1287  urea ABC transporter, permease protein UrtC  40.38 
 
 		 373 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 359 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.22 
 
 		 359 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  35.83 
 
 		 406 aa  211  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1868  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.68 
 
 		 389 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.514988  normal  0.284901 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2191  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.68 
 
 		 388 aa  211  1e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.304741  normal  0.131499 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  37.23 
 
 		 359 aa  212  1e-53  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3209  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 372 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0890625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 377 aa  211  2e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2744  urea ABC transporter, permease protein UrtC  36.96 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0785  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 394 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.85 
 
 		 359 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3500  urea ABC transporter, permease protein UrtC  47.13 
 
 		 373 aa  209  4e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.975669  normal  0.196698 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0190  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 364 aa  210  4e-53  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>