More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4290 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_4290  inner-membrane translocator  100 
 
 		 357 aa  697    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00962699 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3204  branched chain amino acid ABC transporter permease  59.71 
 
 		 354 aa  407  1.0000000000000001e-112  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.975304 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3018  inner-membrane translocator  59.71 
 
 		 350 aa  388  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.322534 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2665  inner-membrane translocator  61.4 
 
 		 354 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132153  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3320  inner-membrane translocator  60.66 
 
 		 348 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5757  inner-membrane translocator  49.04 
 
 		 356 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0807  inner-membrane translocator  51.84 
 
 		 352 aa  277  2e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1562  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 368 aa  229  8e-59  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4450  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.33 
 
 		 351 aa  156  5.0000000000000005e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0565603 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0351  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 353 aa  136  6.0000000000000005e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 352 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2258  urea ABC transporter, permease protein UrtC  31.21 
 
 		 398 aa  118  9.999999999999999e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3238  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.15 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00689363  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3589  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.16 
 
 		 404 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  27.38 
 
 		 351 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1046  putative membrane protein of urea ABC transport system  28.71 
 
 		 371 aa  110  5e-23  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.812032  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0128  inner-membrane translocator  29.19 
 
 		 393 aa  109  7.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0235015 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19171  putative membrane protein of urea ABC transport system  28.71 
 
 		 375 aa  108  1e-22  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.514587  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4076  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  25.72 
 
 		 391 aa  107  2e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.224441  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0566  inner-membrane translocator  26.43 
 
 		 411 aa  108  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1709  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  26.02 
 
 		 387 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0393894  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3143  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.54 
 
 		 401 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.8095  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2864  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.23 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 358 aa  104  2e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  26.21 
 
 		 375 aa  104  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2618  putative membrane protein of urea ABC transport system  27.08 
 
 		 382 aa  103  4e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0303421  normal  0.395432 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2973  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  26.36 
 
 		 383 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.604364  normal  0.198493 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0054  ABC transporter related  27.18 
 
 		 604 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 652 aa  102  1e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3933  urea ABC transporter, permease protein UrtC  27.86 
 
 		 414 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3734  inner-membrane translocator  24.41 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5670  urea ABC transporter, permease protein UrtC  24.41 
 
 		 389 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0978  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.6 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.903791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0827  putative membrane protein of urea ABC transport system  27.3 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.924507  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1504  urea ABC transporter, permease protein UrtC  24.67 
 
 		 373 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_08841  putative membrane protein of urea ABC transport system  27.06 
 
 		 376 aa  100  4e-20  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  28.18 
 
 		 315 aa  100  4e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4634  inner-membrane translocator  24.41 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_08861  putative membrane protein of urea ABC transport system  26.73 
 
 		 376 aa  99.8  7e-20  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1502  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.89 
 
 		 401 aa  99.4  8e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0256757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0988  inner-membrane translocator  27.47 
 
 		 404 aa  99.4  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.791392  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4363  inner-membrane translocator  28.75 
 
 		 372 aa  99  1e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.283933  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0222  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25 
 
 		 396 aa  99  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1773  inner-membrane translocator  24.93 
 
 		 389 aa  98.6  1e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.874447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3700  inner-membrane translocator  25.13 
 
 		 389 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.845497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0699  putative permease transporter transmembrane protein  26.13 
 
 		 378 aa  98.6  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0568286  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4189  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.43 
 
 		 391 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3491  ABC transporter membrane spanning protein (urea/amide)  26.06 
 
 		 386 aa  97.4  3e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0954  inner-membrane translocator  27.84 
 
 		 400 aa  97.4  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.449226  normal  0.150599 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28.62 
 
 		 407 aa  97.1  4e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1436  inner-membrane translocator  29.07 
 
 		 371 aa  97.1  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2999  inner-membrane translocator  27.19 
 
 		 377 aa  97.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.336157  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 332 aa  97.4  4e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.3 
 
 		 359 aa  97.1  5e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1821  inner-membrane translocator  28.43 
 
 		 382 aa  96.7  6e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3248  branched chain amino acid ABC tranpsorter permease/ATP-binding protein  29.19 
 
 		 589 aa  96.7  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.425684 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1287  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.49 
 
 		 373 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2618  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.65 
 
 		 382 aa  96.3  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0436574 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7016  branched chain amino acid ABC transporter permease  26.2 
 
 		 387 aa  95.9  9e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.770663 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1101  urea ABC transporter, permease protein UrtC  24.16 
 
 		 383 aa  95.1  1e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4010  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.61 
 
 		 405 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0999  inner-membrane translocator  27.3 
 
 		 403 aa  95.1  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1257  branched-chain amino acid ABC transporter, permease component  26.98 
 
 		 363 aa  95.5  1e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.606412 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  29.49 
 
 		 359 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  29.04 
 
 		 632 aa  94.7  2e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1445  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.28 
 
 		 384 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000808643 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2697  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system  26.9 
 
 		 367 aa  94.7  2e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.611923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1395  inner-membrane translocator  27.78 
 
 		 377 aa  94.4  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.840598  normal  0.615591 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00883  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  26.54 
 
 		 392 aa  94.4  3e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0950  inner-membrane translocator  23.3 
 
 		 377 aa  93.6  4e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4843  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  28.08 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.227032 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4635  urea ABC transporter, permease protein UrtC  29.24 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0860819 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4721  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 359 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.131365  hitchhiker  0.00989065 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  29.23 
 
 		 582 aa  93.2  6e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  28.53 
 
 		 320 aa  93.2  6e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1955  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  22.96 
 
 		 382 aa  93.2  6e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3316  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.55 
 
 		 387 aa  93.2  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.852064 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0796  urea ABC transporter, permease protein UrtC  27.67 
 
 		 394 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0429  inner-membrane translocator  26.84 
 
 		 395 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0908  inner-membrane translocator  26.84 
 
 		 395 aa  93.2  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3129  putative branched-chain amino acid transport system, permease component  27.39 
 
 		 400 aa  92.8  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1254  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.79 
 
 		 327 aa  93.2  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.137506 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3498  inner-membrane translocator  26.96 
 
 		 385 aa  93.2  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.569267 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4908  inner-membrane translocator  25 
 
 		 351 aa  92.8  8e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.270446 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0699  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 363 aa  92.8  8e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.813237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2484  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.2 
 
 		 406 aa  92.8  8e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5446  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  30.84 
 
 		 332 aa  92.8  9e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.695996  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3379  inner-membrane translocator  27.58 
 
 		 367 aa  92.8  9e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4607  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.84 
 
 		 381 aa  92.4  9e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2563  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.589249  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2178  branched-chain ABC transporter, permease protein, putative  27.39 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.108059  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0878  urea ABC transporter, permease protein UrtC  26.84 
 
 		 395 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2050  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.525267  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2005  urea ABC transporter, permease protein UrtC  25.56 
 
 		 361 aa  92.4  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1796  inner-membrane translocator  25.5 
 
 		 401 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0666603  normal  0.204182 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0730  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 340 aa  92  1e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3069  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 400 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3508  inner-membrane translocator  25.22 
 
 		 397 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0288069  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2311  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 350 aa  92.4  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.90856  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3105  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.39 
 
 		 400 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>