More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4477 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  100 
 
 		 332 aa  641    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  72 
 
 		 351 aa  448  1e-125  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  78.31 
 
 		 322 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  78.31 
 
 		 322 aa  432  1e-120  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  70.65 
 
 		 333 aa  427  1e-119  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  72.12 
 
 		 355 aa  426  1e-118  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  73.82 
 
 		 347 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  73.82 
 
 		 347 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  73.19 
 
 		 347 aa  409  1e-113  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  74.39 
 
 		 319 aa  400  9.999999999999999e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  70.28 
 
 		 335 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4752  inner-membrane translocator  70.3 
 
 		 331 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  66.31 
 
 		 325 aa  350  1e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  60.71 
 
 		 339 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  60.71 
 
 		 339 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0759  inner-membrane translocator  66.45 
 
 		 330 aa  321  9.999999999999999e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  59.93 
 
 		 339 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  58.16 
 
 		 331 aa  270  2e-71  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  41.67 
 
 		 838 aa  194  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  43.92 
 
 		 340 aa  186  7e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  43.84 
 
 		 337 aa  182  6e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.73 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 328 aa  176  4e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 332 aa  176  4e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  39.01 
 
 		 309 aa  175  7e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 340 aa  173  3.9999999999999995e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 323 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  38.43 
 
 		 318 aa  171  1e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 343 aa  170  2e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.17 
 
 		 323 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  36.28 
 
 		 852 aa  170  3e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 324 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  43.17 
 
 		 337 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 339 aa  169  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 328 aa  166  4e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.42 
 
 		 324 aa  166  4e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 330 aa  166  5e-40  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 344 aa  166  5.9999999999999996e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  39.13 
 
 		 328 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  38.11 
 
 		 328 aa  165  8e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  37.45 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 342 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  39.85 
 
 		 306 aa  162  7e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 318 aa  162  7e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  41.07 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  37.79 
 
 		 337 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 323 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 338 aa  160  4e-38  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 323 aa  159  6e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 346 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  34.72 
 
 		 322 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 		 331 aa  158  1e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  37 
 
 		 326 aa  158  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 334 aa  158  2e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 358 aa  156  4e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.71 
 
 		 313 aa  156  4e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 324 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 323 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  38.91 
 
 		 330 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  37.71 
 
 		 332 aa  155  7e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 311 aa  155  9e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 324 aa  154  1e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  38.16 
 
 		 324 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.84 
 
 		 332 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37 
 
 		 324 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 333 aa  152  8e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 332 aa  152  8e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 324 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.97 
 
 		 656 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  40.22 
 
 		 332 aa  150  4e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 333 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.3 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 329 aa  149  5e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 344 aa  149  5e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  36.13 
 
 		 311 aa  149  8e-35  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.68 
 
 		 320 aa  149  9e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 315 aa  149  9e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  36.14 
 
 		 625 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  36.1 
 
 		 840 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 329 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 323 aa  145  9e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>