More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2429 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_2429  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease  100 
 
 
628 aa  1207    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4216  inner-membrane translocator  72.08 
 
 
630 aa  812    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.105315 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  70.33 
 
 
637 aa  824    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  54.49 
 
 
642 aa  611  1e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  52.17 
 
 
633 aa  561  1e-158  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1242  inner-membrane translocator  52.64 
 
 
628 aa  551  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  53.13 
 
 
646 aa  544  1e-153  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  53.77 
 
 
632 aa  542  1e-153  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  53.13 
 
 
646 aa  543  1e-153  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0155  inner-membrane translocator  52.95 
 
 
655 aa  532  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0173  inner-membrane translocator  51.98 
 
 
635 aa  530  1e-149  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0422307  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1977  inner-membrane translocator  52.85 
 
 
626 aa  493  9.999999999999999e-139  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.176325  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0859  inner-membrane translocator  52.41 
 
 
629 aa  492  9.999999999999999e-139  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0584  inner-membrane translocator  51.14 
 
 
613 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.625482  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1616  inner-membrane translocator  45.16 
 
 
622 aa  402  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0311969  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3084  inner-membrane translocator  43.44 
 
 
623 aa  390  1e-107  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00985997  normal  0.0142053 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  32.05 
 
 
652 aa  272  1e-71  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.99 
 
 
656 aa  239  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1174  inner-membrane translocator  47.4 
 
 
286 aa  207  4e-52  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6488  inner-membrane translocator  45.8 
 
 
292 aa  192  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.115929  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4182  inner-membrane translocator  42.07 
 
 
289 aa  191  4e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2303  inner-membrane translocator  40.85 
 
 
286 aa  188  2e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0228  inner-membrane translocator  41.43 
 
 
297 aa  187  4e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0160417  normal  0.113525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0213  inner-membrane translocator  38.46 
 
 
293 aa  186  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.337  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3652  inner-membrane translocator  38.62 
 
 
293 aa  183  8.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1906  inner-membrane translocator  40.69 
 
 
287 aa  182  1e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.768984 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2986  inner-membrane translocator  40.14 
 
 
287 aa  182  1e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0359468  normal  0.478138 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4745  inner-membrane translocator  37.72 
 
 
287 aa  181  2.9999999999999997e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.397028  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1621  inner-membrane translocator  39.1 
 
 
287 aa  180  8e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.77317 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3211  inner-membrane translocator  38.68 
 
 
285 aa  176  8e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.64226  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2951  inner-membrane translocator  36.33 
 
 
315 aa  176  9.999999999999999e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.59787 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1991  inner-membrane translocator  37.62 
 
 
306 aa  176  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3999  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
308 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0078  inner-membrane translocator  41.24 
 
 
290 aa  175  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0664  inner-membrane translocator  40 
 
 
286 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1227  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
288 aa  173  7.999999999999999e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0358415  normal  0.0652986 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1794  inner-membrane translocator  42.31 
 
 
293 aa  173  7.999999999999999e-42  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.385321  hitchhiker  0.00053204 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.97 
 
 
290 aa  173  9e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2534  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.32 
 
 
603 aa  172  1e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3173  inner-membrane translocator  38.72 
 
 
306 aa  172  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.0071568  normal  0.950113 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5858  inner-membrane translocator  39.65 
 
 
299 aa  172  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0449527 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0987  inner-membrane translocator  38.76 
 
 
305 aa  171  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  unclonable  0.00000226194 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0734  inner-membrane translocator  38.64 
 
 
286 aa  171  4e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4210  inner-membrane translocator  39.46 
 
 
304 aa  171  5e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0596533  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0499  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.3 
 
 
286 aa  171  5e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0809896  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5318  inner-membrane translocator  30.67 
 
 
603 aa  171  6e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0891799  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3697  inner-membrane translocator  40.99 
 
 
291 aa  170  8e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4821  inner-membrane translocator  38.44 
 
 
313 aa  170  8e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92898  normal  0.437854 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5101  inner-membrane translocator  31.32 
 
 
603 aa  169  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.208256  normal  0.176436 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4644  inner-membrane translocator  40.99 
 
 
291 aa  169  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.706844  normal  0.122145 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  36.75 
 
 
320 aa  168  2.9999999999999998e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6212  inner-membrane translocator  38.62 
 
 
286 aa  167  5e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3584  inner-membrane translocator  31.22 
 
 
603 aa  167  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4370  inner-membrane translocator  37.15 
 
 
290 aa  167  5.9999999999999996e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.178005  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3426  inner-membrane translocator  42.11 
 
 
300 aa  167  8e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3134  inner-membrane translocator  42.66 
 
 
288 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3321  inner-membrane translocator  39.86 
 
 
293 aa  166  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.451558  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4661  inner-membrane translocator  37.5 
 
 
290 aa  165  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.807924 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5128  inner-membrane translocator  37.38 
 
 
305 aa  165  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0570101 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3936  inner-membrane translocator  31 
 
 
603 aa  166  2.0000000000000002e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240526  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6329  inner-membrane translocator  39.03 
 
 
289 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0618  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
286 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0658  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
286 aa  164  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.585154  normal  0.0364428 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2121  inner-membrane translocator  38.91 
 
 
306 aa  164  5.0000000000000005e-39  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.459721 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2713  inner-membrane translocator  35.21 
 
 
283 aa  164  5.0000000000000005e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000181558  normal  0.385193 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2705  inner-membrane translocator  38.73 
 
 
289 aa  164  5.0000000000000005e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.787107 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1804  inner-membrane translocator  41.02 
 
 
293 aa  164  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.165252  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1018  inner-membrane translocator  38.05 
 
 
286 aa  164  6e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3757  putative branched-chain amino acid transport permease  37.78 
 
 
295 aa  163  9e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.232473 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4271  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
314 aa  162  2e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3690  inner-membrane translocator  32.17 
 
 
610 aa  161  3e-38  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00194124  normal  0.651023 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3459  inner-membrane translocator  39.31 
 
 
286 aa  162  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4476  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.85 
 
 
285 aa  160  5e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.903087  normal  0.0213123 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1204  inner-membrane translocator  37.89 
 
 
282 aa  160  7e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0429  inner-membrane translocator  39.79 
 
 
293 aa  160  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.220728 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2771  inner-membrane translocator  40 
 
 
288 aa  160  9e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0497861  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1582  inner-membrane translocator  38.83 
 
 
286 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0086  inner-membrane translocator  39.02 
 
 
290 aa  159  1e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0897  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
295 aa  158  2e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.661871  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0194  inner-membrane translocator  46.5 
 
 
289 aa  159  2e-37  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0956  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.62 
 
 
295 aa  158  3e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.824506  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2900  inner-membrane translocator  40.55 
 
 
291 aa  158  3e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1013  inner-membrane translocator  38.64 
 
 
298 aa  158  3e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.361525  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3341  transmembrane ABC transporter protein  36.4 
 
 
313 aa  157  7e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1330  inner-membrane translocator  39.16 
 
 
288 aa  156  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0793  inner-membrane translocator  36.49 
 
 
306 aa  156  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.901447 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.71 
 
 
607 aa  156  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6024  inner-membrane translocator  39.31 
 
 
286 aa  155  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1752  branched-chain amino acid ABC transporter, permease  35.31 
 
 
286 aa  154  4e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.495502  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3268  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.46 
 
 
294 aa  154  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.259752 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3829  inner-membrane translocator  39.81 
 
 
306 aa  154  4e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3725  inner-membrane translocator  39.79 
 
 
294 aa  154  5e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0553822  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4487  inner-membrane translocator  38.44 
 
 
306 aa  154  5e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0086  inner-membrane translocator  37.81 
 
 
294 aa  154  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0088  inner-membrane translocator  37.1 
 
 
294 aa  154  7e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.240945  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0077  inner-membrane translocator  37.1 
 
 
294 aa  154  7e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.981824  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1751  putative amino acid transmembrane protein  34.59 
 
 
315 aa  153  1e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.207162  normal  0.717101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0758  inner-membrane translocator  41.26 
 
 
284 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1494  inner-membrane translocator  34.7 
 
 
330 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.904999  normal  0.525314 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1453  inner-membrane translocator  34.7 
 
 
330 aa  152  2e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0626411  hitchhiker  0.000392486 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>