More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_0657 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  100 
 
 
339 aa  658    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  100 
 
 
339 aa  658    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  97.64 
 
 
339 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  68.79 
 
 
331 aa  373  1e-102  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  60.71 
 
 
332 aa  342  7e-93  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  58.55 
 
 
333 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  56.31 
 
 
351 aa  324  1e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  57 
 
 
355 aa  311  1e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  58.81 
 
 
347 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  58.81 
 
 
347 aa  311  1e-83  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  58.18 
 
 
347 aa  308  6.999999999999999e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  57.57 
 
 
325 aa  300  3e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  59.5 
 
 
319 aa  296  3e-79  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  59.04 
 
 
335 aa  289  4e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  58.14 
 
 
322 aa  285  5e-76  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  58.14 
 
 
322 aa  285  5e-76  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4752  inner-membrane translocator  52.9 
 
 
331 aa  275  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0759  inner-membrane translocator  56.83 
 
 
330 aa  270  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  45.2 
 
 
340 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  40.07 
 
 
340 aa  201  1.9999999999999998e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
337 aa  199  5e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
337 aa  199  5e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.81 
 
 
333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  44.81 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  38.19 
 
 
333 aa  197  3e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  40.24 
 
 
330 aa  196  5.000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  41.79 
 
 
309 aa  192  5e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
334 aa  192  5e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  39.6 
 
 
314 aa  190  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  40.2 
 
 
344 aa  187  2e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  44.65 
 
 
334 aa  187  2e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  39.36 
 
 
323 aa  187  2e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  38.64 
 
 
342 aa  186  4e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  42.31 
 
 
337 aa  186  7e-46  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  38.76 
 
 
838 aa  184  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  42.41 
 
 
339 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  42.48 
 
 
338 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  43.54 
 
 
328 aa  181  1e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  41.05 
 
 
332 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
324 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  42.86 
 
 
324 aa  181  1e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  39.81 
 
 
328 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  41.26 
 
 
313 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  36.72 
 
 
343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  40.38 
 
 
318 aa  179  4e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  38.56 
 
 
852 aa  179  4.999999999999999e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  40.89 
 
 
314 aa  178  1e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.36 
 
 
656 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  40.88 
 
 
318 aa  178  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  37.27 
 
 
323 aa  177  2e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  39.29 
 
 
332 aa  177  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.23 
 
 
324 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  37.54 
 
 
322 aa  177  3e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  39.4 
 
 
323 aa  176  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  39.24 
 
 
349 aa  175  8e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  38.41 
 
 
342 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.07 
 
 
323 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.27 
 
 
331 aa  174  1.9999999999999998e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.42 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  40.73 
 
 
840 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  40.42 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  37 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  39.22 
 
 
330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  44.16 
 
 
306 aa  172  5e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  39.74 
 
 
332 aa  172  5e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  41.32 
 
 
323 aa  173  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  36.74 
 
 
328 aa  172  5.999999999999999e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.59 
 
 
315 aa  172  7.999999999999999e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  40.21 
 
 
313 aa  172  7.999999999999999e-42  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  36.74 
 
 
328 aa  171  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  39.8 
 
 
621 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  36.39 
 
 
324 aa  171  2e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  36.01 
 
 
625 aa  171  2e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  35.37 
 
 
329 aa  170  2e-41  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  42.16 
 
 
311 aa  168  1e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  38.51 
 
 
346 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  38.22 
 
 
328 aa  166  4e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  35.29 
 
 
632 aa  166  4e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  37.24 
 
 
358 aa  166  5e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  40.28 
 
 
317 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  37.92 
 
 
323 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  39.79 
 
 
329 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  39.54 
 
 
344 aa  165  1.0000000000000001e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  37.83 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  39.79 
 
 
329 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  37.83 
 
 
331 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  43.7 
 
 
325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  43.7 
 
 
325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  43.7 
 
 
325 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  41.18 
 
 
324 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  36.16 
 
 
339 aa  161  1e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  38.46 
 
 
311 aa  161  1e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  43.28 
 
 
324 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.3 
 
 
324 aa  160  2e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  39.6 
 
 
332 aa  161  2e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>