More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_0212 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  100 
 
 		 337 aa  663    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  81.01 
 
 		 333 aa  503  1e-141  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  80.66 
 
 		 335 aa  494  1e-139  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  60.98 
 
 		 324 aa  326  3e-88  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  59.55 
 
 		 361 aa  325  5e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  49.2 
 
 		 340 aa  283  3.0000000000000004e-75  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  48.73 
 
 		 368 aa  279  6e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  53.14 
 
 		 320 aa  277  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  49.38 
 
 		 340 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  53.49 
 
 		 322 aa  270  2e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  51.11 
 
 		 321 aa  250  3e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  47.24 
 
 		 594 aa  249  5e-65  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  50 
 
 		 597 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  54.03 
 
 		 363 aa  243  3e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  55.02 
 
 		 354 aa  242  7e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  47.06 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  45.86 
 
 		 343 aa  222  7e-57  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  46.55 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  48.61 
 
 		 337 aa  218  2e-55  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  43.37 
 
 		 313 aa  202  8e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.45 
 
 		 315 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  43.31 
 
 		 315 aa  199  6e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 330 aa  182  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  42.5 
 
 		 337 aa  178  1e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 327 aa  177  3e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  41.35 
 
 		 304 aa  176  6e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 332 aa  172  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 358 aa  172  1e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 336 aa  171  1e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 351 aa  169  7e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  42.23 
 
 		 327 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  45.52 
 
 		 306 aa  169  8e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.63 
 
 		 652 aa  167  2e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  44.15 
 
 		 334 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  42.12 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.26 
 
 		 355 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 318 aa  161  1e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 328 aa  161  2e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 334 aa  160  3e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 333 aa  160  3e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 333 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 402 aa  159  5e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  39.46 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  39.46 
 
 		 347 aa  159  6e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 346 aa  159  9e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 347 aa  158  1e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 314 aa  158  1e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 335 aa  158  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  38.06 
 
 		 329 aa  157  3e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 325 aa  157  3e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 340 aa  156  4e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 411 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 316 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 337 aa  156  6e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 337 aa  156  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 330 aa  155  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 		 331 aa  154  1e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  35.81 
 
 		 333 aa  155  1e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 399 aa  155  1e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 411 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  40.28 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 344 aa  154  2e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 399 aa  154  2e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  36.56 
 
 		 340 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0838  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 345 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.825897  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 309 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 313 aa  151  1e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.58 
 
 		 323 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  36.55 
 
 		 319 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 323 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 318 aa  149  5e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  33.01 
 
 		 632 aa  149  5e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 339 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 324 aa  149  9e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 314 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  36.54 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 342 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 323 aa  147  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  35.91 
 
 		 324 aa  147  3e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.88 
 
 		 298 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.55 
 
 		 313 aa  146  6e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  36.89 
 
 		 852 aa  145  8.000000000000001e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  33.96 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 322 aa  145  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.36 
 
 		 838 aa  145  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  37.25 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 335 aa  143  4e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3133  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 411 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0698666  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 325 aa  143  4e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 334 aa  143  5e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>