More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0085 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  100 
 
 		 324 aa  630  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  67.95 
 
 		 361 aa  402  1e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  60.98 
 
 		 337 aa  328  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  61.15 
 
 		 333 aa  322  6e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  58.2 
 
 		 335 aa  316  3e-85  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  50.67 
 
 		 320 aa  258  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  47.52 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  44.92 
 
 		 368 aa  256  5e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  51 
 
 		 322 aa  251  1e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  50 
 
 		 594 aa  248  1e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  49.83 
 
 		 340 aa  246  3e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  55.78 
 
 		 363 aa  241  9e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  52.98 
 
 		 354 aa  241  1e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  46.15 
 
 		 597 aa  230  3e-59  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  49.69 
 
 		 321 aa  228  8e-59  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  46.13 
 
 		 338 aa  226  5.0000000000000005e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  44.65 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  43.53 
 
 		 343 aa  219  7e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 315 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  44.25 
 
 		 315 aa  206  4e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  42.25 
 
 		 313 aa  198  9e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 333 aa  196  3e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  41.86 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4820  inner-membrane translocator  47.6 
 
 		 337 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.629332  normal  0.423145 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  42.76 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  40.79 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  41.53 
 
 		 337 aa  175  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  45.82 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  39.11 
 
 		 349 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 346 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 340 aa  166  5e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  38.36 
 
 		 652 aa  164  2.0000000000000002e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  41.2 
 
 		 337 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  45.55 
 
 		 334 aa  162  5.0000000000000005e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  41.55 
 
 		 339 aa  162  1e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 320 aa  161  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.84 
 
 		 358 aa  159  7e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 411 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  44.14 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 411 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  40.49 
 
 		 306 aa  156  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  45.68 
 
 		 334 aa  155  1e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  40 
 
 		 318 aa  155  1e-36  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 327 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 329 aa  151  1e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  42.62 
 
 		 344 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 318 aa  151  2e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 333 aa  150  3e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  38.95 
 
 		 838 aa  150  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  37.95 
 
 		 342 aa  149  5e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  39.05 
 
 		 337 aa  147  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.97 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  39.92 
 
 		 314 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  37.34 
 
 		 309 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 337 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 342 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 340 aa  146  5e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.41 
 
 		 331 aa  145  7.0000000000000006e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 402 aa  145  1e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 399 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.04 
 
 		 298 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.2 
 
 		 323 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 343 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 323 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3716  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 407 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.272397  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  41.74 
 
 		 323 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3133  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0698666  normal  0.501006 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  38.84 
 
 		 338 aa  140  3e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.87 
 
 		 332 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3828  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 406 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.898001  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 399 aa  138  1e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  38.33 
 
 		 840 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 351 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  40 
 
 		 332 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 330 aa  137  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  40.08 
 
 		 334 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 311 aa  136  4e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  38.59 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 333 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  37.1 
 
 		 852 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  35.93 
 
 		 621 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 318 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.8 
 
 		 324 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  34.02 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 319 aa  133  3.9999999999999996e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.24 
 
 		 355 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 333 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  42.32 
 
 		 330 aa  133  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>