More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4999 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  640    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 358 aa  206  3e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  40.07 
 
 		 330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  37.5 
 
 		 852 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 346 aa  165  9e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  37.19 
 
 		 838 aa  162  8.000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  36.04 
 
 		 328 aa  160  2e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 328 aa  158  9e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 337 aa  157  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 338 aa  156  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  35.16 
 
 		 329 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  38.43 
 
 		 323 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.45 
 
 		 333 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 318 aa  151  1e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  36.49 
 
 		 313 aa  151  2e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.85 
 
 		 652 aa  150  2e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 323 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  33.33 
 
 		 322 aa  149  9e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 306 aa  149  9e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 351 aa  147  2.0000000000000003e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 340 aa  147  3e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 328 aa  146  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 344 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  34.24 
 
 		 632 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 437 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 324 aa  144  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  36.4 
 
 		 442 aa  144  3e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 351 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  32.33 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.18 
 
 		 355 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3425  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 344 aa  140  3e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 330 aa  140  3.9999999999999997e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  36.61 
 
 		 840 aa  140  3.9999999999999997e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  36.23 
 
 		 840 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 340 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  32.19 
 
 		 593 aa  139  6e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3966  ABC branched chain amino acid transporter, inner membrane subunit  33.89 
 
 		 337 aa  139  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  36.29 
 
 		 332 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.4 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 324 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  36.12 
 
 		 594 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 430 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 323 aa  138  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  32.18 
 
 		 593 aa  138  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 646 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.48 
 
 		 656 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 399 aa  137  2e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 439 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 444 aa  136  4e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 339 aa  137  4e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 441 aa  136  5e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  33.69 
 
 		 315 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 444 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  33 
 
 		 323 aa  135  7.000000000000001e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  36.22 
 
 		 323 aa  135  8e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 346 aa  135  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 337 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 313 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.88 
 
 		 646 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 325 aa  134  1.9999999999999998e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 335 aa  134  3e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0838  inner-membrane translocator  37.9 
 
 		 345 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.825897  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 350 aa  134  3e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 304 aa  133  3.9999999999999996e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 324 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 339 aa  133  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 337 aa  133  5e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 331 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1205  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 333 aa  133  5e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 331 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 		 315 aa  132  6e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0428  ABC transporter related  33.65 
 
 		 863 aa  131  1.0000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  34.77 
 
 		 840 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0183  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 642 aa  131  2.0000000000000002e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  35.23 
 
 		 597 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  34.45 
 
 		 430 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  34.71 
 
 		 440 aa  130  3e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  30.82 
 
 		 842 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>