More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc1752 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 440 aa  855    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  85.59 
 
 		 444 aa  726    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  86.04 
 
 		 444 aa  730    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  67.2 
 
 		 437 aa  558  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  70.31 
 
 		 439 aa  548  1e-155  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  53.22 
 
 		 440 aa  405  1.0000000000000001e-112  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  51.54 
 
 		 430 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  51.54 
 
 		 442 aa  383  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  51.14 
 
 		 445 aa  384  1e-105  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  50.91 
 
 		 445 aa  384  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  51.42 
 
 		 429 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  52.25 
 
 		 441 aa  376  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  52.24 
 
 		 454 aa  367  1e-100  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  54.1 
 
 		 422 aa  356  3.9999999999999996e-97  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  50.53 
 
 		 430 aa  348  8e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  55.91 
 
 		 432 aa  347  3e-94  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  52.07 
 
 		 434 aa  345  7e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  48.18 
 
 		 433 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  50.83 
 
 		 430 aa  342  5.999999999999999e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  48.4 
 
 		 433 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  53.87 
 
 		 442 aa  334  2e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  49.75 
 
 		 433 aa  333  3e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  48.65 
 
 		 433 aa  332  1e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.16 
 
 		 428 aa  319  6e-86  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  44.91 
 
 		 419 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  43.37 
 
 		 408 aa  261  2e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  54.36 
 
 		 741 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  46.41 
 
 		 408 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  47.01 
 
 		 405 aa  236  7e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  45.99 
 
 		 409 aa  235  1.0000000000000001e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  54.7 
 
 		 761 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  54.7 
 
 		 755 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  54.7 
 
 		 749 aa  234  3e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  54.7 
 
 		 758 aa  234  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  54.7 
 
 		 752 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  54.7 
 
 		 746 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  54.7 
 
 		 746 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 409 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  45.19 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  45.19 
 
 		 409 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  47.12 
 
 		 406 aa  189  1e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  46.76 
 
 		 406 aa  186  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  43.05 
 
 		 408 aa  174  1.9999999999999998e-42  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 309 aa  139  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 333 aa  138  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 320 aa  137  5e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 318 aa  137  5e-31  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 328 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 339 aa  130  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 332 aa  128  2.0000000000000002e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 358 aa  127  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  30.9 
 
 		 852 aa  127  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 351 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  34.29 
 
 		 314 aa  126  9e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 331 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  32.78 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 323 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 340 aa  125  1e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 333 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 337 aa  124  5e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 337 aa  124  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 339 aa  124  5e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  30.97 
 
 		 322 aa  123  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 344 aa  122  9e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30 
 
 		 346 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  29.5 
 
 		 334 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  31.65 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 329 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 330 aa  120  6e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30 
 
 		 315 aa  120  6e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  29.09 
 
 		 324 aa  119  9e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.87 
 
 		 656 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.81 
 
 		 331 aa  118  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  32.5 
 
 		 838 aa  118  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 342 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 314 aa  117  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  34.4 
 
 		 632 aa  117  3.9999999999999997e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 330 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.05 
 
 		 339 aa  117  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.23 
 
 		 323 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 323 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 332 aa  115  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  28.74 
 
 		 323 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 324 aa  113  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  29.08 
 
 		 334 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  32.92 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 324 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  30.65 
 
 		 842 aa  111  2.0000000000000002e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>