More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1851 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  100 
 
 		 432 aa  837    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  63.55 
 
 		 430 aa  545  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  64.75 
 
 		 429 aa  525  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  64.49 
 
 		 445 aa  510  1e-143  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  64.25 
 
 		 445 aa  510  1e-143  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  62.03 
 
 		 440 aa  496  1e-139  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  65.24 
 
 		 430 aa  464  1e-129  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  60.76 
 
 		 442 aa  461  9.999999999999999e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  60.63 
 
 		 454 aa  454  1.0000000000000001e-126  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  63.47 
 
 		 434 aa  446  1.0000000000000001e-124  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  62 
 
 		 422 aa  442  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  55.56 
 
 		 439 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  51.53 
 
 		 437 aa  395  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  54.2 
 
 		 444 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  54.82 
 
 		 444 aa  372  1e-102  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  55.91 
 
 		 440 aa  363  4e-99  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  49.75 
 
 		 441 aa  341  1e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  49.74 
 
 		 433 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  45.5 
 
 		 433 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  53.12 
 
 		 442 aa  323  3e-87  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  46.62 
 
 		 433 aa  322  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  46.27 
 
 		 433 aa  320  3e-86  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  41.86 
 
 		 430 aa  266  7e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.04 
 
 		 428 aa  249  8e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  47.14 
 
 		 741 aa  218  2e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  44.14 
 
 		 419 aa  211  2e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  48.15 
 
 		 761 aa  203  6e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  48.15 
 
 		 749 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48.15 
 
 		 755 aa  202  7e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48.15 
 
 		 752 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  48.15 
 
 		 758 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  48.15 
 
 		 746 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48.48 
 
 		 746 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  42.28 
 
 		 408 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  43.27 
 
 		 408 aa  195  1e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.72 
 
 		 409 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 409 aa  183  5.0000000000000004e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  43.32 
 
 		 405 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 409 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  41.45 
 
 		 409 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 406 aa  158  1e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.22 
 
 		 406 aa  156  5.0000000000000005e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  35.48 
 
 		 408 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.45 
 
 		 852 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.56 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 320 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 333 aa  130  5.0000000000000004e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 315 aa  126  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  30.79 
 
 		 358 aa  126  9e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.43 
 
 		 315 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 340 aa  125  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 337 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3320  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 334 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30.07 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.41 
 
 		 330 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  32.26 
 
 		 840 aa  121  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  34.08 
 
 		 840 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 337 aa  121  3e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  31.48 
 
 		 838 aa  119  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.57 
 
 		 339 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 646 aa  119  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  32.65 
 
 		 313 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.75 
 
 		 656 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 318 aa  118  3e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.99 
 
 		 646 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 330 aa  117  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 342 aa  117  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 314 aa  116  7.999999999999999e-25  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.37 
 
 		 328 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 633 aa  116  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 309 aa  114  3e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 339 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  29.23 
 
 		 333 aa  113  5e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 351 aa  113  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  28.39 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0428  ABC transporter related  33.23 
 
 		 863 aa  111  3e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  31.06 
 
 		 314 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 355 aa  110  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  32.12 
 
 		 323 aa  109  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  29.17 
 
 		 322 aa  109  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 327 aa  109  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 637 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 324 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  27.17 
 
 		 621 aa  108  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  30.69 
 
 		 328 aa  107  3e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  31.6 
 
 		 333 aa  108  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 329 aa  107  3e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 411 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  26.54 
 
 		 402 aa  107  3e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 324 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 340 aa  107  5e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 411 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  28.28 
 
 		 632 aa  107  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  32.87 
 
 		 304 aa  106  6e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  30.46 
 
 		 340 aa  106  8e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>