More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSc3340 on replicon NC_003295
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 328 aa  636    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  90.55 
 
 		 334 aa  592  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  89.94 
 
 		 334 aa  571  1.0000000000000001e-162  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  80.6 
 
 		 342 aa  480  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  73.5 
 
 		 328 aa  466  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  74.27 
 
 		 332 aa  461  9.999999999999999e-129  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  75.08 
 
 		 349 aa  447  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  80.41 
 
 		 344 aa  446  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  72.13 
 
 		 323 aa  443  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  71.8 
 
 		 323 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  73.5 
 
 		 323 aa  436  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  70 
 
 		 324 aa  428  1e-119  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  75.39 
 
 		 326 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  69.69 
 
 		 324 aa  427  1e-118  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  75.93 
 
 		 333 aa  425  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  75.15 
 
 		 333 aa  423  1e-117  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  71.66 
 
 		 324 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  71.34 
 
 		 324 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  70 
 
 		 324 aa  408  1e-113  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  62.8 
 
 		 333 aa  409  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  66.99 
 
 		 339 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  67.45 
 
 		 318 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  64.06 
 
 		 340 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  64.14 
 
 		 343 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  71.52 
 
 		 324 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  65.42 
 
 		 323 aa  392  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  70.31 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  70.31 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  70.31 
 
 		 325 aa  386  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4077  inner-membrane translocator  73.31 
 
 		 335 aa  381  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  64.97 
 
 		 344 aa  372  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  60.34 
 
 		 309 aa  363  3e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  60.57 
 
 		 330 aa  360  2e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  57.59 
 
 		 314 aa  354  1e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  59.49 
 
 		 314 aa  353  2.9999999999999997e-96  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  58.33 
 
 		 323 aa  352  4e-96  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  61.54 
 
 		 317 aa  352  5e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.06 
 
 		 331 aa  352  5.9999999999999994e-96  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  55.76 
 
 		 323 aa  349  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  56.73 
 
 		 324 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  56.09 
 
 		 324 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3758  putative branched-chain amino acid transport permease  64.35 
 
 		 327 aa  341  9e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.241466 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  59.87 
 
 		 330 aa  340  2e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  62.24 
 
 		 311 aa  340  2e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  60 
 
 		 329 aa  340  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  62.24 
 
 		 329 aa  339  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  54.63 
 
 		 322 aa  336  2.9999999999999997e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  61.9 
 
 		 329 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  58.52 
 
 		 332 aa  335  3.9999999999999995e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  59.52 
 
 		 332 aa  335  5.999999999999999e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  59.18 
 
 		 332 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  59.18 
 
 		 332 aa  333  2e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  58.78 
 
 		 313 aa  327  1.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  58.78 
 
 		 313 aa  323  3e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  56.39 
 
 		 323 aa  316  4e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  58.36 
 
 		 328 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  58.67 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  58.67 
 
 		 331 aa  297  2e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  60 
 
 		 329 aa  296  3e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  50 
 
 		 656 aa  288  8e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  52.16 
 
 		 311 aa  282  5.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  55.08 
 
 		 332 aa  268  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  45.03 
 
 		 318 aa  218  7.999999999999999e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  44.31 
 
 		 337 aa  216  5e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  43.91 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  47.78 
 
 		 306 aa  208  1e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  44.59 
 
 		 342 aa  199  6e-50  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  42.18 
 
 		 340 aa  193  3e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  42.62 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  42.62 
 
 		 337 aa  193  4e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  43.54 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  43.54 
 
 		 339 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  47.95 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 358 aa  187  3e-46  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  48.29 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  43.39 
 
 		 315 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  40.43 
 
 		 351 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  44.08 
 
 		 319 aa  178  1e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  41.75 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  41.79 
 
 		 333 aa  173  2.9999999999999996e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 331 aa  172  5.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  45.56 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.15 
 
 		 355 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.29 
 
 		 333 aa  167  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  42.69 
 
 		 320 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  39.11 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 652 aa  162  7e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  36.71 
 
 		 328 aa  162  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 328 aa  162  9e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  38.7 
 
 		 621 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  36.3 
 
 		 632 aa  160  4e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  41.82 
 
 		 304 aa  159  6e-38  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  41.28 
 
 		 838 aa  158  1e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>