More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1860 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  84.76 
 
 		 439 aa  700    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  100 
 
 		 437 aa  865    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  69.47 
 
 		 444 aa  555  1e-157  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  69.23 
 
 		 444 aa  554  1e-157  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  67.2 
 
 		 440 aa  543  1e-153  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  54.2 
 
 		 445 aa  426  1e-118  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  55.22 
 
 		 440 aa  427  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  53.96 
 
 		 445 aa  426  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  54.2 
 
 		 442 aa  416  9.999999999999999e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  51.08 
 
 		 430 aa  417  9.999999999999999e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  53.43 
 
 		 454 aa  396  1e-109  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  51.91 
 
 		 422 aa  389  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  51.42 
 
 		 441 aa  387  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  51.93 
 
 		 429 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  51.34 
 
 		 434 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  51.53 
 
 		 432 aa  362  5.0000000000000005e-99  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  49.39 
 
 		 433 aa  360  3e-98  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  48.97 
 
 		 433 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  49.38 
 
 		 433 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  52.66 
 
 		 442 aa  353  4e-96  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  48.38 
 
 		 433 aa  348  1e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  50 
 
 		 430 aa  345  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  46.44 
 
 		 430 aa  339  5e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.59 
 
 		 428 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  46.03 
 
 		 419 aa  267  2.9999999999999995e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  41.19 
 
 		 408 aa  247  3e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  41.56 
 
 		 408 aa  246  4e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  49.5 
 
 		 741 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 409 aa  228  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  40.53 
 
 		 409 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  40.53 
 
 		 409 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.03 
 
 		 409 aa  223  6e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  49.35 
 
 		 761 aa  211  1e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  43.11 
 
 		 405 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  49.35 
 
 		 758 aa  211  2e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  42.82 
 
 		 749 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  42.82 
 
 		 755 aa  211  2e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50.17 
 
 		 752 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  50.17 
 
 		 746 aa  211  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  42.82 
 
 		 746 aa  207  4e-52  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.89 
 
 		 406 aa  196  8.000000000000001e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.89 
 
 		 406 aa  194  2e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  41.24 
 
 		 408 aa  180  4.999999999999999e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 333 aa  137  4e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  30.58 
 
 		 333 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  30.27 
 
 		 351 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.63 
 
 		 333 aa  132  9e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 337 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  28.91 
 
 		 346 aa  132  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 337 aa  132  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  31.85 
 
 		 852 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  30.99 
 
 		 328 aa  130  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  30.86 
 
 		 340 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 328 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.6 
 
 		 315 aa  130  5.0000000000000004e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.4 
 
 		 340 aa  129  1.0000000000000001e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 314 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  30.25 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  31.95 
 
 		 337 aa  127  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 323 aa  127  6e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  31.74 
 
 		 324 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 314 aa  126  9e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 339 aa  126  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 339 aa  125  1e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 320 aa  125  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  32.2 
 
 		 344 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 324 aa  124  4e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 323 aa  124  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 318 aa  123  6e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  29.82 
 
 		 339 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  30.84 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.05 
 
 		 656 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  29.49 
 
 		 322 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 330 aa  120  4.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.77 
 
 		 355 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  29.61 
 
 		 342 aa  118  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 652 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 358 aa  117  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  32.05 
 
 		 332 aa  118  3e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 332 aa  117  3e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 309 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  29.64 
 
 		 328 aa  117  5e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  30.6 
 
 		 311 aa  117  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 351 aa  116  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  29.64 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 329 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 632 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.59 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 332 aa  114  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  29.8 
 
 		 328 aa  114  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 646 aa  113  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0326  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 359 aa  113  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.660469  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  34.31 
 
 		 332 aa  113  7.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>