More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3307 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  100 
 
 
314 aa  614  1e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  61.44 
 
 
328 aa  381  1e-105  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  69.36 
 
 
330 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  65.54 
 
 
324 aa  378  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  66.1 
 
 
323 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  62.09 
 
 
324 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  61.56 
 
 
323 aa  372  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  62.83 
 
 
331 aa  371  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  59.93 
 
 
333 aa  371  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  65.14 
 
 
309 aa  371  1e-101  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  65.85 
 
 
332 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  65.14 
 
 
332 aa  365  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  65.85 
 
 
332 aa  367  1e-100  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  60.87 
 
 
332 aa  363  2e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  62.03 
 
 
340 aa  362  3e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  63.49 
 
 
329 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  59.61 
 
 
322 aa  361  1e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  59.8 
 
 
342 aa  358  8e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  65.37 
 
 
344 aa  356  1.9999999999999998e-97  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  62.84 
 
 
330 aa  353  2e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  63.49 
 
 
332 aa  353  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  66.55 
 
 
317 aa  352  4e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  60.66 
 
 
314 aa  352  5.9999999999999994e-96  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  56.88 
 
 
334 aa  350  2e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  67.13 
 
 
311 aa  348  6e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  63.51 
 
 
329 aa  348  1e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  61.51 
 
 
323 aa  342  5.999999999999999e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  66.23 
 
 
331 aa  341  8e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  66.23 
 
 
331 aa  341  8e-93  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  63.57 
 
 
329 aa  341  8e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  59.11 
 
 
349 aa  341  9e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  63.73 
 
 
323 aa  340  1e-92  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  59.49 
 
 
328 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  58.98 
 
 
323 aa  339  4e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  59.32 
 
 
323 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  63.07 
 
 
313 aa  336  2.9999999999999997e-91  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  59.33 
 
 
344 aa  335  7e-91  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  58.59 
 
 
318 aa  334  1e-90  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  56.57 
 
 
334 aa  334  1e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  62.46 
 
 
326 aa  333  2e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  55.59 
 
 
343 aa  333  3e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  58.68 
 
 
323 aa  330  1e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  67.72 
 
 
329 aa  331  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  59.24 
 
 
333 aa  329  3e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  58.92 
 
 
333 aa  328  5.0000000000000004e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  62.72 
 
 
313 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  65.96 
 
 
328 aa  325  6e-88  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  55.37 
 
 
324 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  55.37 
 
 
324 aa  323  3e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.85 
 
 
656 aa  322  4e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  53.9 
 
 
339 aa  320  1.9999999999999998e-86  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.14 
 
 
324 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  57.81 
 
 
324 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  55.34 
 
 
324 aa  309  5e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  57.34 
 
 
311 aa  306  2.0000000000000002e-82  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4077  inner-membrane translocator  62.83 
 
 
335 aa  296  3e-79  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  56.05 
 
 
324 aa  289  4e-77  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  57 
 
 
332 aa  288  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  55.99 
 
 
325 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  55.99 
 
 
325 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  55.99 
 
 
325 aa  287  2e-76  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3758  putative branched-chain amino acid transport permease  56.27 
 
 
327 aa  281  1e-74  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.241466 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  46 
 
 
318 aa  230  2e-59  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  46.21 
 
 
337 aa  207  1e-52  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  44.52 
 
 
338 aa  204  1e-51  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  47.4 
 
 
306 aa  204  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  44.21 
 
 
340 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  43.24 
 
 
342 aa  197  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  44.74 
 
 
337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  42.96 
 
 
339 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  42.66 
 
 
337 aa  194  2e-48  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  42.66 
 
 
337 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  39.67 
 
 
358 aa  191  1e-47  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  39.6 
 
 
339 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  39.6 
 
 
339 aa  190  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 
333 aa  182  8.000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  41.28 
 
 
339 aa  174  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  37.12 
 
 
332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  40.14 
 
 
621 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.24 
 
 
355 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  36.52 
 
 
351 aa  170  2e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  38.83 
 
 
333 aa  168  9e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  39.01 
 
 
319 aa  168  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  39.56 
 
 
322 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  38.75 
 
 
315 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  40.59 
 
 
343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  39.5 
 
 
320 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  36.39 
 
 
346 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  35.59 
 
 
325 aa  162  5.0000000000000005e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  38.43 
 
 
346 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  35.78 
 
 
322 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  35.78 
 
 
322 aa  159  6e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  36.84 
 
 
411 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  38.3 
 
 
328 aa  158  1e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  40.13 
 
 
346 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>