More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3535 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  99.1 
 
 
334 aa  645    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  100 
 
 
334 aa  649    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  90.55 
 
 
328 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  80.94 
 
 
342 aa  481  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  76.95 
 
 
332 aa  474  1e-133  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  73.07 
 
 
328 aa  475  1e-133  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  73.94 
 
 
323 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  73.62 
 
 
323 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  73.48 
 
 
349 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  81.42 
 
 
344 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  73.75 
 
 
323 aa  444  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  71.25 
 
 
324 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  77.96 
 
 
326 aa  431  1e-120  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  70.94 
 
 
324 aa  434  1e-120  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3117  inner-membrane translocator  75.77 
 
 
333 aa  433  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.433038  normal  0.848648 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  72.55 
 
 
324 aa  426  1e-118  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2463  inner-membrane translocator  74.85 
 
 
333 aa  427  1e-118  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.293616  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  72.22 
 
 
324 aa  427  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  70.94 
 
 
324 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  67.97 
 
 
339 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  68.12 
 
 
318 aa  402  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  65.02 
 
 
343 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0087  inner-membrane translocator  72.15 
 
 
324 aa  402  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  59.58 
 
 
333 aa  404  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  63.12 
 
 
340 aa  399  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0105  inner-membrane translocator  71.56 
 
 
325 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.127814  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2968  inner-membrane translocator  71.56 
 
 
325 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.615491  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0087  inner-membrane translocator  71.56 
 
 
325 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.410791  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4077  inner-membrane translocator  73.93 
 
 
335 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.960861 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  62.8 
 
 
323 aa  387  1e-106  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  64.29 
 
 
344 aa  368  1e-101  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  60 
 
 
309 aa  361  8e-99  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  59.94 
 
 
330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  57.28 
 
 
314 aa  355  5e-97  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  59.38 
 
 
317 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  59.61 
 
 
323 aa  352  5e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.44 
 
 
331 aa  350  2e-95  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  56.88 
 
 
314 aa  350  2e-95  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3758  putative branched-chain amino acid transport permease  65.3 
 
 
327 aa  350  3e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334087  normal  0.241466 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  57.05 
 
 
324 aa  348  5e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  57.37 
 
 
323 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  55.77 
 
 
324 aa  344  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  59.69 
 
 
329 aa  339  4e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  61.22 
 
 
311 aa  335  9e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  60.88 
 
 
329 aa  334  1e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  55.84 
 
 
322 aa  333  3e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  60.54 
 
 
329 aa  332  6e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  58.33 
 
 
330 aa  331  9e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  58.84 
 
 
332 aa  329  4e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  58.84 
 
 
332 aa  329  4e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  57.82 
 
 
332 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  54.77 
 
 
332 aa  323  2e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  57.77 
 
 
313 aa  322  7e-87  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1676  inner-membrane translocator  58.77 
 
 
323 aa  318  6e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.102995  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  58.11 
 
 
313 aa  317  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  57.68 
 
 
328 aa  300  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  55.87 
 
 
331 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  55.87 
 
 
331 aa  296  4e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  58.97 
 
 
329 aa  292  6e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  52.61 
 
 
311 aa  288  7e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  49.31 
 
 
656 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  55.41 
 
 
332 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  45.14 
 
 
318 aa  219  3.9999999999999997e-56  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  45.85 
 
 
337 aa  219  7e-56  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  44.62 
 
 
338 aa  216  5e-55  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  47.78 
 
 
306 aa  211  2e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  43.26 
 
 
342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  37.11 
 
 
358 aa  195  7e-49  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
339 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
339 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  41.28 
 
 
340 aa  191  1e-47  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  40.94 
 
 
337 aa  188  1e-46  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  40.94 
 
 
337 aa  188  1e-46  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  41.74 
 
 
315 aa  181  1e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  46.72 
 
 
337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  47.44 
 
 
339 aa  179  5.999999999999999e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  45.17 
 
 
339 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  40.74 
 
 
346 aa  170  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  40.15 
 
 
351 aa  169  5e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  36.99 
 
 
328 aa  168  1e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  40.75 
 
 
621 aa  167  2e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  36.99 
 
 
328 aa  167  2e-40  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 
333 aa  168  2e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  41.63 
 
 
319 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  38.01 
 
 
632 aa  167  2.9999999999999998e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  42.96 
 
 
331 aa  166  5.9999999999999996e-40  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.45 
 
 
355 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  39.36 
 
 
333 aa  163  3e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  37.45 
 
 
332 aa  163  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  37.23 
 
 
402 aa  162  6e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  41.54 
 
 
320 aa  161  1e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  38.71 
 
 
325 aa  161  1e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  40.66 
 
 
343 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  38.6 
 
 
333 aa  161  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  41.09 
 
 
652 aa  160  2e-38  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>