More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_1493 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  100 
 
 
444 aa  877    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  86.26 
 
 
440 aa  723    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  99.1 
 
 
444 aa  872    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  67.87 
 
 
439 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  67.44 
 
 
437 aa  562  1.0000000000000001e-159  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  55.61 
 
 
440 aa  426  1e-118  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  53.21 
 
 
430 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  54.17 
 
 
445 aa  404  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  53.92 
 
 
445 aa  404  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  52.96 
 
 
442 aa  395  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  52.12 
 
 
429 aa  388  1e-106  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  50 
 
 
441 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  52.33 
 
 
454 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  53.6 
 
 
422 aa  363  3e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  53.09 
 
 
432 aa  352  1e-95  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  51.7 
 
 
434 aa  351  1e-95  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  51.49 
 
 
430 aa  345  1e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  48.4 
 
 
430 aa  344  2e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  46.04 
 
 
433 aa  338  9e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  52.49 
 
 
442 aa  336  5e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  47.21 
 
 
433 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  46.34 
 
 
433 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  47.56 
 
 
433 aa  331  1e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  47.63 
 
 
428 aa  311  2e-83  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  43.6 
 
 
419 aa  269  8.999999999999999e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  40.89 
 
 
408 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  44.16 
 
 
408 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  50.33 
 
 
741 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.72 
 
 
409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  42.89 
 
 
409 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  43.67 
 
 
409 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  43.67 
 
 
409 aa  231  2e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  44.94 
 
 
405 aa  229  5e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  52.7 
 
 
761 aa  228  2e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  52.7 
 
 
755 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  52.7 
 
 
758 aa  227  3e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  52.7 
 
 
749 aa  227  3e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  52.7 
 
 
746 aa  227  4e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  52.7 
 
 
746 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  52.7 
 
 
752 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.94 
 
 
406 aa  187  4e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.26 
 
 
406 aa  185  2.0000000000000003e-45  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  43.17 
 
 
408 aa  169  7e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  30 
 
 
346 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  34.83 
 
 
320 aa  137  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  30.74 
 
 
333 aa  134  3e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.66 
 
 
358 aa  132  7.999999999999999e-30  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  30.85 
 
 
309 aa  130  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.87 
 
 
337 aa  130  3e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  29.55 
 
 
852 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.87 
 
 
337 aa  130  3e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  32.57 
 
 
328 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  34.58 
 
 
333 aa  128  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  33.09 
 
 
314 aa  127  3e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  29.96 
 
 
334 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  29.57 
 
 
340 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  28.57 
 
 
328 aa  127  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.46 
 
 
340 aa  127  5e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
318 aa  126  8.000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  32.14 
 
 
337 aa  126  8.000000000000001e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  32.36 
 
 
328 aa  125  2e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.31 
 
 
315 aa  124  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.52 
 
 
328 aa  123  6e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  31.1 
 
 
342 aa  123  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  30.36 
 
 
339 aa  123  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  32.08 
 
 
332 aa  122  9e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  30.21 
 
 
323 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  31.82 
 
 
328 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  30.03 
 
 
351 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  30.16 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  30.16 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  30.56 
 
 
339 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  31.7 
 
 
344 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  29.93 
 
 
314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4452  inner-membrane translocator  33.46 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.37302  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8053  inner-membrane translocator  33.46 
 
 
331 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  30.07 
 
 
323 aa  119  7.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  32.03 
 
 
330 aa  119  9e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  30.32 
 
 
838 aa  119  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.76 
 
 
656 aa  117  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3242  inner-membrane translocator  33.33 
 
 
329 aa  117  6e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.194129  normal  0.515147 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  29.41 
 
 
330 aa  116  6.9999999999999995e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  28.73 
 
 
322 aa  116  8.999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  29.6 
 
 
334 aa  116  1.0000000000000001e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.49 
 
 
320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  31.73 
 
 
652 aa  115  1.0000000000000001e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.1 
 
 
333 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  28.94 
 
 
311 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  31.67 
 
 
323 aa  114  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  29.69 
 
 
324 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  28.53 
 
 
842 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1379  inner-membrane translocator  30.77 
 
 
317 aa  113  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 
331 aa  112  1.0000000000000001e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  32.92 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  27.93 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.42 
 
 
323 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  32.41 
 
 
313 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  31.23 
 
 
840 aa  112  1.0000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  30.42 
 
 
342 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  29.35 
 
 
324 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.828472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>