More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1578 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  92.36 
 
 		 433 aa  756    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  83.92 
 
 		 433 aa  708    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  90.51 
 
 		 433 aa  743    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  100 
 
 		 433 aa  852    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  55.74 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  59.63 
 
 		 442 aa  431  1e-119  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  51.71 
 
 		 439 aa  396  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  49.38 
 
 		 437 aa  374  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  49.5 
 
 		 440 aa  362  5.0000000000000005e-99  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  49.62 
 
 		 445 aa  354  2e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  47.56 
 
 		 444 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  49.37 
 
 		 445 aa  352  5e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  49.27 
 
 		 440 aa  351  1e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  47.32 
 
 		 444 aa  352  1e-95  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  43.9 
 
 		 430 aa  347  3e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  44.86 
 
 		 429 aa  340  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  48.42 
 
 		 442 aa  340  2e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  49.61 
 
 		 422 aa  326  6e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  49.59 
 
 		 434 aa  321  1.9999999999999998e-86  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  47.49 
 
 		 454 aa  320  5e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  47.73 
 
 		 432 aa  308  2.0000000000000002e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  48.02 
 
 		 430 aa  298  1e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 430 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.6 
 
 		 428 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  46.56 
 
 		 419 aa  211  1e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  45.16 
 
 		 408 aa  210  4e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  47.12 
 
 		 741 aa  209  5e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  45.18 
 
 		 408 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  40.44 
 
 		 409 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 409 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 409 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  46.81 
 
 		 409 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.85 
 
 		 406 aa  189  7e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  46.79 
 
 		 758 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  46.79 
 
 		 761 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  43.81 
 
 		 405 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50.37 
 
 		 752 aa  187  2e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  44.49 
 
 		 406 aa  187  3e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  50.37 
 
 		 749 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  50.37 
 
 		 746 aa  187  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50.37 
 
 		 755 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  50 
 
 		 746 aa  183  7e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 408 aa  181  2.9999999999999997e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 358 aa  144  3e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.88 
 
 		 337 aa  130  5.0000000000000004e-29  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.45 
 
 		 333 aa  127  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  30.19 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 342 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 339 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.17 
 
 		 852 aa  124  3e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 320 aa  122  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  32.08 
 
 		 313 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.61 
 
 		 331 aa  119  7e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 346 aa  119  7e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.84 
 
 		 656 aa  119  9e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.12 
 
 		 315 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  33.12 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  32.5 
 
 		 314 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 328 aa  118  1.9999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 333 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 330 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 333 aa  117  5e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  31.82 
 
 		 332 aa  117  5e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  30.82 
 
 		 323 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 399 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.36 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 334 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 315 aa  115  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  30.96 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  33.57 
 
 		 332 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  28.88 
 
 		 402 aa  113  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 333 aa  112  9e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 338 aa  112  1.0000000000000001e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  32.1 
 
 		 330 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  32.35 
 
 		 344 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  30.55 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 351 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 332 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  30.77 
 
 		 324 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 343 aa  111  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  29.45 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 324 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  31.16 
 
 		 309 aa  110  5e-23  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  34.66 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 314 aa  109  1e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.56 
 
 		 323 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  30.9 
 
 		 323 aa  109  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  30.03 
 
 		 399 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  30.27 
 
 		 842 aa  108  1e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 342 aa  108  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 330 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.43 
 
 		 632 aa  107  4e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>