More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2235 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  100 
 
 		 327 aa  639    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0860  inner-membrane translocator  72.56 
 
 		 324 aa  391  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.18038  normal  0.215748 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5097  inner-membrane translocator  59.63 
 
 		 330 aa  353  2.9999999999999997e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.282354  normal  0.971195 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.01 
 
 		 315 aa  257  2e-67  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 346 aa  244  9.999999999999999e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  43.04 
 
 		 335 aa  233  4.0000000000000004e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  42.47 
 
 		 318 aa  221  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  40.51 
 
 		 333 aa  207  1e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  45.45 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0988  inner-membrane translocator  42.05 
 
 		 349 aa  197  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000237918 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3270  ABC transporter related  42.09 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  43.64 
 
 		 316 aa  186  5e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  44.26 
 
 		 304 aa  186  6e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5129  inner-membrane translocator  44.41 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.829684  normal  0.0107834 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4000  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4486  inner-membrane translocator  44.63 
 
 		 320 aa  179  8e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3172  inner-membrane translocator  45.71 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0411504  normal  0.957226 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2304  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 329 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1210  inner-membrane translocator  44.9 
 
 		 334 aa  172  6.999999999999999e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.085887  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 328 aa  172  1e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 343 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.53 
 
 		 594 aa  165  1.0000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3641  inner-membrane translocator  43.34 
 
 		 334 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0755911 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 358 aa  162  5.0000000000000005e-39  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 361 aa  162  8.000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  37.29 
 
 		 346 aa  162  8.000000000000001e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  41 
 
 		 333 aa  160  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 368 aa  160  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 346 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 340 aa  159  8e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0364  inner-membrane translocator  41.92 
 
 		 327 aa  157  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  39.59 
 
 		 852 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 320 aa  156  5.0000000000000005e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  37.76 
 
 		 838 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  35.2 
 
 		 597 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 339 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  39.14 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 322 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 333 aa  149  6e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.52 
 
 		 355 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 320 aa  149  8e-35  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 652 aa  149  8e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 340 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 343 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 351 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 318 aa  146  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3828  inner-membrane translocator  39.8 
 
 		 320 aa  145  6e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.4 
 
 		 331 aa  145  8.000000000000001e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 344 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  35.54 
 
 		 334 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 321 aa  144  2e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  36.97 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 333 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 332 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 309 aa  141  9.999999999999999e-33  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 337 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2247  transmembrane ABC transporter protein  36.27 
 
 		 341 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0431032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 338 aa  141  1.9999999999999998e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 333 aa  139  4.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  36.77 
 
 		 840 aa  139  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 342 aa  139  6e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  35.62 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 324 aa  139  6e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 339 aa  138  1e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  37.02 
 
 		 328 aa  137  2e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 319 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 337 aa  137  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 340 aa  137  2e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 329 aa  136  4e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  33.22 
 
 		 322 aa  136  4e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 347 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  35.79 
 
 		 330 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 347 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 347 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  35.21 
 
 		 332 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 314 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  35.34 
 
 		 332 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  34.84 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2452  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 344 aa  135  8e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 324 aa  135  9e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 332 aa  135  9e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  40.99 
 
 		 331 aa  134  9.999999999999999e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 332 aa  135  9.999999999999999e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 324 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  38.19 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 323 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  35.4 
 
 		 842 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 338 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 323 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0059  inner-membrane translocator  33.96 
 
 		 328 aa  133  5e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0244383  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>