More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2928 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_2932  inner-membrane translocator  75.76 
 
 		 440 aa  637    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.303159  normal  0.436375 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2928  inner-membrane translocator  100 
 
 		 442 aa  871    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0634587  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2023  inner-membrane translocator  73.64 
 
 		 445 aa  620  1e-176  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.102668  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1681  inner-membrane translocator  73.86 
 
 		 445 aa  620  1e-176  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3310  inner-membrane translocator  71.78 
 
 		 454 aa  586  1e-166  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0932406  normal  0.021749 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2576  inner-membrane translocator  66.36 
 
 		 430 aa  587  1e-166  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.262012  normal  0.349812 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2389  inner-membrane translocator  64.8 
 
 		 429 aa  554  1e-156  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0550478  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1795  inner-membrane translocator  72.38 
 
 		 422 aa  547  1e-154  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1839  inner-membrane translocator  68.47 
 
 		 434 aa  487  1e-136  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.27938 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1851  inner-membrane translocator  60.76 
 
 		 432 aa  460  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1772  putative amino acid transport system permease lipoprotein transmembrane  60.19 
 
 		 430 aa  441  1e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0280835 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1401  inner-membrane translocator  55.48 
 
 		 439 aa  438  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.296284  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1860  inner-membrane translocator  52.98 
 
 		 437 aa  437  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.22716 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1493  inner-membrane translocator  53.23 
 
 		 444 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.530836  normal  0.532886 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1452  inner-membrane translocator  53 
 
 		 444 aa  407  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0642822  hitchhiker  0.000453493 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1752  amino acid ABC transporter permease  51.47 
 
 		 440 aa  390  1e-107  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.550202  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0224  inner-membrane translocator  50.12 
 
 		 441 aa  362  5.0000000000000005e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4169  inner-membrane translocator  49.88 
 
 		 433 aa  352  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.595582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1572  inner-membrane translocator  48.66 
 
 		 433 aa  349  5e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.720427 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1578  inner-membrane translocator  48.42 
 
 		 433 aa  347  2e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.611653  normal  0.703431 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4566  inner-membrane translocator  48.98 
 
 		 433 aa  345  8e-94  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.163512  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3167  inner-membrane translocator  51.68 
 
 		 442 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.581238  normal  0.308914 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2817  inner-membrane translocator  41.44 
 
 		 430 aa  262  1e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.678214  normal  0.0943993 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1319  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  43.63 
 
 		 428 aa  251  1e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2652  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  46.67 
 
 		 741 aa  223  6e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1334  inner-membrane translocator  43.09 
 
 		 408 aa  220  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0220278  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1295  inner-membrane translocator  40.16 
 
 		 408 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1606  inner-membrane translocator  43.26 
 
 		 419 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0908  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein, putative  48 
 
 		 761 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0441  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP binding protein  48 
 
 		 749 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.721247  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1826  ABC-transporter  48 
 
 		 758 aa  205  1e-51  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.256194  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1439  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48 
 
 		 755 aa  205  1e-51  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1650  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48 
 
 		 752 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1672  ABC-transporter  48 
 
 		 746 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.504815  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0721  ABC transporter, permease/ATP-binding protein  48 
 
 		 746 aa  204  3e-51  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1900  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 405 aa  204  4e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.157524 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4559  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.48 
 
 		 409 aa  202  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.267582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1393  inner-membrane translocator  44.04 
 
 		 409 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194259 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0933  inner-membrane translocator  44.7 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.532515  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1415  inner-membrane translocator  44.7 
 
 		 409 aa  195  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.446365  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0023  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.18 
 
 		 406 aa  164  3e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0026  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.42 
 
 		 406 aa  163  6e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1575  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 408 aa  160  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.832106  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  31.96 
 
 		 346 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.21 
 
 		 333 aa  129  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 337 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  33.21 
 
 		 337 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  32.83 
 
 		 340 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 358 aa  127  5e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 339 aa  126  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 337 aa  124  4e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.18 
 
 		 315 aa  123  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3320  inner-membrane translocator  29.26 
 
 		 334 aa  118  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  29.84 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  30.97 
 
 		 333 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.46 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  27.97 
 
 		 852 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 342 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1383  inner-membrane translocator  28.09 
 
 		 399 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.105082 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6489  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 320 aa  110  5e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.635062  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 328 aa  110  5e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  29.85 
 
 		 838 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1402  inner-membrane translocator  27.27 
 
 		 402 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.744825 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  31.82 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0078  branched-chain amino acid ABC transporter permease protein  29.55 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.17119  n/a   
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  31.73 
 
 		 328 aa  108  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 304 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4462  inner-membrane translocator  30.04 
 
 		 633 aa  108  2e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.906456  normal  0.226245 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  28.35 
 
 		 324 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.88 
 
 		 632 aa  106  8e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  27.79 
 
 		 324 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 323 aa  106  9e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  28.85 
 
 		 339 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  29.52 
 
 		 314 aa  105  2e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1513  inner-membrane translocator  27.19 
 
 		 399 aa  105  2e-21  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.395595  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  28.12 
 
 		 621 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1946  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 411 aa  104  3e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.939983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0658  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  29.86 
 
 		 646 aa  104  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.755349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  30 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  27.58 
 
 		 351 aa  103  7e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  30.1 
 
 		 840 aa  103  8e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2761  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 411 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  30.38 
 
 		 340 aa  102  1e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  29.35 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  30.51 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4327  inner-membrane translocator  28.82 
 
 		 646 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0490651  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  28.57 
 
 		 322 aa  101  3e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0792  inner-membrane translocator  29.17 
 
 		 335 aa  101  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.756221 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2422  inner-membrane translocator  27.88 
 
 		 355 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.892613  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  29.37 
 
 		 314 aa  101  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  26.38 
 
 		 562 aa  100  4e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  28.9 
 
 		 333 aa  100  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  30 
 
 		 840 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  29.17 
 
 		 323 aa  100  5e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4399  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 333 aa  100  5e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  26.94 
 
 		 334 aa  99.8  8e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2714  inner-membrane translocator  29.83 
 
 		 351 aa  99.8  9e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00849932  normal  0.409913 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4063  inner-membrane translocator  27.03 
 
 		 632 aa  99.8  9e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.141363  normal  0.461236 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  28.42 
 
 		 330 aa  99.4  1e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>