More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3688 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  100 
 
 		 330 aa  644    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  80.76 
 
 		 336 aa  468  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  78.62 
 
 		 340 aa  460  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  48.79 
 
 		 332 aa  280  3e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 407 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 407 aa  194  3e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 415 aa  188  9e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 452 aa  188  1e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  39.32 
 
 		 407 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.14 
 
 		 418 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.51 
 
 		 418 aa  179  8e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.51 
 
 		 421 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.91 
 
 		 325 aa  177  3e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  42.32 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.18 
 
 		 421 aa  176  6e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.23 
 
 		 423 aa  176  7e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.84 
 
 		 418 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.8 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.18 
 
 		 418 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.18 
 
 		 418 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.64 
 
 		 423 aa  172  9e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.62 
 
 		 425 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.62 
 
 		 425 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.62 
 
 		 425 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.62 
 
 		 425 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.62 
 
 		 425 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.89 
 
 		 424 aa  169  5e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 319 aa  169  6e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.72 
 
 		 428 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 357 aa  168  1e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.72 
 
 		 428 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 562 aa  167  2e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.29 
 
 		 425 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.58 
 
 		 424 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 315 aa  166  2.9999999999999998e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  41.07 
 
 		 830 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 335 aa  166  5e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.96 
 
 		 423 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.96 
 
 		 427 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.96 
 
 		 427 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.2 
 
 		 424 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.73 
 
 		 425 aa  165  8e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.89 
 
 		 412 aa  165  9e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.53 
 
 		 417 aa  165  9e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.05 
 
 		 427 aa  165  1.0000000000000001e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 293 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.53 
 
 		 417 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  34.82 
 
 		 353 aa  164  2.0000000000000002e-39  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  35.99 
 
 		 593 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 325 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 341 aa  164  3e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  35.61 
 
 		 643 aa  163  4.0000000000000004e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  37.58 
 
 		 593 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  35.41 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 349 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  36.7 
 
 		 332 aa  162  7e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.41 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 318 aa  162  7e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 328 aa  162  8.000000000000001e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  37.45 
 
 		 646 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.05 
 
 		 646 aa  160  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.27 
 
 		 423 aa  160  4e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.84 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 314 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  37.14 
 
 		 663 aa  159  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 398 aa  159  9e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  33.8 
 
 		 643 aa  158  1e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  36.17 
 
 		 345 aa  158  1e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 327 aa  158  1e-37  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 321 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  37.25 
 
 		 832 aa  157  2e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 333 aa  157  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 350 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2473  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 373 aa  156  4e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 484 aa  156  4e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  36.82 
 
 		 647 aa  156  5.0000000000000005e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 346 aa  155  9e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.96 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  35.67 
 
 		 606 aa  154  1e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 401 aa  154  1e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 314 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.45 
 
 		 459 aa  155  1e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.96 
 
 		 423 aa  155  1e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 328 aa  154  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.31 
 
 		 427 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>