More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE2365 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 339 aa  665    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 407 aa  207  3e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 321 aa  206  7e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  39.46 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  39.31 
 
 		 357 aa  202  6e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  38.49 
 
 		 407 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  35.55 
 
 		 593 aa  200  3e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 300 aa  199  7e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  35.88 
 
 		 593 aa  199  7.999999999999999e-50  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 299 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.73 
 
 		 423 aa  195  1e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 415 aa  195  1e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 401 aa  192  7e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 326 aa  191  1e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 443 aa  191  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  37.07 
 
 		 606 aa  189  4e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.32 
 
 		 307 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  34.93 
 
 		 452 aa  189  7e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 297 aa  189  7e-47  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.92 
 
 		 326 aa  188  9e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 327 aa  188  1e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 319 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 335 aa  185  8e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.34 
 
 		 412 aa  185  9e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  33.83 
 
 		 433 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.16 
 
 		 424 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 287 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.6 
 
 		 418 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 363 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.88 
 
 		 418 aa  183  3e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.56 
 
 		 421 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.6 
 
 		 418 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.43 
 
 		 298 aa  183  4.0000000000000006e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.6 
 
 		 418 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 327 aa  183  5.0000000000000004e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  37.03 
 
 		 407 aa  183  5.0000000000000004e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.86 
 
 		 428 aa  182  9.000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.6 
 
 		 418 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 328 aa  181  1e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.86 
 
 		 428 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.56 
 
 		 421 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  36.81 
 
 		 311 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.98 
 
 		 389 aa  180  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  37.94 
 
 		 643 aa  181  2e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 398 aa  180  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.5 
 
 		 423 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 463 aa  179  4e-44  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 433 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.29 
 
 		 418 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 317 aa  179  5.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 372 aa  179  5.999999999999999e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.03 
 
 		 423 aa  179  5.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 435 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.03 
 
 		 423 aa  179  7e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.54 
 
 		 362 aa  179  9e-44  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  31.17 
 
 		 474 aa  178  1e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.43 
 
 		 423 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.43 
 
 		 427 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  38.4 
 
 		 646 aa  178  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.43 
 
 		 427 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.43 
 
 		 423 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  35.5 
 
 		 318 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  34.76 
 
 		 437 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  37.54 
 
 		 608 aa  176  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.73 
 
 		 423 aa  176  4e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.73 
 
 		 423 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.73 
 
 		 423 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  32.22 
 
 		 328 aa  176  5e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  32.07 
 
 		 358 aa  176  6e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  33.72 
 
 		 399 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0096  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40.34 
 
 		 607 aa  176  7e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.26664 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 433 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  31.22 
 
 		 389 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 437 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.2 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 320 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  35.13 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  38.11 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 297 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.16 
 
 		 389 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 389 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.47 
 
 		 389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  38.02 
 
 		 646 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>