More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1004 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  100 
 
 		 333 aa  657    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  77.41 
 
 		 400 aa  424  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  59.21 
 
 		 345 aa  320  1.9999999999999998e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  62.37 
 
 		 336 aa  314  9.999999999999999e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  60.79 
 
 		 339 aa  312  5.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  56.67 
 
 		 336 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  58.84 
 
 		 338 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4712  inner-membrane translocator  39.18 
 
 		 348 aa  187  2e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  41.67 
 
 		 373 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  41.98 
 
 		 381 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  40.45 
 
 		 349 aa  172  5.999999999999999e-42  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0431  inner-membrane translocator  43.55 
 
 		 320 aa  172  7.999999999999999e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0346902  normal  0.0388859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.71 
 
 		 325 aa  171  1e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 336 aa  169  4e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 340 aa  169  5e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 330 aa  169  6e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  34.25 
 
 		 643 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 346 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  37.12 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 355 aa  160  2e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.15 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 345 aa  160  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.65 
 
 		 332 aa  159  4e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  34.87 
 
 		 317 aa  159  7e-38  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 352 aa  156  4e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 562 aa  156  4e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  41.84 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  41.42 
 
 		 357 aa  156  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 345 aa  155  7e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  40.73 
 
 		 358 aa  153  2.9999999999999998e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  34.92 
 
 		 646 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.63 
 
 		 360 aa  154  2.9999999999999998e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 341 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  39.64 
 
 		 357 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 358 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.92 
 
 		 646 aa  152  1e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 356 aa  151  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  40 
 
 		 357 aa  150  3e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22990  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  37.59 
 
 		 356 aa  150  3e-35  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0910597  normal  0.0451282 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 370 aa  150  4e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  33.87 
 
 		 643 aa  150  4e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  35.74 
 
 		 648 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  37.5 
 
 		 830 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 332 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  34.23 
 
 		 337 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 354 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.98 
 
 		 663 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 328 aa  147  4.0000000000000006e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  41.35 
 
 		 355 aa  146  4.0000000000000006e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  34.74 
 
 		 360 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 357 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  36.94 
 
 		 319 aa  143  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  32.8 
 
 		 614 aa  143  5e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.57 
 
 		 350 aa  142  6e-33  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 358 aa  142  9e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 346 aa  142  9e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  35.27 
 
 		 319 aa  142  9e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  38.81 
 
 		 358 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  37.6 
 
 		 357 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.02 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.23 
 
 		 350 aa  141  1.9999999999999998e-32  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 321 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 327 aa  140  1.9999999999999998e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.3 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 328 aa  139  6e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  34.11 
 
 		 647 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 350 aa  138  1e-31  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.55 
 
 		 418 aa  138  2e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 571 aa  136  6.0000000000000005e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  34.74 
 
 		 832 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.81 
 
 		 307 aa  135  9e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  27.9 
 
 		 398 aa  134  3e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  30.43 
 
 		 327 aa  134  3e-30  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  28 
 
 		 407 aa  133  5e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 317 aa  133  5e-30  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 321 aa  133  5e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  35.27 
 
 		 823 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.58 
 
 		 358 aa  132  6e-30  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 407 aa  132  6.999999999999999e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 309 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 356 aa  132  9e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 356 aa  131  1.0000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  32.48 
 
 		 593 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  31.04 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5338  ABC transporter related  35.03 
 
 		 823 aa  131  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.591038  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 339 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 357 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>