More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_6116 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  100 
 
 		 332 aa  652    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  48.7 
 
 		 336 aa  287  2e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  50.35 
 
 		 340 aa  286  2.9999999999999996e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  48.29 
 
 		 330 aa  280  3e-74  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  34.41 
 
 		 324 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  37.64 
 
 		 315 aa  168  9e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 325 aa  166  4e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 293 aa  166  5e-40  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 341 aa  166  6.9999999999999995e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 407 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.1 
 
 		 307 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  34.64 
 
 		 321 aa  162  9e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  34.11 
 
 		 643 aa  161  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 415 aa  161  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 407 aa  161  1e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  38.49 
 
 		 599 aa  160  3e-38  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  35.84 
 
 		 562 aa  160  4e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.48 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.09 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 297 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 358 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 299 aa  155  8e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  37.75 
 
 		 646 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.08 
 
 		 332 aa  155  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 317 aa  155  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.67 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 381 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  33.9 
 
 		 372 aa  153  2.9999999999999998e-36  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 452 aa  153  4e-36  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 443 aa  152  7e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1697  ABC transporter related  36.91 
 
 		 593 aa  151  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777579  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.95 
 
 		 646 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  37.81 
 
 		 608 aa  150  3e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  37.37 
 
 		 593 aa  150  4e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  30 
 
 		 337 aa  149  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  33.43 
 
 		 328 aa  149  5e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  33.88 
 
 		 614 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 321 aa  149  7e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  32.68 
 
 		 335 aa  149  8e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 376 aa  149  8e-35  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  35.16 
 
 		 643 aa  149  8e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  36.62 
 
 		 333 aa  149  9e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 319 aa  149  9e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.09 
 
 		 663 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  37.04 
 
 		 593 aa  147  3e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  38.16 
 
 		 611 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 349 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.23 
 
 		 322 aa  146  6e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  33.04 
 
 		 335 aa  146  6e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 407 aa  145  7.0000000000000006e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 349 aa  145  8.000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.41 
 
 		 298 aa  145  8.000000000000001e-34  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  36.88 
 
 		 830 aa  145  1e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 291 aa  145  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  34.75 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  32.84 
 
 		 852 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  35.39 
 
 		 606 aa  144  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 297 aa  144  2e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.31 
 
 		 418 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 393 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  32.49 
 
 		 463 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6016  ABC transporter related  39.44 
 
 		 611 aa  144  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604136  decreased coverage  0.00266342 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 350 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32 
 
 		 418 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 		 326 aa  143  4e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  37.55 
 
 		 832 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  34.78 
 
 		 648 aa  142  8e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32 
 
 		 418 aa  142  8e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.38 
 
 		 418 aa  142  9e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  37.2 
 
 		 328 aa  142  9e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  32.57 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 348 aa  142  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2181  ABC branched-chain amino acid transporter, fused ATPase and inner-membrane subunits  40.29 
 
 		 652 aa  142  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  32.34 
 
 		 311 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 318 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.17 
 
 		 418 aa  141  1.9999999999999998e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3033  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.235152  normal  0.243359 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 358 aa  140  1.9999999999999998e-32  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 456 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3018  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 390 aa  141  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.199444  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  38.34 
 
 		 647 aa  140  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1684  ABC transporter related  38.03 
 
 		 629 aa  140  1.9999999999999998e-32  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0459583  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3064  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 426 aa  140  1.9999999999999998e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.573213 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.15 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1697  ABC transporter-related protein  40.66 
 
 		 652 aa  140  3e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 358 aa  140  3e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 358 aa  140  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5974  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 341 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1768  ABC transporter related  40.29 
 
 		 652 aa  139  4.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.412398  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0563  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.24 
 
 		 332 aa  139  6e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000316396  normal  0.689961 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  35.96 
 
 		 326 aa  139  7e-32  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 351 aa  139  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  32.75 
 
 		 318 aa  139  7.999999999999999e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2163  ABC transporter related  36.56 
 
 		 828 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0310151  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>