More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0563 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0563  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  100 
 
 		 332 aa  643    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000316396  normal  0.689961 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 315 aa  142  9.999999999999999e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.1 
 
 		 593 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  36.81 
 
 		 332 aa  135  7.000000000000001e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  36.1 
 
 		 593 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.61 
 
 		 328 aa  132  9e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  32.92 
 
 		 606 aa  123  4e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 340 aa  122  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  33.56 
 
 		 336 aa  120  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4480  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  30.32 
 
 		 327 aa  116  6e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  29.83 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 351 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  34.22 
 
 		 339 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  32.33 
 
 		 663 aa  113  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 325 aa  112  7.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.36 
 
 		 333 aa  112  8.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  28.67 
 
 		 393 aa  110  3e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2142  inner-membrane translocator  32.31 
 
 		 324 aa  110  3e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.711821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  30.3 
 
 		 324 aa  109  7.000000000000001e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 335 aa  109  7.000000000000001e-23  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.25 
 
 		 423 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3647  inner-membrane translocator  28.76 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0606167  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  31.1 
 
 		 332 aa  108  1e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  33.33 
 
 		 646 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.32 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0500  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.3 
 
 		 314 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0771469  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  31.08 
 
 		 333 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  31.62 
 
 		 299 aa  107  4e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  30.8 
 
 		 321 aa  106  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  30.72 
 
 		 299 aa  106  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  31.92 
 
 		 358 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.67 
 
 		 355 aa  105  7e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.11 
 
 		 315 aa  105  9e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  30 
 
 		 287 aa  105  1e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.81 
 
 		 427 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  32.94 
 
 		 646 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  28.93 
 
 		 333 aa  105  1e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  30.55 
 
 		 389 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  31.54 
 
 		 339 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 348 aa  104  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.81 
 
 		 423 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  27.99 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.81 
 
 		 427 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  29.45 
 
 		 614 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.21 
 
 		 418 aa  103  3e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  29.41 
 
 		 372 aa  103  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5835  inner-membrane translocator  32.8 
 
 		 344 aa  103  3e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.825187  hitchhiker  0.0031354 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.46 
 
 		 424 aa  103  3e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  32.26 
 
 		 335 aa  103  4e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  30.94 
 
 		 407 aa  103  4e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4660  inner-membrane translocator  31.67 
 
 		 343 aa  103  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 333 aa  103  4e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5640  inner-membrane translocator  31.01 
 
 		 317 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  30.65 
 
 		 338 aa  103  5e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 415 aa  103  5e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  32.89 
 
 		 358 aa  102  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.31 
 
 		 325 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  31.58 
 
 		 830 aa  102  7e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  32.58 
 
 		 327 aa  102  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 346 aa  102  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  32.56 
 
 		 407 aa  102  8e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  31.13 
 
 		 293 aa  102  9e-21  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.65 
 
 		 328 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 319 aa  101  1e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 297 aa  102  1e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  30.45 
 
 		 433 aa  102  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.01 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 435 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.01 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.06 
 
 		 423 aa  101  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 322 aa  101  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.01 
 
 		 425 aa  101  2e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3334  inner-membrane translocator  28.52 
 
 		 388 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.692484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  32.71 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  31.11 
 
 		 643 aa  100  2e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.79 
 
 		 428 aa  101  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  28.97 
 
 		 643 aa  101  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1906  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 326 aa  101  2e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.257462 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.01 
 
 		 425 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.01 
 
 		 425 aa  100  3e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  31.49 
 
 		 336 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  27.84 
 
 		 337 aa  100  3e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4369  inner-membrane translocator  28.74 
 
 		 346 aa  100  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0543124  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  30.66 
 
 		 318 aa  100  3e-20  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 341 aa  100  4e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.45 
 
 		 428 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 337 aa  100  4e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.23 
 
 		 424 aa  100  4e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  28.46 
 
 		 562 aa  99.8  6e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 340 aa  99.8  6e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>