More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4243 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  100 
 
 		 339 aa  673    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  91.39 
 
 		 336 aa  577  1.0000000000000001e-163  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  90.21 
 
 		 336 aa  568  1e-161  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  77.45 
 
 		 338 aa  490  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  75.38 
 
 		 345 aa  480  1e-134  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  60.71 
 
 		 333 aa  315  7e-85  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  50.74 
 
 		 400 aa  289  4e-77  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 381 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 358 aa  181  2e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.49 
 
 		 325 aa  180  4e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  35.24 
 
 		 349 aa  179  4.999999999999999e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  39.1 
 
 		 562 aa  176  7e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 358 aa  173  3.9999999999999995e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0431  inner-membrane translocator  43.12 
 
 		 320 aa  172  5e-42  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0346902  normal  0.0388859 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 348 aa  171  1e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4712  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 348 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  38.67 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  37.83 
 
 		 336 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 355 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  36 
 
 		 330 aa  166  4e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.23 
 
 		 357 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  35.44 
 
 		 360 aa  161  1e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 345 aa  162  1e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 349 aa  160  3e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 357 aa  160  3e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 357 aa  159  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 346 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.83 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  35.32 
 
 		 643 aa  154  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 358 aa  153  5e-36  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 356 aa  153  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 321 aa  152  5.9999999999999996e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.5 
 
 		 350 aa  152  1e-35  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  37 
 
 		 643 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  35.77 
 
 		 646 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 373 aa  150  3e-35  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.58 
 
 		 646 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  35.82 
 
 		 357 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 352 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 357 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 357 aa  146  4.0000000000000006e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.59 
 
 		 339 aa  146  5e-34  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37 
 
 		 415 aa  146  5e-34  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 358 aa  146  5e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  33.91 
 
 		 357 aa  146  5e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.38 
 
 		 328 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 407 aa  145  9e-34  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.1 
 
 		 357 aa  145  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 328 aa  142  9.999999999999999e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.8 
 
 		 663 aa  140  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 337 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 341 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 407 aa  140  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  37.31 
 
 		 832 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  35.49 
 
 		 358 aa  140  3e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  34.8 
 
 		 648 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  36.23 
 
 		 647 aa  139  4.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  31.38 
 
 		 389 aa  138  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  33.1 
 
 		 355 aa  138  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 356 aa  137  2e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  37.15 
 
 		 830 aa  137  2e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  36.89 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 357 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  35.4 
 
 		 317 aa  138  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.98 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  33.59 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.75 
 
 		 389 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 356 aa  136  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 357 aa  135  9e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 358 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.16 
 
 		 389 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 327 aa  135  9.999999999999999e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.5 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.16 
 
 		 389 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 435 aa  134  1.9999999999999998e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.52 
 
 		 332 aa  134  3e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 318 aa  133  3.9999999999999996e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 346 aa  133  5e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  30.34 
 
 		 318 aa  132  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  32.39 
 
 		 407 aa  132  6e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  34.42 
 
 		 353 aa  132  7.999999999999999e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 443 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.99 
 
 		 418 aa  132  9e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22990  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  34.02 
 
 		 356 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0910597  normal  0.0451282 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  31.3 
 
 		 389 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>