More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2608 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  100 
 
 		 357 aa  715    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  91.6 
 
 		 357 aa  617  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  86.83 
 
 		 357 aa  597  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  84.59 
 
 		 357 aa  578  1e-164  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  75.98 
 
 		 355 aa  515  1.0000000000000001e-145  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 373 aa  449  1e-125  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  62.75 
 
 		 357 aa  437  1e-121  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  63.31 
 
 		 356 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  61.62 
 
 		 357 aa  432  1e-120  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  61.62 
 
 		 357 aa  399  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  59.38 
 
 		 357 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  58.29 
 
 		 357 aa  392  1e-108  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 357 aa  391  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  61.06 
 
 		 357 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 349 aa  265  8e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  43.5 
 
 		 352 aa  264  2e-69  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  41.79 
 
 		 349 aa  263  4.999999999999999e-69  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  43.79 
 
 		 352 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  43.5 
 
 		 352 aa  258  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 345 aa  256  4e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  41.31 
 
 		 350 aa  254  1.0000000000000001e-66  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 348 aa  253  3e-66  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  41.03 
 
 		 350 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 355 aa  253  4.0000000000000004e-66  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 350 aa  252  6e-66  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 345 aa  248  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  37.82 
 
 		 346 aa  246  3e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  39.5 
 
 		 358 aa  239  5e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 358 aa  236  5.0000000000000005e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  40.62 
 
 		 358 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 358 aa  229  5e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 354 aa  223  4.9999999999999996e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  40.5 
 
 		 358 aa  217  2e-55  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  40.88 
 
 		 368 aa  214  1.9999999999999998e-54  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  40 
 
 		 358 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  40 
 
 		 358 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  38.04 
 
 		 358 aa  211  1e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 358 aa  210  2e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 358 aa  209  5e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 354 aa  207  3e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 358 aa  206  4e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 358 aa  206  5e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  37.88 
 
 		 358 aa  205  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 358 aa  205  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 358 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  38.86 
 
 		 384 aa  202  9.999999999999999e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 358 aa  199  7e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 358 aa  199  7.999999999999999e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  38.19 
 
 		 355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 354 aa  198  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  36.41 
 
 		 358 aa  197  2.0000000000000003e-49  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  34.99 
 
 		 381 aa  194  3e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 356 aa  192  8e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 354 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 362 aa  184  2.0000000000000003e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  34.56 
 
 		 370 aa  183  3e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  38.57 
 
 		 351 aa  182  5.0000000000000004e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  33.8 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 		 355 aa  178  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  34.9 
 
 		 360 aa  177  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 562 aa  173  2.9999999999999996e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 571 aa  169  5e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.2 
 
 		 325 aa  169  7e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  33.65 
 
 		 321 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 328 aa  164  3e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.86 
 
 		 351 aa  162  6e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2985  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 355 aa  162  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.538372  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  38.35 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 337 aa  160  3e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 336 aa  159  6e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 345 aa  159  7e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 354 aa  159  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.65 
 
 		 354 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.76 
 
 		 307 aa  157  3e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  37.86 
 
 		 338 aa  157  3e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 352 aa  157  3e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  29.02 
 
 		 389 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  40.28 
 
 		 350 aa  154  2e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 309 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  34.51 
 
 		 614 aa  154  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  29.14 
 
 		 389 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 389 aa  153  4e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 315 aa  153  5e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 360 aa  153  5e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 389 aa  153  5.9999999999999996e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  38.8 
 
 		 319 aa  152  1e-35  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.25 
 
 		 389 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  34.3 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 358 aa  150  4e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 336 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 340 aa  149  6e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 321 aa  149  9e-35  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 330 aa  149  9e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  31.23 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  32.65 
 
 		 297 aa  149  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  34.07 
 
 		 336 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>