More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1557 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  100 
 
 		 357 aa  702    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  96.08 
 
 		 357 aa  635    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  92.72 
 
 		 357 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  87.96 
 
 		 357 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  86.55 
 
 		 357 aa  602  1.0000000000000001e-171  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  72.83 
 
 		 357 aa  509  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  72.27 
 
 		 357 aa  508  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  64.53 
 
 		 356 aa  431  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  62.15 
 
 		 355 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  61.06 
 
 		 357 aa  404  1e-111  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  59.38 
 
 		 357 aa  399  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  56.57 
 
 		 373 aa  388  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  59.38 
 
 		 357 aa  388  1e-107  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  60.5 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  44.85 
 
 		 352 aa  274  2.0000000000000002e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  44.94 
 
 		 352 aa  273  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  43.3 
 
 		 352 aa  266  4e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  41.93 
 
 		 349 aa  263  4.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.94 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  39.66 
 
 		 350 aa  247  2e-64  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  39.09 
 
 		 350 aa  244  1.9999999999999999e-63  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  38.81 
 
 		 350 aa  242  6e-63  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 345 aa  242  6e-63  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  41.9 
 
 		 358 aa  237  2e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  40.46 
 
 		 349 aa  234  2.0000000000000002e-60  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 348 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 358 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  38.48 
 
 		 358 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 358 aa  228  2e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 346 aa  226  4e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  40.44 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 368 aa  216  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.39 
 
 		 358 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 358 aa  216  5.9999999999999996e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 384 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 358 aa  212  9e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 358 aa  210  3e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  209  8e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  38.29 
 
 		 358 aa  206  5e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  38.59 
 
 		 354 aa  201  1.9999999999999998e-50  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 354 aa  199  7.999999999999999e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 358 aa  195  8.000000000000001e-49  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  37.75 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  35.46 
 
 		 381 aa  189  5e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  37.46 
 
 		 355 aa  189  7e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 358 aa  189  8e-47  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.04 
 
 		 358 aa  186  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  35.93 
 
 		 358 aa  185  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  34.73 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 562 aa  183  4.0000000000000006e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.96 
 
 		 355 aa  182  6e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.3 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  176  5e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 358 aa  176  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 356 aa  175  9e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 321 aa  172  5e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  36.3 
 
 		 351 aa  170  4e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 345 aa  169  6e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  38.02 
 
 		 362 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  33.15 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 318 aa  164  3e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.37 
 
 		 307 aa  163  4.0000000000000004e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.74 
 
 		 646 aa  162  9e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 360 aa  162  9e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  38.13 
 
 		 646 aa  162  1e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 297 aa  161  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.08 
 
 		 351 aa  160  2e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  34.72 
 
 		 370 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.33 
 
 		 322 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  38.24 
 
 		 354 aa  160  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 337 aa  160  5e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  37.93 
 
 		 354 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  37.72 
 
 		 336 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  38.74 
 
 		 339 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 435 aa  157  3e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 347 aa  156  4e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  36.07 
 
 		 350 aa  156  4e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  33.85 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 336 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  35.28 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  39.43 
 
 		 319 aa  155  1e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 354 aa  153  4e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 335 aa  153  4e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.3 
 
 		 643 aa  153  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  33.2 
 
 		 318 aa  153  5e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 571 aa  152  7e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 317 aa  152  8e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  39.29 
 
 		 352 aa  151  2e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  39.53 
 
 		 338 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  29.18 
 
 		 389 aa  150  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.29 
 
 		 663 aa  150  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 358 aa  149  6e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  37.17 
 
 		 347 aa  149  7e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>