More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3507 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  100 
 
 		 373 aa  739    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.05 
 
 		 357 aa  438  9.999999999999999e-123  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 357 aa  422  1e-117  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  61.93 
 
 		 357 aa  421  1e-117  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  61.13 
 
 		 357 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  59.79 
 
 		 357 aa  421  1e-117  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  58.98 
 
 		 357 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  59.63 
 
 		 355 aa  404  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  60.32 
 
 		 356 aa  397  1e-109  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  57.1 
 
 		 357 aa  377  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  54.96 
 
 		 357 aa  365  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  56.84 
 
 		 357 aa  357  1.9999999999999998e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  55.76 
 
 		 357 aa  347  3e-94  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  56.57 
 
 		 357 aa  342  8e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  39.19 
 
 		 349 aa  255  9e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  45.95 
 
 		 355 aa  251  1e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  42.16 
 
 		 352 aa  241  1e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  40.5 
 
 		 349 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  39.34 
 
 		 345 aa  238  1e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  38.57 
 
 		 346 aa  238  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  44.97 
 
 		 352 aa  237  3e-61  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  40.7 
 
 		 350 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  40.16 
 
 		 345 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 352 aa  231  1e-59  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  39.62 
 
 		 350 aa  231  2e-59  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.35 
 
 		 350 aa  229  7e-59  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 348 aa  227  2e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 358 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  38.44 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 358 aa  224  2e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 358 aa  221  1.9999999999999999e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 358 aa  219  6e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 358 aa  212  7.999999999999999e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  37.47 
 
 		 354 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 354 aa  208  1e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 368 aa  204  2e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  37.23 
 
 		 358 aa  203  4e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 358 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  41.39 
 
 		 358 aa  202  9e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 384 aa  201  1.9999999999999998e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  37.47 
 
 		 358 aa  200  3e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 354 aa  196  6e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  36.44 
 
 		 358 aa  192  8e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.68 
 
 		 358 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 358 aa  192  9e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  38.77 
 
 		 381 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 358 aa  187  2e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 358 aa  187  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 354 aa  184  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  37.53 
 
 		 356 aa  183  4.0000000000000006e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  35.66 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  39.65 
 
 		 351 aa  177  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  34.04 
 
 		 355 aa  176  8e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  39.07 
 
 		 358 aa  173  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 362 aa  171  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 355 aa  170  3e-41  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  41.2 
 
 		 325 aa  170  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  41.92 
 
 		 333 aa  169  8e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  38.72 
 
 		 562 aa  168  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.73 
 
 		 355 aa  168  2e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  33.42 
 
 		 370 aa  167  4e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.07 
 
 		 351 aa  166  8e-40  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  37.36 
 
 		 646 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.36 
 
 		 646 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 571 aa  163  4.0000000000000004e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 328 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 357 aa  162  6e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  37.91 
 
 		 614 aa  162  8.000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 337 aa  161  1e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  42.17 
 
 		 400 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.21 
 
 		 307 aa  159  5e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 360 aa  159  7e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 336 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.2 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 340 aa  155  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  39.2 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  36.76 
 
 		 315 aa  154  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  32.88 
 
 		 360 aa  153  4e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 345 aa  152  1e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 415 aa  152  1e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.75 
 
 		 643 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 330 aa  150  5e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 407 aa  150  5e-35  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  31.29 
 
 		 346 aa  149  1.0000000000000001e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  32.73 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36 
 
 		 321 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  35.46 
 
 		 643 aa  148  2.0000000000000003e-34  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  35.04 
 
 		 648 aa  147  4.0000000000000006e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.6 
 
 		 319 aa  146  5e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  33.77 
 
 		 354 aa  146  6e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2494  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 463 aa  144  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.153579  normal  0.0791512 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  32.99 
 
 		 663 aa  145  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 311 aa  144  4e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3830  inner-membrane translocator  35.88 
 
 		 415 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>