More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1567 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  100 
 
 		 357 aa  706    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  92.44 
 
 		 357 aa  618  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  87.11 
 
 		 357 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  87.68 
 
 		 357 aa  610  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  96.08 
 
 		 357 aa  608  1e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  72.83 
 
 		 357 aa  512  1e-144  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  72.27 
 
 		 357 aa  510  1e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  64.43 
 
 		 356 aa  432  1e-120  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  62.46 
 
 		 355 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  59.94 
 
 		 357 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  58.54 
 
 		 357 aa  402  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  58.54 
 
 		 357 aa  391  1e-108  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  59.38 
 
 		 357 aa  389  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  55.76 
 
 		 373 aa  385  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  43.85 
 
 		 352 aa  272  5.000000000000001e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 352 aa  271  9e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  42.78 
 
 		 349 aa  269  7e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  43.58 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  42.98 
 
 		 355 aa  251  2e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 350 aa  250  2e-65  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  39.38 
 
 		 350 aa  248  2e-64  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  39.09 
 
 		 350 aa  246  6e-64  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 345 aa  244  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 345 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 358 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  39.71 
 
 		 349 aa  235  9e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 348 aa  231  2e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  40.9 
 
 		 358 aa  228  1e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  39.77 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  38.48 
 
 		 358 aa  226  6e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 358 aa  225  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0379  high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  40 
 
 		 358 aa  225  8e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.192974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  40.11 
 
 		 358 aa  225  1e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.56 
 
 		 358 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  39.56 
 
 		 358 aa  216  4e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 368 aa  216  5e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 358 aa  214  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4005  inner-membrane translocator  38.96 
 
 		 384 aa  213  4.9999999999999996e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  37.11 
 
 		 358 aa  211  2e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  38.9 
 
 		 358 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  38.33 
 
 		 358 aa  207  3e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 354 aa  202  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 358 aa  199  3.9999999999999996e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 354 aa  196  6e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 355 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  37.78 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  36.19 
 
 		 358 aa  190  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  37.18 
 
 		 355 aa  189  8e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 381 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  38.4 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.24 
 
 		 355 aa  184  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  35.01 
 
 		 358 aa  182  7e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 562 aa  182  9.000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 358 aa  177  2e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  39.08 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0784  inner-membrane translocator  34.34 
 
 		 354 aa  177  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3437  inner-membrane translocator  35.47 
 
 		 354 aa  175  9e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00193702 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 356 aa  175  9.999999999999999e-43  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 356 aa  171  2e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 321 aa  170  3e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5036  inner-membrane translocator  38.42 
 
 		 362 aa  168  2e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  35.96 
 
 		 351 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 336 aa  166  8e-40  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 345 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 370 aa  163  5.0000000000000005e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 318 aa  163  5.0000000000000005e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.74 
 
 		 646 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34 
 
 		 322 aa  161  2e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 360 aa  161  2e-38  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 297 aa  160  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  37.74 
 
 		 646 aa  161  2e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.69 
 
 		 307 aa  160  4e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3003  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 354 aa  159  6e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4296  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.96 
 
 		 351 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.258747  decreased coverage  0.00201809 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2750  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.99 
 
 		 354 aa  159  9e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595138  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  38.08 
 
 		 337 aa  158  1e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7158  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  35.74 
 
 		 350 aa  159  1e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.258104  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3801  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 347 aa  158  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444925  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 435 aa  158  2e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  35.97 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  37.28 
 
 		 336 aa  157  4e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  33.7 
 
 		 643 aa  155  1e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 340 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  39.02 
 
 		 319 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  36.92 
 
 		 339 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.06 
 
 		 330 aa  151  1e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2546  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.38 
 
 		 365 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  35.41 
 
 		 335 aa  151  2e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3493  inner-membrane translocator  36.51 
 
 		 347 aa  150  3e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43760  LivM family inner-membrane translocator  38.1 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.205767  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 317 aa  150  4e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  39.44 
 
 		 338 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  29.89 
 
 		 389 aa  149  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 571 aa  149  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>