More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1424 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  100 
 
 		 381 aa  754    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  46.68 
 
 		 358 aa  341  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 358 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  47.75 
 
 		 358 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  35.75 
 
 		 348 aa  223  6e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 346 aa  221  1.9999999999999999e-56  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  36.87 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2284  inner-membrane translocator  37.98 
 
 		 349 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.98813  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2306  inner-membrane translocator  38.61 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.88354  normal  0.0196621 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1863  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 356 aa  210  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  36.51 
 
 		 350 aa  209  6e-53  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0299  inner-membrane translocator  37.43 
 
 		 357 aa  208  1e-52  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.658484  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3507  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 373 aa  208  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  36.24 
 
 		 350 aa  207  2e-52  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 350 aa  206  8e-52  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  35.83 
 
 		 345 aa  205  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0543  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 352 aa  204  2e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 355 aa  202  6e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3414  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.94 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1834  inner-membrane translocator  37.05 
 
 		 357 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.519151  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3134  inner-membrane translocator  36.09 
 
 		 357 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.628981  normal  0.885727 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2608  inner-membrane translocator  34.71 
 
 		 357 aa  199  5e-50  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  36.39 
 
 		 345 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 352 aa  196  8.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000401  branched-chain amino acid transport system permease protein livM  34.26 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.241122  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4178  inner-membrane translocator  37.23 
 
 		 357 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.983484  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  36.41 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5717  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein  35.38 
 
 		 357 aa  192  9e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0890739  normal  0.936934 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.64 
 
 		 325 aa  191  1e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 358 aa  189  5e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2426  inner-membrane translocator  37.57 
 
 		 352 aa  189  8e-47  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3011  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 370 aa  187  2e-46  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000152809  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0252  inner-membrane translocator  36.41 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.231195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4574  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 357 aa  185  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0138  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 358 aa  184  2.0000000000000003e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2374  inner-membrane translocator  36.99 
 
 		 356 aa  183  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 358 aa  182  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1567  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 357 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.394848  normal  0.43203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1156  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.412429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.94 
 
 		 321 aa  178  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3558  inner-membrane translocator  42.32 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.288511  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  42.8 
 
 		 830 aa  176  8e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1557  inner-membrane translocator  38.42 
 
 		 357 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.505429  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1741  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 336 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0493356  normal  0.156459 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2440  inner-membrane translocator  34.89 
 
 		 356 aa  174  2.9999999999999996e-42  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0351  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 345 aa  172  1e-41  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0132915  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  41.98 
 
 		 333 aa  171  2e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4243  inner-membrane translocator  41.6 
 
 		 339 aa  171  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 332 aa  170  4e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  41.56 
 
 		 571 aa  169  9e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  38.2 
 
 		 643 aa  168  1e-40  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5289  inner-membrane translocator  31.02 
 
 		 357 aa  168  2e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.975087  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 317 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43520  amino acid ABC transporter-like protein  34.15 
 
 		 355 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00847282  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  39.38 
 
 		 647 aa  167  4e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 562 aa  167  4e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5148  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  37.69 
 
 		 351 aa  166  5e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  38.46 
 
 		 646 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3610  inner-membrane translocator  34.51 
 
 		 358 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.963885  normal  0.413755 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0051  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 368 aa  165  1.0000000000000001e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.702732 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1545  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.137578  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 360 aa  164  2.0000000000000002e-39  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  38.26 
 
 		 593 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.86 
 
 		 337 aa  163  5.0000000000000005e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  37.05 
 
 		 646 aa  163  5.0000000000000005e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  38.26 
 
 		 593 aa  163  6e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5009  inner-membrane translocator  32.61 
 
 		 354 aa  162  7e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 314 aa  162  9e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7079  putative high-affinity branched-chain amino acid transport system permease protein livM  40.94 
 
 		 338 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.867419  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  35.85 
 
 		 415 aa  162  1e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  38.55 
 
 		 648 aa  161  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  36.2 
 
 		 328 aa  161  2e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0551  inner-membrane translocator  35.63 
 
 		 355 aa  160  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.340472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0601  inner-membrane translocator  33.97 
 
 		 358 aa  159  6e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.828078  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  40.08 
 
 		 832 aa  159  8e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0467  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 358 aa  158  1e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.193008  normal  0.0775893 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2276  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.01 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.158559  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0458  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.441083  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0951  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 358 aa  158  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 360 aa  158  2e-37  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3362  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 358 aa  157  3e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.324406  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0118  inner-membrane translocator  32.98 
 
 		 358 aa  157  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.301625  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2988  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 		 355 aa  157  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.475714  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 327 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 321 aa  156  5.0000000000000005e-37  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 407 aa  155  8e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2220  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 358 aa  155  9e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.120044  normal  0.964416 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  30.22 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  39.43 
 
 		 332 aa  154  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3539  inner-membrane translocator  32.79 
 
 		 358 aa  154  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.17747  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  38.13 
 
 		 319 aa  155  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  30.63 
 
 		 341 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  37.4 
 
 		 606 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 314 aa  154  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  37.96 
 
 		 663 aa  154  2.9999999999999998e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.21 
 
 		 326 aa  153  4e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4821  inner-membrane translocator  35.03 
 
 		 400 aa  153  4e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0314054  normal  0.774266 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0999  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  44.73 
 
 		 328 aa  153  5e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.203493  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.08 
 
 		 307 aa  152  1e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  35.86 
 
 		 643 aa  152  1e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>