More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU1732 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 326 aa  640    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  84.21 
 
 		 328 aa  494  1e-139  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  76.68 
 
 		 337 aa  482  1e-135  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  71.65 
 
 		 321 aa  458  9.999999999999999e-129  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  76.9 
 
 		 319 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  69.38 
 
 		 320 aa  404  1e-111  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  67.19 
 
 		 320 aa  398  9.999999999999999e-111  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  51.46 
 
 		 317 aa  318  7.999999999999999e-86  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  47.3 
 
 		 332 aa  277  1e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  46.6 
 
 		 328 aa  268  1e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  44.88 
 
 		 327 aa  263  3e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  47.35 
 
 		 321 aa  261  8.999999999999999e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  50 
 
 		 360 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  43.99 
 
 		 335 aa  252  6e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  44.87 
 
 		 614 aa  251  8.000000000000001e-66  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  44.52 
 
 		 335 aa  245  9e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  45.33 
 
 		 310 aa  243  3e-63  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  43.87 
 
 		 354 aa  242  5e-63  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  41.27 
 
 		 319 aa  216  2.9999999999999998e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  42.68 
 
 		 314 aa  215  9e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  44.95 
 
 		 309 aa  212  7e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  42.16 
 
 		 314 aa  210  2e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 		 339 aa  204  1e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1047  inner-membrane translocator  39.12 
 
 		 314 aa  199  6e-50  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 407 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  38.25 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  40.72 
 
 		 320 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  35.42 
 
 		 594 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  40.34 
 
 		 325 aa  192  7e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.54 
 
 		 307 aa  192  8e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.8 
 
 		 594 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  39.54 
 
 		 311 aa  189  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  35.23 
 
 		 594 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.9 
 
 		 594 aa  189  7e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1820  ABC transporter related  35.78 
 
 		 599 aa  188  1e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  35.35 
 
 		 594 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  34.8 
 
 		 594 aa  187  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  35.35 
 
 		 594 aa  188  1e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  35.35 
 
 		 594 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.57 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  35.35 
 
 		 594 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.91 
 
 		 594 aa  186  5e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 415 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  36.11 
 
 		 950 aa  186  7e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0192  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0833757  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  38.79 
 
 		 590 aa  183  3e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4058  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  3e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3369  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2942  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3001  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1601  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  34.15 
 
 		 594 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  34.9 
 
 		 594 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  38.73 
 
 		 589 aa  182  6e-45  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 407 aa  182  6e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  36.21 
 
 		 562 aa  182  9.000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 299 aa  180  2.9999999999999997e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 407 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  38.95 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  41.79 
 
 		 298 aa  177  3e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  38.23 
 
 		 357 aa  175  8e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  39.5 
 
 		 299 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 327 aa  174  1.9999999999999998e-42  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 		 322 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4632  ABC transporter ATPase component  34.19 
 
 		 590 aa  172  5e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 443 aa  172  5.999999999999999e-42  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 318 aa  172  7.999999999999999e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  35.1 
 
 		 393 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  39 
 
 		 321 aa  171  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 327 aa  171  1e-41  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  39.34 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.4 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 358 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.11 
 
 		 325 aa  171  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.1 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.1 
 
 		 418 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 315 aa  170  3e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 324 aa  170  3e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 317 aa  169  4e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.1 
 
 		 418 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0777  ABC transporter related  35.23 
 
 		 590 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1891  ABC transporter related  35.16 
 
 		 589 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.553447  normal  0.571968 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1994  ABC transporter related  34.15 
 
 		 590 aa  168  9e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 324 aa  168  1e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.89 
 
 		 418 aa  168  1e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 401 aa  168  1e-40  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 341 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 433 aa  167  2e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 571 aa  167  2e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  36.96 
 
 		 336 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2941  ABC transporter related  35.03 
 
 		 604 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147552  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  35.37 
 
 		 593 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 358 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 347 aa  164  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 330 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 349 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>