More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0678 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  100 
 
 		 314 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  83.12 
 
 		 314 aa  478  1e-134  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  57.5 
 
 		 319 aa  344  1e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  63.55 
 
 		 320 aa  331  8e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  51.37 
 
 		 310 aa  301  1e-80  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  50.35 
 
 		 309 aa  263  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  45.96 
 
 		 321 aa  239  5e-62  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  42.07 
 
 		 337 aa  233  5e-60  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 328 aa  229  3e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  42.31 
 
 		 319 aa  212  5.999999999999999e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  42.41 
 
 		 321 aa  208  1e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  39.65 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.16 
 
 		 326 aa  202  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  38.75 
 
 		 335 aa  202  5e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  41.22 
 
 		 327 aa  199  6e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  43.68 
 
 		 360 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  40.89 
 
 		 407 aa  189  7e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.91 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  39.39 
 
 		 415 aa  186  5e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  42.61 
 
 		 320 aa  185  9e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 328 aa  182  6e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  41.4 
 
 		 320 aa  180  4e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.73 
 
 		 418 aa  179  4.999999999999999e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  37.22 
 
 		 349 aa  177  1e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 354 aa  177  1e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.71 
 
 		 418 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.43 
 
 		 298 aa  177  2e-43  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.4 
 
 		 418 aa  177  3e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.4 
 
 		 418 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.09 
 
 		 418 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  37.33 
 
 		 614 aa  175  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.73 
 
 		 421 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 381 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.39 
 
 		 418 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.47 
 
 		 423 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.05 
 
 		 421 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.94 
 
 		 407 aa  171  2e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  37.33 
 
 		 606 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 358 aa  168  1e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.02 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.02 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.02 
 
 		 423 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  34.78 
 
 		 425 aa  166  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.06 
 
 		 425 aa  166  6.9999999999999995e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.4 
 
 		 423 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.4 
 
 		 423 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.11 
 
 		 425 aa  164  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.67 
 
 		 424 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.14 
 
 		 428 aa  164  1.0000000000000001e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.09 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 355 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.14 
 
 		 424 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  34.45 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.8 
 
 		 428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  36.45 
 
 		 335 aa  163  3e-39  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.11 
 
 		 425 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.33 
 
 		 427 aa  164  3e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.11 
 
 		 425 aa  163  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.78 
 
 		 423 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.78 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.78 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.78 
 
 		 425 aa  162  6e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.93 
 
 		 423 aa  161  1e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  36.21 
 
 		 593 aa  161  1e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 443 aa  161  1e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.09 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.77 
 
 		 427 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.77 
 
 		 423 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.43 
 
 		 427 aa  160  3e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  38.69 
 
 		 330 aa  160  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.77 
 
 		 427 aa  160  3e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  36.21 
 
 		 593 aa  159  4e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 452 aa  159  4e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.05 
 
 		 423 aa  160  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.42 
 
 		 417 aa  159  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.69 
 
 		 424 aa  159  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.21 
 
 		 339 aa  158  1e-37  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.48 
 
 		 417 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 407 aa  157  2e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  38.66 
 
 		 340 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  34.18 
 
 		 463 aa  157  2e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.44 
 
 		 322 aa  157  3e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 393 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.36 
 
 		 412 aa  156  4e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  36.1 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  36.84 
 
 		 348 aa  155  6e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 311 aa  155  6e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 424 aa  155  6e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.71 
 
 		 423 aa  155  6e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 435 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 433 aa  154  1e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>