More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcenmc03_5270 on replicon NC_010515
Organism: Burkholderia cenocepacia MC0-3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  96.45 
 
 
423 aa  759    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  88.65 
 
 
427 aa  734    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  89.21 
 
 
425 aa  691    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  88.42 
 
 
423 aa  732    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  97.64 
 
 
423 aa  785    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  87.23 
 
 
423 aa  744    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  88.42 
 
 
427 aa  732    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2478  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  85.38 
 
 
424 aa  653    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  99.76 
 
 
423 aa  828    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  97.87 
 
 
423 aa  787    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  99.76 
 
 
423 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  100 
 
 
423 aa  831    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  98.11 
 
 
423 aa  818    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  84.44 
 
 
427 aa  620  1e-176  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  68.66 
 
 
412 aa  535  1e-151  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2608  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  68.98 
 
 
413 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0589092  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3255  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  68.98 
 
 
413 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632438  normal  0.0967059 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.63 
 
 
418 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.39 
 
 
418 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.39 
 
 
418 aa  488  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.88 
 
 
418 aa  487  1e-136  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  65.39 
 
 
418 aa  485  1e-136  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  62.5 
 
 
421 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.26 
 
 
421 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.56 
 
 
428 aa  466  9.999999999999999e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  63.44 
 
 
418 aa  466  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.05 
 
 
424 aa  464  1e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.31 
 
 
428 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.89 
 
 
417 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.65 
 
 
417 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  454  1.0000000000000001e-126  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  61.76 
 
 
423 aa  449  1e-125  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.24 
 
 
424 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.64 
 
 
425 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.39 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.39 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.15 
 
 
425 aa  438  9.999999999999999e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.64 
 
 
425 aa  441  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.39 
 
 
425 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.09 
 
 
423 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  59.22 
 
 
425 aa  436  1e-121  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  58.78 
 
 
427 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.22 
 
 
425 aa  435  1e-121  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  60.56 
 
 
424 aa  434  1e-120  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  53.6 
 
 
463 aa  402  1e-111  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  53.12 
 
 
443 aa  400  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  52.29 
 
 
452 aa  397  1e-109  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  52.77 
 
 
433 aa  378  1e-103  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  52.53 
 
 
435 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  53.12 
 
 
437 aa  368  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  51.44 
 
 
433 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  51.17 
 
 
437 aa  363  2e-99  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  52.39 
 
 
433 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  52.78 
 
 
428 aa  362  8e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  52.53 
 
 
433 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  48.7 
 
 
424 aa  360  2e-98  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2493  inner-membrane translocator  53.48 
 
 
429 aa  354  2e-96  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.622946  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  48.3 
 
 
464 aa  351  1e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26110  ABC-transporter permease protein  52.39 
 
 
424 aa  343  2e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0693471  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  51.22 
 
 
425 aa  343  4e-93  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  50.98 
 
 
425 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.77 
 
 
459 aa  341  2e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.55 
 
 
459 aa  338  9.999999999999999e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  48.25 
 
 
475 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  49.32 
 
 
474 aa  338  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  47.78 
 
 
460 aa  334  1e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1778  inner-membrane translocator  50.24 
 
 
444 aa  334  2e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1621  inner-membrane translocator  59.42 
 
 
445 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0814712  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  47.27 
 
 
484 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0488  inner-membrane translocator  57.76 
 
 
424 aa  331  1e-89  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273052  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4331  inner-membrane translocator  59.11 
 
 
443 aa  330  3e-89  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157197  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  48.56 
 
 
456 aa  328  1.0000000000000001e-88  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  57.83 
 
 
446 aa  323  4e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  44.58 
 
 
407 aa  322  7e-87  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3682  inner-membrane translocator  50.48 
 
 
443 aa  321  9.999999999999999e-87  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  46.54 
 
 
456 aa  320  3e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  47.03 
 
 
463 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2612  inner-membrane translocator  46.78 
 
 
461 aa  316  5e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16306  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  57.37 
 
 
463 aa  316  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  54.63 
 
 
407 aa  314  1.9999999999999998e-84  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  45.8 
 
 
461 aa  313  4.999999999999999e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  57.84 
 
 
463 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  52.8 
 
 
415 aa  312  5.999999999999999e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3901  inner-membrane translocator  54.25 
 
 
505 aa  287  2e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  53.74 
 
 
407 aa  277  3e-73  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  45.7 
 
 
384 aa  264  3e-69  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  44.61 
 
 
389 aa  256  5e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  48.2 
 
 
353 aa  256  6e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  44.87 
 
 
389 aa  255  9e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  44.02 
 
 
358 aa  255  9e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  45.21 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  43.09 
 
 
389 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  45.21 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>