More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2187 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  100 
 
 
320 aa  627  1e-179  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  95.94 
 
 
320 aa  526  1e-148  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  69.94 
 
 
337 aa  461  1e-129  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  69.4 
 
 
321 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  69.38 
 
 
326 aa  425  1e-118  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  68.75 
 
 
328 aa  422  1e-117  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  67.19 
 
 
319 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  49.19 
 
 
317 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  45.58 
 
 
332 aa  270  2.9999999999999997e-71  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  48.38 
 
 
327 aa  265  1e-69  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  49.45 
 
 
360 aa  254  1.0000000000000001e-66  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  43.96 
 
 
328 aa  253  3e-66  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  43.93 
 
 
321 aa  243  3e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  42.35 
 
 
310 aa  241  1e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  44.37 
 
 
614 aa  239  5e-62  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  42.26 
 
 
335 aa  238  1e-61  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  43.91 
 
 
335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  46.15 
 
 
309 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  43.52 
 
 
354 aa  223  3e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  42.14 
 
 
314 aa  212  7.999999999999999e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1047  inner-membrane translocator  41.03 
 
 
314 aa  209  4e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.210224 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  37.87 
 
 
407 aa  206  4e-52  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  41.5 
 
 
314 aa  204  1e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.54 
 
 
339 aa  201  9.999999999999999e-51  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 
298 aa  200  3e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  38.93 
 
 
297 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 
307 aa  196  6e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  36.36 
 
 
318 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  40.13 
 
 
300 aa  194  1e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 
322 aa  194  1e-48  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
327 aa  191  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  36.96 
 
 
594 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  37.14 
 
 
319 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  35.71 
 
 
594 aa  189  5.999999999999999e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  36.12 
 
 
594 aa  188  1e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.13 
 
 
415 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  41.52 
 
 
282 aa  187  2e-46  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  35.02 
 
 
407 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  36.2 
 
 
594 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  36.2 
 
 
594 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  36.2 
 
 
594 aa  187  3e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  35.4 
 
 
594 aa  186  4e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  37.26 
 
 
594 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  36.62 
 
 
594 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  37.67 
 
 
590 aa  186  7e-46  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  38.28 
 
 
325 aa  185  9e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  37.46 
 
 
318 aa  185  9e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2942  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1601  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3001  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  37.88 
 
 
407 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  42.5 
 
 
298 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3369  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  34.28 
 
 
950 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0192  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0833757  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  37.71 
 
 
299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  39.26 
 
 
297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4058  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.94 
 
 
594 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  36.31 
 
 
594 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  38.19 
 
 
589 aa  181  1e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  38.51 
 
 
311 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  34.76 
 
 
594 aa  179  4e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  37.76 
 
 
293 aa  179  7e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  34.84 
 
 
606 aa  179  7e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0891  inner-membrane translocator  36.33 
 
 
320 aa  179  8e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36 
 
 
325 aa  178  9e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  37.05 
 
 
562 aa  177  2e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  35.99 
 
 
324 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2941  ABC transporter related  36.28 
 
 
604 aa  176  6e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147552  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  37.99 
 
 
317 aa  176  6e-43  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  38.14 
 
 
330 aa  175  8e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  38.41 
 
 
299 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
418 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  35.28 
 
 
593 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.15 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  36.98 
 
 
336 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  31.65 
 
 
418 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  32.8 
 
 
421 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  35.28 
 
 
593 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1820  ABC transporter related  36.54 
 
 
599 aa  173  3.9999999999999995e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4632  ABC transporter ATPase component  35.92 
 
 
590 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.33 
 
 
418 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  38.16 
 
 
317 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  35.88 
 
 
333 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.92 
 
 
423 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  39.46 
 
 
358 aa  172  9e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.15 
 
 
421 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  37.17 
 
 
321 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  32.19 
 
 
433 aa  170  3e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1891  ABC transporter related  36.26 
 
 
589 aa  170  3e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.553447  normal  0.571968 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  34.98 
 
 
363 aa  169  6e-41  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  32.71 
 
 
433 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1994  ABC transporter related  36.05 
 
 
590 aa  168  1e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  36.62 
 
 
571 aa  168  1e-40  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  36.53 
 
 
376 aa  168  1e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  32.3 
 
 
435 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>