More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0260 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
322 aa  639    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  71.79 
 
 
318 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  70.38 
 
 
318 aa  450  1e-125  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  73.35 
 
 
317 aa  447  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  79.02 
 
 
330 aa  441  1e-123  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  64.67 
 
 
336 aa  397  1e-109  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  44.81 
 
 
407 aa  253  4.0000000000000004e-66  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0358  inner-membrane translocator  49.12 
 
 
308 aa  251  1e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  44.22 
 
 
415 aa  247  2e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  43.93 
 
 
407 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  47.12 
 
 
407 aa  233  4.0000000000000004e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  44.74 
 
 
418 aa  232  5e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  44.09 
 
 
452 aa  227  2e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  42.95 
 
 
321 aa  219  5e-56  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  46.18 
 
 
423 aa  218  1e-55  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.12 
 
 
418 aa  217  2e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  40.73 
 
 
389 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.78 
 
 
418 aa  216  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  44.52 
 
 
327 aa  217  2.9999999999999998e-55  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.69 
 
 
421 aa  216  4e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  41.27 
 
 
389 aa  216  4e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40 
 
 
418 aa  216  4e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.45 
 
 
418 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.45 
 
 
418 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  43.48 
 
 
443 aa  214  9.999999999999999e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.43 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  39.18 
 
 
389 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.91 
 
 
423 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  40.91 
 
 
389 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  41.34 
 
 
376 aa  212  7e-54  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.58 
 
 
421 aa  212  7.999999999999999e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  40 
 
 
389 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2543  inner-membrane translocator  40 
 
 
389 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.548123  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  41.03 
 
 
378 aa  211  2e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  40.12 
 
 
389 aa  209  5e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
427 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
427 aa  209  7e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  42.9 
 
 
463 aa  208  8e-53  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  41.32 
 
 
353 aa  207  2e-52  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  41.03 
 
 
435 aa  207  3e-52  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5828  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.01 
 
 
389 aa  206  4e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.944679  normal  0.156755 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  39.82 
 
 
389 aa  205  7e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  39.4 
 
 
389 aa  205  9e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  41.03 
 
 
375 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  41.03 
 
 
375 aa  205  9e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  40.29 
 
 
297 aa  204  1e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.21 
 
 
417 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.13 
 
 
428 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.21 
 
 
417 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.13 
 
 
428 aa  204  2e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2865  inner-membrane translocator  39.82 
 
 
384 aa  203  3e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.267921  normal  0.620309 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  39.51 
 
 
389 aa  202  5e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  39.51 
 
 
389 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.35 
 
 
307 aa  202  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.53 
 
 
412 aa  202  9e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.71 
 
 
389 aa  202  9e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.49 
 
 
427 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.43 
 
 
423 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  38.07 
 
 
358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2727  inner-membrane translocator  37.84 
 
 
385 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.66 
 
 
425 aa  197  2.0000000000000003e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  42.21 
 
 
423 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  37.78 
 
 
358 aa  197  3e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.78 
 
 
427 aa  196  3e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
299 aa  196  4.0000000000000005e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  41.88 
 
 
423 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  36.93 
 
 
358 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.23 
 
 
424 aa  196  5.000000000000001e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  41.18 
 
 
474 aa  196  6e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.25 
 
 
424 aa  195  8.000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  39.25 
 
 
363 aa  194  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.53 
 
 
424 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  37.74 
 
 
463 aa  194  2e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  41.22 
 
 
300 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  36.29 
 
 
399 aa  193  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  39.93 
 
 
297 aa  193  4e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  40.79 
 
 
423 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  36.29 
 
 
398 aa  192  6e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  39.62 
 
 
425 aa  192  7e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  37.06 
 
 
454 aa  192  7e-48  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  36.21 
 
 
463 aa  192  8e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.69 
 
 
425 aa  192  9e-48  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.107872 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  39.3 
 
 
425 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.99 
 
 
425 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.3 
 
 
425 aa  190  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  39.3 
 
 
425 aa  190  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  39.3 
 
 
425 aa  190  2e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.21 
 
 
459 aa  191  2e-47  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>