More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4865 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  100 
 
 		 435 aa  850    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4917  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein BraE  86.05 
 
 		 437 aa  688    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.875772  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0599  inner-membrane translocator  85.58 
 
 		 437 aa  683    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.577839 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4921  inner-membrane translocator  98.15 
 
 		 433 aa  833    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0573712  decreased coverage  0.000000000000182248 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0554  inner-membrane translocator  84.63 
 
 		 433 aa  693    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0237898  normal  0.469815 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  96.3 
 
 		 433 aa  795    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5636  branched chain amino acid ABC transporter permease  80.71 
 
 		 425 aa  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3201  inner-membrane translocator  80.24 
 
 		 428 aa  641    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64880  putative permease of ABC branched-chain amino acid transporter  80.24 
 
 		 425 aa  641    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4657  inner-membrane translocator  96.07 
 
 		 433 aa  777    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.123215  decreased coverage  0.00142103 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2493  inner-membrane translocator  78.27 
 
 		 429 aa  627  1e-178  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.622946  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26110  ABC-transporter permease protein  78.71 
 
 		 424 aa  593  1e-168  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0693471  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0729  inner-membrane translocator  71.16 
 
 		 424 aa  570  1e-161  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0488  inner-membrane translocator  57.76 
 
 		 424 aa  408  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.273052  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.49 
 
 		 418 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.73 
 
 		 418 aa  388  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.49 
 
 		 418 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.52 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.04 
 
 		 423 aa  384  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.73 
 
 		 418 aa  384  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  60.3 
 
 		 421 aa  375  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.88 
 
 		 421 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2140  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.92 
 
 		 423 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0895739  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1385  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.78 
 
 		 423 aa  370  1e-101  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.121753  normal  0.219132 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0774  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.92 
 
 		 427 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0864  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.92 
 
 		 427 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0137433  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  62.21 
 
 		 418 aa  369  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  50 
 
 		 452 aa  365  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.7 
 
 		 417 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.72 
 
 		 412 aa  363  3e-99  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50540  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.45 
 
 		 417 aa  362  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0377625 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3350  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.53 
 
 		 423 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5017  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.53 
 
 		 423 aa  361  1e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.56553 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5270  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.53 
 
 		 423 aa  362  1e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4945  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.91 
 
 		 423 aa  361  2e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.487918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0653  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.15 
 
 		 423 aa  361  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.508329 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4430  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.67 
 
 		 423 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.460917  hitchhiker  0.00013336 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.74 
 
 		 424 aa  359  7e-98  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.08 
 
 		 423 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  57.49 
 
 		 424 aa  355  1e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.74 
 
 		 428 aa  355  1e-96  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.42 
 
 		 428 aa  352  5e-96  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3625  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.67 
 
 		 423 aa  351  1e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  48.85 
 
 		 463 aa  350  4e-95  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.94 
 
 		 425 aa  349  5e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2317  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50 
 
 		 425 aa  347  2e-94  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.433018  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  57.23 
 
 		 443 aa  346  5e-94  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0106  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  59.74 
 
 		 424 aa  345  7e-94  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.14 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.14 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.14 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  55.56 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.14 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  53.14 
 
 		 425 aa  345  1e-93  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1872  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  52.4 
 
 		 427 aa  343  2.9999999999999997e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.917704  normal  0.0232173 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2478  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  51.03 
 
 		 424 aa  339  5.9999999999999996e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  50.36 
 
 		 427 aa  339  5.9999999999999996e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  5.9999999999999996e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  56.92 
 
 		 425 aa  339  7e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  56.6 
 
 		 425 aa  337  1.9999999999999998e-91  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2608  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  55.65 
 
 		 413 aa  333  4e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0589092  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3255  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  55.65 
 
 		 413 aa  333  4e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.632438  normal  0.0967059 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3324  inner-membrane translocator  47.89 
 
 		 484 aa  327  2.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0986477  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1724  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.48 
 
 		 459 aa  320  3.9999999999999996e-86  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1790  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.01 
 
 		 459 aa  316  5e-85  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1113  inner-membrane translocator  47.54 
 
 		 460 aa  314  1.9999999999999998e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2250  inner-membrane translocator  55.18 
 
 		 464 aa  313  5.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.571474  normal  0.330344 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5324  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter (permease protein)  48.37 
 
 		 446 aa  312  9e-84  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.538003  normal  0.504195 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  53.11 
 
 		 407 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1621  inner-membrane translocator  46.79 
 
 		 445 aa  309  5e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0814712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4331  inner-membrane translocator  47.61 
 
 		 443 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.157197  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  51.07 
 
 		 415 aa  306  7e-82  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1746  inner-membrane translocator  47.17 
 
 		 474 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5436  inner-membrane translocator  47.85 
 
 		 475 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.633528 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  51.53 
 
 		 407 aa  304  2.0000000000000002e-81  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1778  inner-membrane translocator  54.4 
 
 		 444 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.416814 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2210  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component  45.35 
 
 		 456 aa  303  4.0000000000000003e-81  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.689313  normal  0.680873 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  45.67 
 
 		 463 aa  301  1e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2396  inner-membrane translocator  43.92 
 
 		 461 aa  298  2e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00825655 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  44.5 
 
 		 463 aa  296  7e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2612  inner-membrane translocator  42.73 
 
 		 461 aa  294  3e-78  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.16306  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3682  inner-membrane translocator  46.76 
 
 		 443 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  42.92 
 
 		 463 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2082  inner-membrane translocator  49.7 
 
 		 456 aa  290  4e-77  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3901  inner-membrane translocator  48.37 
 
 		 505 aa  265  1e-69  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.595093 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  53.07 
 
 		 407 aa  261  1e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  44.02 
 
 		 358 aa  243  6e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0610  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.28 
 
 		 389 aa  242  9e-63  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 358 aa  241  2e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2317  inner-membrane translocator  44.96 
 
 		 375 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.156371  hitchhiker  0.00287138 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2707  inner-membrane translocator  44.96 
 
 		 375 aa  239  5.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.990048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  43.79 
 
 		 358 aa  239  8e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2439  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  41.64 
 
 		 378 aa  238  1e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.703384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  41.6 
 
 		 389 aa  237  4e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>