More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_3835 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010505  Mrad2831_3305  ABC transporter related  58.27 
 
 		 822 aa  815    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2163  ABC transporter related  72.47 
 
 		 828 aa  1094    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0310151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  100 
 
 		 830 aa  1618    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  60.58 
 
 		 832 aa  898    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1968  ABC transporter related  58.78 
 
 		 827 aa  808    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140835  normal  0.0336357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5338  ABC transporter related  58.57 
 
 		 823 aa  836    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.591038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  58.03 
 
 		 823 aa  828    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  37.29 
 
 		 852 aa  421  1e-116  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  34.64 
 
 		 838 aa  421  1e-116  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  36.09 
 
 		 840 aa  409  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  44.44 
 
 		 593 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  44.82 
 
 		 593 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  34.31 
 
 		 842 aa  391  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  36.93 
 
 		 840 aa  392  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  35.29 
 
 		 840 aa  381  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8564  ABC transporter related  35.17 
 
 		 859 aa  379  1e-103  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00150701  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  43.06 
 
 		 606 aa  378  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0428  ABC transporter related  34.11 
 
 		 863 aa  372  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3584  ABC transporter related  33.37 
 
 		 873 aa  328  2.0000000000000001e-88  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282341  normal  0.46326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1048  ABC transporter related  39.66 
 
 		 549 aa  325  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.49 
 
 		 663 aa  306  1.0000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  35.4 
 
 		 647 aa  304  4.0000000000000003e-81  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  34.34 
 
 		 646 aa  300  7e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.21 
 
 		 643 aa  298  3e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  33.98 
 
 		 646 aa  295  3e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  35.24 
 
 		 648 aa  294  4e-78  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3499  ABC transporter related  36.06 
 
 		 616 aa  292  2e-77  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  37.67 
 
 		 614 aa  291  3e-77  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  38.64 
 
 		 484 aa  288  2e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  37.92 
 
 		 590 aa  288  2.9999999999999996e-76  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0289  ABC transporter related  38.89 
 
 		 612 aa  286  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.92204  normal  0.8343 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1938  ABC transporter related  37.92 
 
 		 494 aa  285  2.0000000000000002e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.323376  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0067  ABC transporter related  37.05 
 
 		 502 aa  284  5.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  35.9 
 
 		 599 aa  284  5.000000000000001e-75  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0382  ABC transporter related  41.52 
 
 		 538 aa  284  6.000000000000001e-75  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  36.01 
 
 		 589 aa  283  1e-74  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3456  ABC transporter related  40.15 
 
 		 1302 aa  283  1e-74  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.66499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0485  ABC transporter related  38.33 
 
 		 490 aa  280  7e-74  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0297  ABC transporter related  34.32 
 
 		 682 aa  278  4e-73  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.963057  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1768  ABC transporter related  34.77 
 
 		 652 aa  277  5e-73  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.412398  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4765  ABC transporter related  37.04 
 
 		 502 aa  277  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.991546  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1162  ABC transporter related  33.97 
 
 		 678 aa  277  7e-73  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0982828  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1796  ABC transporter related  33.76 
 
 		 679 aa  276  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.210384 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1818  ABC transporter related  37.35 
 
 		 501 aa  274  5.000000000000001e-72  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.013948 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  34.08 
 
 		 603 aa  273  1e-71  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1697  ABC transporter-related protein  34.45 
 
 		 652 aa  272  2e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  36.8 
 
 		 608 aa  272  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6016  ABC transporter related  38.43 
 
 		 611 aa  271  5e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.604136  decreased coverage  0.00266342 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0267  ABC transporter related  34.74 
 
 		 598 aa  270  8e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.59454  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3273  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.03 
 
 		 594 aa  269  2e-70  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.841496  normal  0.164323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4092  putative ABC transporter ATP-binding protein  38.16 
 
 		 489 aa  269  2e-70  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.126474 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  31.47 
 
 		 643 aa  268  4e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3223  ABC transporter related  35.79 
 
 		 573 aa  268  4e-70  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2181  ABC branched-chain amino acid transporter, fused ATPase and inner-membrane subunits  33.49 
 
 		 652 aa  267  5e-70  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0082  ABC transporter related  34.03 
 
 		 594 aa  266  8e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.999385  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0860  ABC transporter related  36.99 
 
 		 536 aa  266  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0091  ABC transporter related  34.03 
 
 		 594 aa  266  1e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  34.22 
 
 		 582 aa  266  1e-69  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  266  1e-69  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0091  ABC transporter related  33.68 
 
 		 594 aa  265  2e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  35.18 
 
 		 950 aa  265  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0192  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0833757  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4058  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  265  2e-69  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7086  ABC tranpsorter, permease protein / ATP-binding protein  35.26 
 
 		 589 aa  265  2e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.900499  normal  0.610004 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0092  ABC transporter related  33.86 
 
 		 594 aa  266  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.500773 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2964  ABC transporter related  33.86 
 
 		 594 aa  265  3e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2942  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3369  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1601  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3001  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  35.09 
 
 		 594 aa  264  4.999999999999999e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0108  ABC transporter related  33.68 
 
 		 594 aa  264  6e-69  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0705  ABC transporter related  37.88 
 
 		 505 aa  263  8.999999999999999e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.355127  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6585  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 611 aa  261  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1994  ABC transporter related  35.12 
 
 		 590 aa  260  7e-68  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1697  ABC transporter related  35.47 
 
 		 593 aa  260  9e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.777579  normal  0.764818 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0478  ABC transporter related  33.93 
 
 		 634 aa  259  1e-67  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0989  ABC transporter-related protein  33.62 
 
 		 593 aa  259  2e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0574  ABC transporter related  34.09 
 
 		 630 aa  258  3e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.305546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3572  branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  35.59 
 
 		 589 aa  253  9.000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.317873 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3322  branched-chain amino acid ABC tranpsorter, permease/ATP-binding protein  34.21 
 
 		 594 aa  253  1e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0026  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  32.93 
 
 		 594 aa  252  2e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3094  ABC transporter related  33.33 
 
 		 660 aa  251  4e-65  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3907  ABC transporter related  33.28 
 
 		 594 aa  250  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0537  ABC transporter related  50.84 
 
 		 249 aa  246  9.999999999999999e-64  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  31.62 
 
 		 632 aa  244  3.9999999999999997e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3248  branched chain amino acid ABC tranpsorter permease/ATP-binding protein  33.8 
 
 		 589 aa  244  5e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.425684 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1820  ABC transporter related  32.46 
 
 		 599 aa  244  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1754  ABC transporter related  33.39 
 
 		 621 aa  243  1e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3041  ABC transporter related  32.39 
 
 		 594 aa  243  1e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2941  ABC transporter related  33.84 
 
 		 604 aa  243  1e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.147552  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1684  ABC transporter related  31.43 
 
 		 629 aa  243  1e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0459583  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0694  inner-membrane translocator, ABC transporter related  34.33 
 
 		 583 aa  242  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2425  ABC transporter-related protein  35.04 
 
 		 608 aa  242  2e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.630273  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0337  branched-chain amino acid ABC transporter, permease/ATP-binding protein  31.03 
 
 		 609 aa  241  2.9999999999999997e-62  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3891  ABC transporter ATPase component  33.84 
 
 		 954 aa  239  1e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3750  ABC transporter related  31.66 
 
 		 603 aa  239  1e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.408417  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1228  ABC transporter related  35.34 
 
 		 631 aa  238  4e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1444  ABC transporter related  51.49 
 
 		 237 aa  238  5.0000000000000005e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1891  ABC transporter related  34.91 
 
 		 589 aa  237  9e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.553447  normal  0.571968 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3511  ABC transporter-related protein  33.63 
 
 		 617 aa  236  9e-61  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0950055 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>