More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1938 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_0485  ABC transporter related  65.85 
 
 
490 aa  645    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1818  ABC transporter related  71.96 
 
 
501 aa  694    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.013948 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0067  ABC transporter related  75.05 
 
 
502 aa  732    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4765  ABC transporter related  75.47 
 
 
502 aa  731    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.991546  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1938  ABC transporter related  100 
 
 
494 aa  997    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.323376  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4092  putative ABC transporter ATP-binding protein  74.49 
 
 
489 aa  731    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.126474 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  40.5 
 
 
823 aa  319  6e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5338  ABC transporter related  40.5 
 
 
823 aa  318  1e-85  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.591038  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1968  ABC transporter related  40.2 
 
 
827 aa  312  7.999999999999999e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140835  normal  0.0336357 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3305  ABC transporter related  38.68 
 
 
822 aa  310  4e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  38.14 
 
 
832 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  37.92 
 
 
830 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2163  ABC transporter related  37.68 
 
 
828 aa  279  6e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0310151  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0705  ABC transporter related  37.34 
 
 
505 aa  276  5e-73  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.355127  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1048  ABC transporter related  35.82 
 
 
549 aa  276  7e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0428  ABC transporter related  36.23 
 
 
863 aa  274  3e-72  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  36.33 
 
 
484 aa  273  7e-72  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  37.58 
 
 
842 aa  271  2e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  37.63 
 
 
840 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  35.08 
 
 
838 aa  271  2.9999999999999997e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  36.65 
 
 
852 aa  266  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  36.48 
 
 
840 aa  261  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0763  ABC transporter related  36.92 
 
 
504 aa  255  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8564  ABC transporter related  35.29 
 
 
859 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00150701  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3584  ABC transporter related  35.17 
 
 
873 aa  253  5.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282341  normal  0.46326 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  35.61 
 
 
840 aa  252  1e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0860  ABC transporter related  34.89 
 
 
536 aa  249  1e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3223  ABC transporter related  32.72 
 
 
573 aa  230  4e-59  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1865  ABC transporter related  47.26 
 
 
247 aa  210  4e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3805  ABC transporter related protein  42.86 
 
 
261 aa  207  5e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.358481  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2498  ABC transporter related  48.9 
 
 
235 aa  206  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0405923  normal  0.181063 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4112  high-affinity amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  49.07 
 
 
233 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0754039  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3849  ABC transporter  49.07 
 
 
233 aa  205  2e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0537  ABC transporter related  47.69 
 
 
249 aa  204  3e-51  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.135709  unclonable  0.0000000163343 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2042  ABC transporter related  44.16 
 
 
247 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000858552 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1730  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.4 
 
 
247 aa  203  5e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1819  ABC transporter-related protein  47.06 
 
 
247 aa  203  5e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1317  ABC transporter related protein  47.53 
 
 
238 aa  203  6e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2185  ABC transporter related protein  45.13 
 
 
247 aa  203  7e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1384  ABC transporter related  48.5 
 
 
234 aa  202  9.999999999999999e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3804  ABC transporter related protein  46.98 
 
 
247 aa  202  9.999999999999999e-51  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0651651  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1049  ABC transporter related protein  30.51 
 
 
496 aa  201  3e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19610  high affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP binding component  47.41 
 
 
233 aa  200  3.9999999999999996e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0847602  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3053  ABC transporter related protein  48.44 
 
 
235 aa  200  6e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2125  ABC transporter related  46.4 
 
 
247 aa  199  7e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4922  ABC transporter related  47.58 
 
 
233 aa  199  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000104533  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2028  ABC transporter related  47.66 
 
 
235 aa  199  1.0000000000000001e-49  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0464  ABC transporter related protein  43.84 
 
 
236 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3725  ABC transporter component  48.66 
 
 
246 aa  198  2.0000000000000003e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0944457  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2754  ABC transporter related  47.11 
 
 
238 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3857  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.02 
 
 
237 aa  198  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.35837 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3016  ABC transporter related  45.81 
 
 
247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.498705  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3062  ABC transporter related  45.81 
 
 
247 aa  197  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.534019 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3872  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.89 
 
 
237 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0843862  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3931  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.89 
 
 
237 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3762  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.89 
 
 
237 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3031  ABC transporter related  45.81 
 
 
247 aa  197  3e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0358479  normal  0.333299 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3829  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.89 
 
 
237 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.441456  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0383  ABC transporter related  51.61 
 
 
241 aa  197  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3751  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.89 
 
 
237 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2432  ABC transporter related protein  43.05 
 
 
237 aa  197  5.000000000000001e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00198447  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2298  ABC transporter related  51.38 
 
 
234 aa  196  6e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.644067  normal  0.429574 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1946  ABC transporter related protein  44.4 
 
 
233 aa  196  6e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.987949  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3391  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  48.25 
 
 
234 aa  196  7e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1318  ABC transporter related protein  42.19 
 
 
242 aa  194  2e-48  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2334  ABC transporter related protein  48.89 
 
 
234 aa  194  2e-48  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.486602  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3570  ABC transporter related  44.92 
 
 
247 aa  195  2e-48  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0703152 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0359  ABC transporter related  47.22 
 
 
233 aa  195  2e-48  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1675  ABC transporter related  43.72 
 
 
247 aa  194  2e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4335  ABC transporter related  48.84 
 
 
236 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.150909  normal  0.128098 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1895  branched-chain amino acid ABC transporter ATPase  46.54 
 
 
234 aa  194  3e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.250393  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1244  ABC transporter-like  49.07 
 
 
233 aa  194  3e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.332588 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0799  ABC transporter related  46.67 
 
 
240 aa  194  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0762  ABC transporter-related protein  43.1 
 
 
241 aa  194  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000284565 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2363  high-affinity branched chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  46.76 
 
 
235 aa  193  5e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3868  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.98 
 
 
233 aa  193  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0572  ABC transporter related  45.49 
 
 
239 aa  193  6e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000129058  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03303  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  47.42 
 
 
237 aa  193  7e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4770  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.42 
 
 
237 aa  193  7e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.355686 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3735  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.42 
 
 
237 aa  193  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03256  hypothetical protein  47.42 
 
 
237 aa  193  7e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4055  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.58 
 
 
233 aa  192  8e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0262  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.42 
 
 
237 aa  192  8e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3652  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.42 
 
 
233 aa  192  8e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2845  ABC transporter-related protein  45.06 
 
 
253 aa  192  8e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0734764  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0261  ABC transporter related protein  47.42 
 
 
237 aa  192  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3933  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.42 
 
 
233 aa  192  9e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1578  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  45.62 
 
 
236 aa  192  1e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0248  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.43 
 
 
233 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3868  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  46.95 
 
 
241 aa  192  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3970  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.43 
 
 
233 aa  192  1e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.394941  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2269  ABC transporter related  43.53 
 
 
233 aa  192  1e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1539  ABC transporter related  49.78 
 
 
234 aa  192  1e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.850691  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1679  ABC transporter-like protein  48 
 
 
234 aa  192  1e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.2537  normal  0.0768267 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1209  ABC transporter related  43.36 
 
 
256 aa  192  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.093328  normal  0.473951 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3664  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  48.43 
 
 
233 aa  192  1e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0263  ABC transporter related  46.46 
 
 
235 aa  192  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0102  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  47.09 
 
 
233 aa  192  1e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0356  ABC transporter related  47.95 
 
 
240 aa  192  1e-47  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4863  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  46.08 
 
 
238 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.0000477464  hitchhiker  0.0000052401 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>