More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3456 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009921  Franean1_1283  ABC transporter related  72.68 
 
 		 1087 aa  1243    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.887426  normal  0.865283 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3456  ABC transporter related  100 
 
 		 1302 aa  2467    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.66499  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4564  ABC transporter related  34.04 
 
 		 989 aa  368  1e-100  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1968  ABC transporter related  44.53 
 
 		 827 aa  344  5e-93  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.140835  normal  0.0336357 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5338  ABC transporter related  43.54 
 
 		 823 aa  339  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.591038  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4851  ABC transporter related  43.38 
 
 		 823 aa  338  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.356064  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3305  ABC transporter related  41.82 
 
 		 822 aa  322  3.9999999999999996e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2163  ABC transporter related  40.07 
 
 		 828 aa  313  2e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0310151  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  40.04 
 
 		 830 aa  309  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  39.89 
 
 		 832 aa  306  2.0000000000000002e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1284  ABC transporter related  74.78 
 
 		 246 aa  290  2e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.132719  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  39.06 
 
 		 842 aa  288  5.999999999999999e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3223  ABC transporter related  38.63 
 
 		 573 aa  288  5.999999999999999e-76  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0382  ABC transporter related  40.73 
 
 		 538 aa  271  8e-71  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8564  ABC transporter related  37.08 
 
 		 859 aa  259  3e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  unclonable  0.00150701  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0860  ABC transporter related  34.4 
 
 		 536 aa  246  1.9999999999999999e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.473738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1048  ABC transporter related  35.3 
 
 		 549 aa  243  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.356388 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0067  ABC transporter related  35 
 
 		 502 aa  243  2e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4092  putative ABC transporter ATP-binding protein  35.99 
 
 		 489 aa  240  1e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.126474 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2686  ABC transporter-like protein  35.55 
 
 		 484 aa  240  1e-61  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.473658  normal  0.293946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4765  ABC transporter related  34.54 
 
 		 502 aa  239  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.991546  normal  0.372054 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  30.96 
 
 		 643 aa  238  8e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0705  ABC transporter related  36.98 
 
 		 505 aa  233  2e-59  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.355127  hitchhiker  0.00291671 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1818  ABC transporter related  35.54 
 
 		 501 aa  233  2e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.013948 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  35.09 
 
 		 852 aa  232  4e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1093  ABC transporter related  34.49 
 
 		 555 aa  228  4e-58  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.403079  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4486  inner-membrane translocator  35.22 
 
 		 661 aa  228  7e-58  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  32.6 
 
 		 663 aa  223  9.999999999999999e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  32.46 
 
 		 840 aa  223  1.9999999999999999e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  31.32 
 
 		 647 aa  223  3e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0428  ABC transporter related  32.92 
 
 		 863 aa  222  3.9999999999999997e-56  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  29.75 
 
 		 648 aa  219  2e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0485  ABC transporter related  33.15 
 
 		 490 aa  219  2e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0763  ABC transporter related  37.79 
 
 		 504 aa  218  7e-55  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3584  ABC transporter related  33.15 
 
 		 873 aa  213  2e-53  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.282341  normal  0.46326 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5562  ABC transporter related  34.6 
 
 		 891 aa  211  1e-52  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.489183  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  30.19 
 
 		 646 aa  208  7e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  32.84 
 
 		 840 aa  206  2e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  30.34 
 
 		 646 aa  205  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3859  ABC transporter related protein  34.11 
 
 		 924 aa  204  8e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0357  ABC transporter related  30.03 
 
 		 643 aa  199  3e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1768  ABC transporter related  33.28 
 
 		 652 aa  198  7e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.412398  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3094  ABC transporter related  30.19 
 
 		 660 aa  197  1e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1697  ABC transporter-related protein  32.78 
 
 		 652 aa  196  3e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3696  ABC transporter related  30.17 
 
 		 840 aa  194  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.500885  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5561  ABC transporter related  51.53 
 
 		 250 aa  194  1e-47  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  42.19 
 
 		 255 aa  193  2e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.96 
 
 		 255 aa  193  2e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.57 
 
 		 255 aa  192  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2127  ABC transporter related  40.94 
 
 		 250 aa  191  7e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7086  ABC tranpsorter, permease protein / ATP-binding protein  30.4 
 
 		 589 aa  191  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.900499  normal  0.610004 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0857  ABC transporter related  42.69 
 
 		 257 aa  189  3e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4098  inner-membrane translocator:ABC transporter related  35.34 
 
 		 950 aa  189  4e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  40.38 
 
 		 259 aa  189  4e-46  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3248  branched chain amino acid ABC tranpsorter permease/ATP-binding protein  30.11 
 
 		 589 aa  188  5e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.425684 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3032  ABC transporter related  43.97 
 
 		 275 aa  188  6e-46  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.178784  normal  0.334419 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1820  ABC transporter related  33.33 
 
 		 599 aa  188  7e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.53 
 
 		 255 aa  187  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2864  ABC transporter-related protein  43.89 
 
 		 258 aa  187  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.150555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3017  ABC transporter related  43.8 
 
 		 275 aa  187  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.289222  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0837  ABC transporter related  42.19 
 
 		 255 aa  187  1.0000000000000001e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3063  ABC transporter related  43.8 
 
 		 275 aa  187  1.0000000000000001e-45  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.792567  normal  0.542546 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  44.62 
 
 		 279 aa  186  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.57 
 
 		 255 aa  186  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  42.47 
 
 		 265 aa  185  4.0000000000000006e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  44.27 
 
 		 277 aa  185  6e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2137  ABC transporter related protein  50 
 
 		 251 aa  185  6e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0427504 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2553  ABC transporter related  40.78 
 
 		 255 aa  185  6e-45  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2425  ABC transporter-related protein  36.12 
 
 		 608 aa  184  9.000000000000001e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.630273  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  41.96 
 
 		 255 aa  183  2e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4413  ABC transporter related  42.07 
 
 		 270 aa  182  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  42.35 
 
 		 255 aa  183  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0476  ABC transporter related  45.45 
 
 		 258 aa  183  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.615682  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1653  ABC transporter related protein  44.09 
 
 		 610 aa  183  2e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0487091  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4258  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  42.07 
 
 		 270 aa  182  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805071  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3571  ABC transporter related  43.48 
 
 		 283 aa  182  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0233348 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4484  ABC transporter related  51.09 
 
 		 241 aa  182  4e-44  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4392  ABC transporter-related protein  42.8 
 
 		 270 aa  182  4e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  43.98 
 
 		 296 aa  182  4e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  41.18 
 
 		 255 aa  182  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  43.3 
 
 		 257 aa  182  4.999999999999999e-44  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1385  ABC transporter related  39.06 
 
 		 256 aa  182  4.999999999999999e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1389  ABC transporter related  41.63 
 
 		 256 aa  182  4.999999999999999e-44  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1607  ABC transporter related  36.47 
 
 		 284 aa  181  7e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.714039  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0401  ABC-type branched-chain amino acid transport system, ATPase component  39.69 
 
 		 254 aa  181  7e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2726  ABC transporter related  42.41 
 
 		 258 aa  181  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  42.69 
 
 		 257 aa  180  2e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  40.78 
 
 		 255 aa  180  2e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1820  ABC transporter-related protein  40.55 
 
 		 250 aa  180  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  41.34 
 
 		 255 aa  180  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0588  ABC transporter related protein  43.36 
 
 		 255 aa  180  2e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0802  ABC transporter related  37.16 
 
 		 588 aa  180  2e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>