More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_E3867 on replicon NC_010658
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03304  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0260  ABC transporter related protein  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3737  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3867  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0261  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4772  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.769292 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03257  hypothetical protein  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3653  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3934  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  100 
 
 
255 aa  522  1e-147  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3932  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  96.08 
 
 
255 aa  504  9.999999999999999e-143  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3752  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  96.08 
 
 
255 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3830  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  96.08 
 
 
255 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.245965  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  96.08 
 
 
255 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0456254  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3763  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  96.08 
 
 
255 aa  502  1e-141  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3858  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  92.94 
 
 
255 aa  494  1e-139  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.199683 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3869  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  85.04 
 
 
256 aa  449  1e-125  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4056  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  84.25 
 
 
256 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0107  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  82.68 
 
 
256 aa  442  1e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0101  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  81.89 
 
 
256 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0231  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  83.33 
 
 
255 aa  436  1e-121  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.479303 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0247  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  81.82 
 
 
255 aa  410  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3971  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  81.82 
 
 
255 aa  409  1e-113  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.61537  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1138  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  71.76 
 
 
255 aa  386  1e-106  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.523299  normal  0.117665 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1155  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  71.76 
 
 
255 aa  387  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0154079 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1172  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  71.37 
 
 
255 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.333486  normal  0.875323 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4306  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.59 
 
 
255 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50550  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.59 
 
 
255 aa  383  1e-105  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.013767 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4279  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  70.98 
 
 
255 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.667482  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1384  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  69.02 
 
 
255 aa  378  1e-104  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0818364  normal  0.420206 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4111  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  70.59 
 
 
255 aa  374  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.277717  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3848  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  69.8 
 
 
255 aa  371  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0319236  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1245  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  67.45 
 
 
255 aa  364  1e-100  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19620  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  68.63 
 
 
255 aa  361  6e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00232655  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3338  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  66.93 
 
 
251 aa  361  6e-99  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0654  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.6 
 
 
257 aa  334  7.999999999999999e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2477  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.63 
 
 
255 aa  332  3e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0920701 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2316  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.4 
 
 
261 aa  331  6e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4944  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  61.2 
 
 
257 aa  331  7.000000000000001e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.956348  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3256  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.78 
 
 
255 aa  330  1e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.329703  normal  0.0874326 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2609  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.78 
 
 
255 aa  330  1e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.223215  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5271  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.8 
 
 
257 aa  328  3e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.878512  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3351  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.8 
 
 
257 aa  328  3e-89  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5016  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.8 
 
 
257 aa  328  3e-89  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.836649 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3626  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.4 
 
 
257 aa  328  4e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4429  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  60.8 
 
 
257 aa  328  4e-89  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000108866 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1873  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.89 
 
 
263 aa  324  8.000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.188258 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0865  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  59.6 
 
 
257 aa  321  6e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.154557  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2141  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  59.2 
 
 
257 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0558111  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0775  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  59.2 
 
 
257 aa  319  1.9999999999999998e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1836  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58 
 
 
257 aa  319  3e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.101541  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4334  leucine/isoleucine/valine transporter ATP-binding subunit  58.43 
 
 
255 aa  316  2e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.231493  normal  0.133886 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5635  ABC transporter ATP-binding protein  53 
 
 
290 aa  289  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64870  ABC transporter ATP-binding protein  52.65 
 
 
290 aa  288  8e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00483294  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2494  ABC transporter related  51.24 
 
 
291 aa  281  6.000000000000001e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.106819  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3200  ABC transporter-related protein  51.94 
 
 
291 aa  280  2e-74  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3683  ABC transporter related  54.83 
 
 
279 aa  278  5e-74  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0539124  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1749  ABC transporter component  53.28 
 
 
314 aa  276  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.351148  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4864  branched chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  50.54 
 
 
291 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.038831  hitchhiker  0.00000571086 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0600  ABC transporter  51.06 
 
 
291 aa  276  3e-73  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.626687  normal  0.53595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4656  ABC transporter related  50.54 
 
 
291 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000169542  decreased coverage  0.0012256 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4920  ABC transporter related  50.54 
 
 
291 aa  276  3e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000108293  decreased coverage  0.000000000000110275 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4916  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  50.71 
 
 
291 aa  275  6e-73  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0730  ABC transporter related  50.18 
 
 
293 aa  275  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1789  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.91 
 
 
440 aa  274  9e-73  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1723  branched-chain amino acid ABC transporter, ATP-binding protein  51.91 
 
 
446 aa  274  9e-73  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4742  ABC transporter related  50.18 
 
 
291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00113438  hitchhiker  0.000000142974 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0555  ABC transporter-like  49.47 
 
 
290 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0226629  normal  0.723827 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1620  ABC transporter related  53.82 
 
 
278 aa  273  2.0000000000000002e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.105573  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1114  ABC transporter related  52.71 
 
 
453 aa  272  3e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0650865  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5325  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter ATP-binding protein  53.64 
 
 
277 aa  272  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254862  normal  0.433672 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2211  ABC transporter, ATPase subunit  53.28 
 
 
278 aa  270  1e-71  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1745  ABC transporter related  53.26 
 
 
285 aa  270  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3325  ABC transporter related  50.71 
 
 
354 aa  269  2.9999999999999997e-71  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.268059  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3902  ABC transporter related  49.47 
 
 
308 aa  268  5e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2395  ABC transporter related  52.87 
 
 
295 aa  268  5.9999999999999995e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00705338 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1777  ABC transporter related  53.49 
 
 
279 aa  268  7e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.584157 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3054  ABC transporter related protein  53.39 
 
 
259 aa  268  7e-71  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0566  ABC transporter related  53.67 
 
 
277 aa  268  7e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26100  ABC-transporter ATP-binding protein  50.54 
 
 
291 aa  266  2e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.559964  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2251  ABC transporter related  52.9 
 
 
296 aa  266  2.9999999999999995e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.876454  normal  0.416828 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3513  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  51.34 
 
 
292 aa  265  5e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0613  ABC transporter related  49.01 
 
 
259 aa  265  5e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4332  ABC transporter related  52.87 
 
 
278 aa  263  1e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.02881  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0489  ABC transporter related  50 
 
 
287 aa  262  3e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0363461  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2610  ABC transporter related  48.63 
 
 
270 aa  261  8e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3003  ABC transporter related  49 
 
 
271 aa  260  1e-68  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.727934  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1895  ABC transporter related  52.19 
 
 
264 aa  261  1e-68  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.045423 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2613  ABC transporter related  53.67 
 
 
278 aa  260  1e-68  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2237  ABC transporter related  51.6 
 
 
255 aa  260  2e-68  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.945618  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0609  ATPase  49.22 
 
 
261 aa  259  3e-68  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2499  ABC transporter related  48.64 
 
 
262 aa  259  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.241387  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0268  ABC transporter related  49.02 
 
 
265 aa  258  9e-68  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00395976  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2978  ABC transporter related  50.6 
 
 
265 aa  257  1e-67  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5435  ABC transporter related  54.41 
 
 
285 aa  257  1e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.545433 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1481  ABC transporter related  49.03 
 
 
261 aa  257  1e-67  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0407  ABC transporter-like protein  49.6 
 
 
273 aa  256  3e-67  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.139894  normal  0.382796 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3326  ABC transporter related  51.16 
 
 
291 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.407703 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4413  ABC transporter related  49.6 
 
 
270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4258  ABC branched-chain amino acid transporter, ATPase subunit  49.6 
 
 
270 aa  253  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.805071  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2856  ABC transporter related protein  50 
 
 
276 aa  253  2.0000000000000002e-66  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00458274  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>