More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1944 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  100 
 
 		 297 aa  582  1.0000000000000001e-165  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  96.3 
 
 		 297 aa  531  1e-150  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  80.34 
 
 		 307 aa  482  1e-135  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.9 
 
 		 298 aa  299  3e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  53.5 
 
 		 299 aa  298  5e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  53.85 
 
 		 300 aa  295  8e-79  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  45.17 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  46.9 
 
 		 326 aa  234  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  44.08 
 
 		 318 aa  226  4e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  45.39 
 
 		 407 aa  222  4.9999999999999996e-57  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 327 aa  218  7e-56  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  44.1 
 
 		 317 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  42.91 
 
 		 415 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  43.97 
 
 		 407 aa  213  1.9999999999999998e-54  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  42 
 
 		 401 aa  213  2.9999999999999995e-54  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.93 
 
 		 317 aa  206  4e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 372 aa  205  6e-52  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.29 
 
 		 322 aa  204  1e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  46.15 
 
 		 312 aa  203  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  42.45 
 
 		 357 aa  203  3e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 318 aa  202  5e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  41.36 
 
 		 316 aa  202  8e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  43.51 
 
 		 407 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  42.21 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  45.15 
 
 		 376 aa  196  5.000000000000001e-49  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.86 
 
 		 317 aa  195  7e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 321 aa  195  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  42.8 
 
 		 331 aa  194  1e-48  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  39.8 
 
 		 389 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  37.8 
 
 		 362 aa  193  3e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  37.85 
 
 		 347 aa  193  3e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  42.75 
 
 		 333 aa  192  6e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.91 
 
 		 319 aa  191  1e-47  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  40.36 
 
 		 321 aa  191  2e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  38.01 
 
 		 357 aa  190  2e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 327 aa  189  5.999999999999999e-47  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.03 
 
 		 339 aa  189  5.999999999999999e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 337 aa  189  7e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 330 aa  188  8e-47  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  40.91 
 
 		 293 aa  188  1e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 443 aa  188  1e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  37.15 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  41.52 
 
 		 562 aa  187  2e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  41.48 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  38.93 
 
 		 321 aa  186  3e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 345 aa  186  4e-46  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 347 aa  186  4e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  42.2 
 
 		 299 aa  186  5e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  40.13 
 
 		 353 aa  186  5e-46  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 358 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 345 aa  186  5e-46  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  36.02 
 
 		 343 aa  186  5e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  43.06 
 
 		 352 aa  184  1.0000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  39.85 
 
 		 281 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 452 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  39.58 
 
 		 324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 317 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 282 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  41.04 
 
 		 281 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.28 
 
 		 423 aa  182  6e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  36.91 
 
 		 463 aa  181  9.000000000000001e-45  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  42.71 
 
 		 352 aa  181  1e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.25 
 
 		 326 aa  180  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  37.73 
 
 		 389 aa  180  2e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  41.81 
 
 		 359 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 328 aa  179  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  39.73 
 
 		 435 aa  179  4e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  37.41 
 
 		 290 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.5 
 
 		 412 aa  177  2e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35 
 
 		 332 aa  177  2e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.49 
 
 		 418 aa  177  3e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.05 
 
 		 350 aa  176  3e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.46 
 
 		 428 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 463 aa  176  6e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 		 350 aa  175  7e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.43 
 
 		 428 aa  175  7e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1160  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.88 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.625358  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  39.44 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 463 aa  174  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 349 aa  174  9.999999999999999e-43  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2857  inner-membrane translocator  42.39 
 
 		 393 aa  174  9.999999999999999e-43  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0102974  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.93 
 
 		 423 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 433 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  34.05 
 
 		 463 aa  174  1.9999999999999998e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  38.12 
 
 		 363 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.07 
 
 		 424 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  38.24 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 435 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1390  inner-membrane translocator  40.69 
 
 		 334 aa  173  2.9999999999999996e-42  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  39.06 
 
 		 353 aa  173  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  40.07 
 
 		 336 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 		 389 aa  172  5e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>