More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2308 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  100 
 
 		 372 aa  741    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  47.62 
 
 		 318 aa  260  3e-68  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  45.32 
 
 		 352 aa  240  4e-62  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  46.05 
 
 		 359 aa  237  3e-61  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  45.03 
 
 		 352 aa  236  6e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  45.31 
 
 		 327 aa  235  8e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  44.48 
 
 		 352 aa  228  2e-58  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  46.9 
 
 		 326 aa  224  2e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  41.59 
 
 		 401 aa  221  1.9999999999999999e-56  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 324 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.35 
 
 		 362 aa  206  4e-52  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  40.4 
 
 		 297 aa  205  8e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.41 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  40.47 
 
 		 322 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.13 
 
 		 298 aa  201  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 358 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  40.54 
 
 		 356 aa  199  5e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.25 
 
 		 317 aa  199  6e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  39.49 
 
 		 353 aa  199  1.0000000000000001e-49  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  43.24 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  39.63 
 
 		 300 aa  198  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  37.18 
 
 		 331 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  43.88 
 
 		 312 aa  197  3e-49  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  39.25 
 
 		 357 aa  196  6e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  42.94 
 
 		 333 aa  194  2e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 297 aa  191  2e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  38.94 
 
 		 340 aa  189  8e-47  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  39.09 
 
 		 407 aa  189  8e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  36.65 
 
 		 316 aa  188  1e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  37.27 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3103  inner-membrane translocator  35.14 
 
 		 340 aa  184  3e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  37.38 
 
 		 345 aa  179  5.999999999999999e-44  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  37.99 
 
 		 415 aa  177  4e-43  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  38.91 
 
 		 324 aa  176  5e-43  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3363  inner-membrane translocator  39.24 
 
 		 358 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.585542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2711  inner-membrane translocator  38.92 
 
 		 358 aa  173  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  36.72 
 
 		 363 aa  172  5.999999999999999e-42  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 452 aa  172  6.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2104  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 398 aa  172  6.999999999999999e-42  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  36.13 
 
 		 343 aa  172  6.999999999999999e-42  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1390  inner-membrane translocator  36.34 
 
 		 334 aa  171  1e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  37.35 
 
 		 347 aa  171  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  34.43 
 
 		 299 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1289  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 399 aa  171  2e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0100  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.44 
 
 		 424 aa  170  4e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.68 
 
 		 423 aa  170  5e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  39.23 
 
 		 407 aa  170  5e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.93 
 
 		 428 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.39 
 
 		 418 aa  169  8e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  35.35 
 
 		 345 aa  169  9e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  35.56 
 
 		 389 aa  168  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.31 
 
 		 412 aa  168  2e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1124  putative transport system permease protein  39.16 
 
 		 368 aa  168  2e-40  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.101102  normal  0.0627537 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 428 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1876  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 358 aa  167  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.255765  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.78 
 
 		 421 aa  167  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4924  inner-membrane translocator  38 
 
 		 358 aa  166  5e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150164  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.28 
 
 		 322 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.19 
 
 		 421 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35 
 
 		 350 aa  166  6.9999999999999995e-40  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.6 
 
 		 418 aa  166  8e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.89 
 
 		 418 aa  166  8e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.99 
 
 		 350 aa  166  8e-40  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.89 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  35.33 
 
 		 318 aa  165  1.0000000000000001e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.89 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  36.83 
 
 		 389 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.89 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5353  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 359 aa  165  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.980288 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3859  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.107872 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03305  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1160  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.625358  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4773  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0260  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3866  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  36.61 
 
 		 389 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3654  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03258  hypothetical protein  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3738  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  36.57 
 
 		 318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3935  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 425 aa  164  2.0000000000000002e-39  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.35 
 
 		 423 aa  164  3e-39  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  37.42 
 
 		 376 aa  163  4.0000000000000004e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3831  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3764  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  163  4.0000000000000004e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4057  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 424 aa  163  5.0000000000000005e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  40.39 
 
 		 327 aa  163  5.0000000000000005e-39  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  36.34 
 
 		 321 aa  162  6e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 346 aa  163  6e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3874  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.212137  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3933  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3753  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.6 
 
 		 425 aa  162  7e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0259  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 425 aa  162  9e-39  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 356 aa  162  9e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3171  inner-membrane translocator  39.23 
 
 		 363 aa  162  1e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.471591  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.41 
 
 		 389 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 337 aa  161  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3870  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.83 
 
 		 425 aa  161  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>