More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_2271 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  100 
 
 		 297 aa  583  1.0000000000000001e-165  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  96.3 
 
 		 297 aa  564  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  78.98 
 
 		 307 aa  474  1e-133  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  53.66 
 
 		 299 aa  300  2e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  54.36 
 
 		 298 aa  300  2e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  52.23 
 
 		 300 aa  292  4e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  44.79 
 
 		 324 aa  239  5.999999999999999e-62  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  45.36 
 
 		 326 aa  228  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  44.6 
 
 		 407 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  43.61 
 
 		 327 aa  221  9.999999999999999e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  42.43 
 
 		 318 aa  221  9.999999999999999e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  44.68 
 
 		 407 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  44.33 
 
 		 415 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  43.4 
 
 		 317 aa  214  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  40.71 
 
 		 401 aa  209  7e-53  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  46.35 
 
 		 312 aa  205  8e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  42.18 
 
 		 316 aa  204  1e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.93 
 
 		 322 aa  203  3e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  38.83 
 
 		 372 aa  200  1.9999999999999998e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  44.24 
 
 		 357 aa  200  3e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  43.16 
 
 		 407 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  41.55 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 318 aa  197  2.0000000000000003e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  39.47 
 
 		 389 aa  194  1e-48  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  42.14 
 
 		 376 aa  194  1e-48  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  44.12 
 
 		 322 aa  194  2e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  38.11 
 
 		 362 aa  192  4e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2752  inner-membrane translocator  41.52 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  42.64 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 321 aa  191  1e-47  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  42.64 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  38.65 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  38.85 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  38.14 
 
 		 347 aa  189  4e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  39.26 
 
 		 321 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  41.52 
 
 		 562 aa  188  8e-47  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  41.26 
 
 		 293 aa  188  9e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  37.89 
 
 		 357 aa  187  1e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.11 
 
 		 339 aa  187  1e-46  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2252  inner-membrane translocator  40.65 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 356 aa  187  2e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  40 
 
 		 321 aa  187  3e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  36.73 
 
 		 358 aa  186  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 443 aa  186  4e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  41.34 
 
 		 299 aa  185  6e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  41.57 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  39.03 
 
 		 353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 337 aa  183  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  34.91 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  39.42 
 
 		 340 aa  183  3e-45  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 319 aa  183  3e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  37.06 
 
 		 290 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.46 
 
 		 418 aa  182  5.0000000000000004e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.93 
 
 		 423 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  39.7 
 
 		 281 aa  181  9.000000000000001e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  40.08 
 
 		 282 aa  181  1e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  41.95 
 
 		 281 aa  181  1e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  35.38 
 
 		 345 aa  181  1e-44  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  40.14 
 
 		 324 aa  181  1e-44  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  43.4 
 
 		 352 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  35.6 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  41.96 
 
 		 359 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.39 
 
 		 452 aa  178  1e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0474  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 463 aa  178  1e-43  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 352 aa  177  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  35.86 
 
 		 345 aa  177  2e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1084  inner-membrane translocator  39.38 
 
 		 435 aa  177  2e-43  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0450701  normal  0.660313 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  35.78 
 
 		 389 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  43.75 
 
 		 352 aa  177  3e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1728  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 363 aa  176  4e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.93 
 
 		 389 aa  176  4e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4743  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 433 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127702  hitchhiker  0.000000177935 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 332 aa  176  5e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4865  inner-membrane translocator  37.04 
 
 		 435 aa  175  7e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.307682  hitchhiker  0.00000605126 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.95 
 
 		 326 aa  175  9e-43  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  37.62 
 
 		 389 aa  175  9e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  39.58 
 
 		 328 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.84 
 
 		 389 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.64 
 
 		 350 aa  174  9.999999999999999e-43  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1390  inner-membrane translocator  41.18 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0272  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 353 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.337151  normal  0.772291 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.36 
 
 		 418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2414  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 389 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0405273 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.46 
 
 		 350 aa  174  1.9999999999999998e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.11 
 
 		 418 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.11 
 
 		 418 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.11 
 
 		 418 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 389 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2521  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 389 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.561391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.11 
 
 		 418 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1885  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 389 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  34.66 
 
 		 463 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2496  inner-membrane translocator  37.62 
 
 		 389 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.381259  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>