More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS01987 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  100 
 
 		 299 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3908  inner-membrane translocator  93.38 
 
 		 302 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3795  inner-membrane translocator  93.38 
 
 		 302 aa  515  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.189427 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  50.36 
 
 		 282 aa  267  2e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  50.9 
 
 		 281 aa  247  1e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  49.82 
 
 		 281 aa  247  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  43.62 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.11 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  43.77 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  40.84 
 
 		 326 aa  193  2e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  43.93 
 
 		 317 aa  189  5e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  42.2 
 
 		 297 aa  186  5e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  42.59 
 
 		 327 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.38 
 
 		 307 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 401 aa  183  3e-45  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  40 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2266  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 288 aa  175  9.999999999999999e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0901269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  40.3 
 
 		 562 aa  174  1.9999999999999998e-42  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  38.87 
 
 		 318 aa  173  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  39.92 
 
 		 321 aa  172  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  42.64 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.46 
 
 		 339 aa  171  1e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  39.79 
 
 		 357 aa  171  1e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 319 aa  171  1e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4911  inner-membrane translocator  40.2 
 
 		 316 aa  171  2e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.38743 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  40 
 
 		 327 aa  171  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  34.43 
 
 		 372 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0733  inner-membrane translocator  37.81 
 
 		 313 aa  169  6e-41  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  40.81 
 
 		 407 aa  168  8e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 415 aa  168  9e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  39.27 
 
 		 321 aa  167  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  41.94 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  40 
 
 		 322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  37.46 
 
 		 376 aa  166  5e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  37.68 
 
 		 407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  38.35 
 
 		 328 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  38.73 
 
 		 335 aa  161  1e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 315 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.49 
 
 		 317 aa  160  3e-38  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  40.24 
 
 		 407 aa  159  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 345 aa  159  5e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  37.97 
 
 		 312 aa  159  7e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 357 aa  158  8e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36.9 
 
 		 321 aa  158  9e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  39 
 
 		 333 aa  156  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.5 
 
 		 326 aa  155  6e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  39.22 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  35.02 
 
 		 398 aa  155  1e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  35.69 
 
 		 316 aa  154  2e-36  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 347 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1213  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  39.67 
 
 		 353 aa  152  5e-36  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 331 aa  152  5e-36  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  39.13 
 
 		 330 aa  152  8e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  36.36 
 
 		 393 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 345 aa  151  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  37.3 
 
 		 359 aa  151  2e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 358 aa  150  3e-35  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 389 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 389 aa  149  4e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  37 
 
 		 332 aa  149  5e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  35.94 
 
 		 372 aa  149  7e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  34.76 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  36.24 
 
 		 452 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  38.37 
 
 		 320 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  32.24 
 
 		 389 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 298 aa  147  2.0000000000000003e-34  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  33.68 
 
 		 362 aa  147  3e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.86 
 
 		 418 aa  147  3e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  37.93 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  34.81 
 
 		 324 aa  146  5e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  33.7 
 
 		 571 aa  145  6e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  38.31 
 
 		 350 aa  145  8.000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2494  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.16 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272138  hitchhiker  0.00284641 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.54 
 
 		 389 aa  145  9e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1427  inner-membrane translocator  38.55 
 
 		 286 aa  145  1e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.732914  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  35.6 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  39.84 
 
 		 293 aa  144  2e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.78 
 
 		 423 aa  144  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  37.31 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 346 aa  144  2e-33  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  32.24 
 
 		 389 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0567  inner-membrane translocator  34.67 
 
 		 443 aa  143  3e-33  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.856247  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 463 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2015  inner-membrane translocator  32.47 
 
 		 287 aa  142  5e-33  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.60727  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.94 
 
 		 389 aa  142  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  35.45 
 
 		 663 aa  142  7e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0798  inner-membrane translocator  31.34 
 
 		 389 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.640625 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0823  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  31.04 
 
 		 389 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.196198  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3327  inner-membrane translocator  34.15 
 
 		 463 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.630335 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>