More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_3908 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010678  Rpic_3795  inner-membrane translocator  100 
 
 		 302 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.189427 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3908  inner-membrane translocator  100 
 
 		 302 aa  590  1e-168  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  93.38 
 
 		 299 aa  550  1e-156  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  49.64 
 
 		 282 aa  265  5e-70  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  49.46 
 
 		 281 aa  249  3e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  49.82 
 
 		 281 aa  248  6e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  42.76 
 
 		 298 aa  199  3.9999999999999996e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  41.36 
 
 		 300 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  43.42 
 
 		 299 aa  194  1e-48  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  37.24 
 
 		 324 aa  193  3e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  42.39 
 
 		 326 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 297 aa  187  2e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  44.17 
 
 		 317 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  39.32 
 
 		 307 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  41.85 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  38.15 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  36.6 
 
 		 401 aa  177  2e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4911  inner-membrane translocator  40.45 
 
 		 316 aa  176  5e-43  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.38743 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2266  inner-membrane translocator  36.01 
 
 		 288 aa  175  9e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0901269  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  40.14 
 
 		 357 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.74 
 
 		 317 aa  174  9.999999999999999e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  38.78 
 
 		 321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.76 
 
 		 339 aa  172  5e-42  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  42.64 
 
 		 297 aa  172  6.999999999999999e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  36.16 
 
 		 372 aa  172  6.999999999999999e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  37.67 
 
 		 319 aa  172  9e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  40.75 
 
 		 562 aa  171  1e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  40.08 
 
 		 321 aa  170  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  39.3 
 
 		 322 aa  169  4e-41  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  39.08 
 
 		 318 aa  169  5e-41  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  42.34 
 
 		 327 aa  168  9e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 415 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0733  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.73446 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 327 aa  166  5e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  38.27 
 
 		 407 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  38.55 
 
 		 407 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  40 
 
 		 320 aa  162  6e-39  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  38.71 
 
 		 328 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  39.84 
 
 		 407 aa  161  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  37.59 
 
 		 312 aa  160  3e-38  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  36.49 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  38.52 
 
 		 328 aa  160  3e-38  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  38.03 
 
 		 335 aa  160  3e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 376 aa  159  4e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.98 
 
 		 317 aa  158  1e-37  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  35.77 
 
 		 331 aa  156  3e-37  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  37.84 
 
 		 333 aa  156  3e-37  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  34.92 
 
 		 315 aa  155  6e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.79 
 
 		 326 aa  155  7e-37  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 310 aa  155  7e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2040  inner-membrane translocator  38.82 
 
 		 320 aa  155  1e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000437253 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  36.18 
 
 		 345 aa  154  1e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  37.02 
 
 		 318 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 398 aa  152  5e-36  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  36.29 
 
 		 372 aa  151  1e-35  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  33.76 
 
 		 357 aa  151  1e-35  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  35.2 
 
 		 347 aa  150  2e-35  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  35.31 
 
 		 393 aa  150  2e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  34.6 
 
 		 418 aa  150  4e-35  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  35.99 
 
 		 359 aa  149  4e-35  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 345 aa  149  5e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1213  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 294 aa  149  6e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.576593  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  35.9 
 
 		 332 aa  149  8e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 330 aa  148  1.0000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  37.26 
 
 		 353 aa  147  1.0000000000000001e-34  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  37.31 
 
 		 311 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  34.38 
 
 		 362 aa  148  1.0000000000000001e-34  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0590  inner-membrane translocator  31.04 
 
 		 389 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1750  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 452 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.40589  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  34.53 
 
 		 663 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  34.05 
 
 		 358 aa  147  2.0000000000000003e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  33.73 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.71 
 
 		 322 aa  146  5e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 356 aa  145  6e-34  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  36.78 
 
 		 319 aa  145  6e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0786  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.64 
 
 		 389 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3143  inner-membrane translocator  30.75 
 
 		 389 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00426099  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  34.03 
 
 		 324 aa  145  7.0000000000000006e-34  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0941  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0498835  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.11 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.11 
 
 		 418 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1972  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  hitchhiker  0.00171417  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0990  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.315996  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.11 
 
 		 418 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1144  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00400001  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2494  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.94 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.272138  hitchhiker  0.00284641 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0984  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0667832  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  33.11 
 
 		 418 aa  144  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0884  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.94 
 
 		 389 aa  145  1e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00237971  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  32.86 
 
 		 316 aa  144  1e-33  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  37.1 
 
 		 350 aa  144  1e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4756  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 389 aa  143  3e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  32.78 
 
 		 389 aa  143  3e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  36.06 
 
 		 360 aa  143  4e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0264  hydrophobic amino acid ABC transporter permease/ATP-binding protein  31.64 
 
 		 389 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00136517  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  34.8 
 
 		 593 aa  143  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  38.62 
 
 		 293 aa  143  4e-33  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  32.91 
 
 		 463 aa  142  5e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.77 
 
 		 421 aa  142  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6413  inner-membrane translocator  31.35 
 
 		 389 aa  142  6e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>