More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4270 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4270  inner-membrane translocator  100 
 
 		 325 aa  637    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  65.33 
 
 		 332 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  62.42 
 
 		 351 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  60 
 
 		 333 aa  368  1e-101  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0759  inner-membrane translocator  66.56 
 
 		 330 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  64.85 
 
 		 355 aa  362  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5726  inner-membrane translocator  65.19 
 
 		 347 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.375427  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6090  inner-membrane translocator  65.19 
 
 		 347 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6573  inner-membrane translocator  64.87 
 
 		 347 aa  352  4e-96  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.176253  normal  0.0417549 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  62.94 
 
 		 319 aa  351  8e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3460  inner-membrane translocator  60 
 
 		 335 aa  336  3.9999999999999995e-91  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  60.47 
 
 		 322 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  60.47 
 
 		 322 aa  329  3e-89  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  55.86 
 
 		 339 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  55.86 
 
 		 339 aa  326  3e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4752  inner-membrane translocator  58.17 
 
 		 331 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  56.86 
 
 		 339 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3210  inner-membrane translocator  54.9 
 
 		 331 aa  264  2e-69  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.756428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  40.14 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3576  ABC transporter related  40.48 
 
 		 838 aa  182  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 337 aa  180  2e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  42.09 
 
 		 337 aa  180  2e-44  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  37.71 
 
 		 342 aa  178  1e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  35.26 
 
 		 314 aa  176  6e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  33.93 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  38.97 
 
 		 358 aa  170  3e-41  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  37.33 
 
 		 330 aa  170  4e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2899  ABC transporter related  39.87 
 
 		 852 aa  169  4e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0547  inner-membrane translocator  42.01 
 
 		 337 aa  169  6e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4701  ABC transporter related  39.55 
 
 		 840 aa  168  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.676085  normal  0.601296 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1795  inner-membrane translocator  38.51 
 
 		 338 aa  167  2e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.121113  hitchhiker  0.000132557 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  34.2 
 
 		 332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 306 aa  167  2.9999999999999998e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1818  inner-membrane translocator  38.04 
 
 		 313 aa  166  6.9999999999999995e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.62 
 
 		 331 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  37.55 
 
 		 309 aa  165  1.0000000000000001e-39  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 328 aa  164  1.0000000000000001e-39  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 342 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 334 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 314 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 328 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  40.29 
 
 		 339 aa  163  3e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 328 aa  163  5.0000000000000005e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2032  inner-membrane translocator  38.22 
 
 		 318 aa  163  5.0000000000000005e-39  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  38.7 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  36.97 
 
 		 322 aa  161  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6433  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 344 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0224691  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2139  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  38.04 
 
 		 313 aa  161  2e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 324 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3209  inner-membrane translocator  37.82 
 
 		 334 aa  159  5e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  34.59 
 
 		 324 aa  159  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3288  hypothetical protein  37.46 
 
 		 332 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.334199  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  36.15 
 
 		 323 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3340  transmembrane ABC transporter protein  38.85 
 
 		 328 aa  158  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0089  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.828472 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  37.09 
 
 		 315 aa  158  1e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0078  inner-membrane translocator  36.05 
 
 		 324 aa  158  1e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  33.66 
 
 		 343 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 323 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0010  inner-membrane translocator  34.81 
 
 		 318 aa  156  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.429526  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2932  inner-membrane translocator  35.51 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  36.63 
 
 		 323 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.3 
 
 		 323 aa  154  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0052  inner-membrane translocator  38.38 
 
 		 346 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.460999  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 323 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3269  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.33 
 
 		 324 aa  153  5e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.251109 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1713  inner-membrane translocator  36.66 
 
 		 332 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0542902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  37.63 
 
 		 361 aa  152  5.9999999999999996e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 339 aa  152  7e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.33 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  34.38 
 
 		 323 aa  151  1e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 337 aa  151  2e-35  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  35.05 
 
 		 652 aa  150  3e-35  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  38.41 
 
 		 304 aa  149  5e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2704  ABC transporter related  35.29 
 
 		 842 aa  149  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.565726  normal  0.530497 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1398  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 329 aa  149  9e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3779  inner-membrane translocator  37.01 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4643  ABC transporter related  42.39 
 
 		 840 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.343173  normal  0.0984598 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4062  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1605  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0196  putative branched-chain amino acid ABC transporter integral membrane subunit  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.47626  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3373  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5819  inner-membrane translocator  35.92 
 
 		 329 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.186482  normal  0.157265 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3988  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3516  inner-membrane translocator  36.14 
 
 		 344 aa  147  2.0000000000000003e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.1335 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2997  putative amino acid uptake ABC transporter, permease protein  37.16 
 
 		 324 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.801367  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3293  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  36.03 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.11625  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6725  inner-membrane translocator  36.08 
 
 		 329 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4025  inner-membrane translocator  36.03 
 
 		 332 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1285  inner-membrane translocator  34.75 
 
 		 326 aa  146  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.168466  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  38.11 
 
 		 330 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.15 
 
 		 298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.32 
 
 		 656 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3595  inner-membrane translocator  36.3 
 
 		 311 aa  145  8.000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.612179 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3327  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.82 
 
 		 324 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2809  ABC transporter related  35.14 
 
 		 625 aa  144  2e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.194078  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3518  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 332 aa  144  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.345477  normal  0.507962 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4219  inner-membrane translocator  35.11 
 
 		 335 aa  142  6e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>