More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5974 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5974  inner-membrane translocator  100 
 
 		 341 aa  674    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  68.62 
 
 		 324 aa  447  1.0000000000000001e-124  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  68.42 
 
 		 341 aa  410  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3979  ABC transporter permease  62.87 
 
 		 342 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212496 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  52.32 
 
 		 345 aa  310  2e-83  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  44.65 
 
 		 325 aa  225  7e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.74 
 
 		 328 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  35.71 
 
 		 315 aa  173  5e-42  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.12 
 
 		 339 aa  170  4e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 317 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  35.29 
 
 		 321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 332 aa  162  1e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  33.05 
 
 		 354 aa  162  1e-38  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 300 aa  160  4e-38  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 562 aa  158  1e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  35.46 
 
 		 332 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 318 aa  157  2e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 407 aa  157  2e-37  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 407 aa  156  5.0000000000000005e-37  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.17 
 
 		 325 aa  155  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  29.48 
 
 		 646 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  34.42 
 
 		 830 aa  153  4e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 376 aa  152  7e-36  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 328 aa  152  8e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 337 aa  152  1e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  33.74 
 
 		 326 aa  152  1e-35  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  34.48 
 
 		 358 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 		 307 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 349 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  28.77 
 
 		 646 aa  150  3e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.41 
 
 		 415 aa  150  4e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  31.66 
 
 		 311 aa  149  5e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 299 aa  149  6e-35  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 355 aa  149  6e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  35.94 
 
 		 350 aa  149  9e-35  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  35.31 
 
 		 832 aa  149  9e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.66 
 
 		 326 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 297 aa  147  2.0000000000000003e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 372 aa  147  2.0000000000000003e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  31 
 
 		 360 aa  147  2.0000000000000003e-34  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 357 aa  147  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  35.59 
 
 		 350 aa  147  3e-34  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  33.78 
 
 		 319 aa  147  3e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  35.59 
 
 		 350 aa  147  4.0000000000000006e-34  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  32.69 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  34.03 
 
 		 290 aa  146  6e-34  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 346 aa  145  8.000000000000001e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  35.74 
 
 		 358 aa  145  1e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 360 aa  144  1e-33  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  34.09 
 
 		 326 aa  144  2e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  35.25 
 
 		 330 aa  144  2e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  35.21 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  35.14 
 
 		 599 aa  141  9.999999999999999e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  33.22 
 
 		 321 aa  141  9.999999999999999e-33  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  28.35 
 
 		 643 aa  142  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  31.85 
 
 		 327 aa  142  9.999999999999999e-33  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  32.08 
 
 		 603 aa  140  1.9999999999999998e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 321 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0477  inner-membrane translocator  31.61 
 
 		 346 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.210882  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 347 aa  140  3.9999999999999997e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  33.86 
 
 		 358 aa  140  4.999999999999999e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  32.15 
 
 		 318 aa  139  6e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  32.63 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  27.73 
 
 		 663 aa  139  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  31.17 
 
 		 593 aa  138  1e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  32.6 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  33.01 
 
 		 313 aa  137  2e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 358 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  32.08 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  34.26 
 
 		 571 aa  138  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  31.05 
 
 		 647 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  30.16 
 
 		 401 aa  137  4e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  34.11 
 
 		 328 aa  136  4e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 297 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  30.15 
 
 		 593 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  34.12 
 
 		 350 aa  136  7.000000000000001e-31  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  35.87 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 345 aa  135  9e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  35.23 
 
 		 340 aa  135  9.999999999999999e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  27.52 
 
 		 606 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.21 
 
 		 317 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  31.13 
 
 		 582 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2187  inner-membrane translocator  33.82 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  34.58 
 
 		 336 aa  134  3e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.56 
 
 		 298 aa  133  3e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0670  inner-membrane translocator  32.1 
 
 		 335 aa  133  3.9999999999999996e-30  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 310 aa  133  5e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  32.57 
 
 		 299 aa  131  1.0000000000000001e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0384  ABC transporter related  31 
 
 		 614 aa  132  1.0000000000000001e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4551  inner-membrane translocator  31.7 
 
 		 314 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3499  ABC transporter related  30.74 
 
 		 616 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.44118  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3553  inner-membrane translocator  37.54 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  30.15 
 
 		 333 aa  131  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1517  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0006  inner-membrane translocator  29.17 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273042  hitchhiker  0.0000215345 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  28.95 
 
 		 454 aa  130  3e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0625  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 352 aa  130  4.0000000000000003e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.580095  normal  0.15639 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  33.99 
 
 		 314 aa  130  4.0000000000000003e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>