More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3979 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_3979  ABC transporter permease  100 
 
 		 342 aa  679    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00212496 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3659  inner-membrane translocator  88.89 
 
 		 341 aa  547  1e-154  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0261  inner-membrane translocator  63.81 
 
 		 324 aa  413  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5974  inner-membrane translocator  66.24 
 
 		 341 aa  378  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2501  inner-membrane translocator  55.49 
 
 		 345 aa  345  6e-94  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  43.32 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.9 
 
 		 339 aa  176  5e-43  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3838  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 315 aa  176  6e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.242692  normal  0.204744 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1863  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 321 aa  176  7e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  34.62 
 
 		 317 aa  176  7e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 337 aa  169  4e-41  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  33.98 
 
 		 407 aa  169  6e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6116  branched chain amino acid ABC transporter permease  34.63 
 
 		 332 aa  163  3e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.661138  normal  0.287958 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 319 aa  163  3e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1864  ABC transporter related  34.95 
 
 		 599 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0312  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 326 aa  162  6e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.950676  normal  0.481983 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 415 aa  160  2e-38  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 290 aa  161  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  34.32 
 
 		 407 aa  160  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4103  ABC transporter related  34.09 
 
 		 582 aa  160  3e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3500  inner-membrane translocator  36.86 
 
 		 358 aa  160  4e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.674248  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  32.27 
 
 		 332 aa  160  4e-38  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0354  inner-membrane translocator  36.31 
 
 		 311 aa  159  5e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.112024  normal  0.284931 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  35.07 
 
 		 562 aa  159  8e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4096  inner-membrane translocator  32.74 
 
 		 358 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.949458  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2754  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.33 
 
 		 325 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.129032  normal  0.265528 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0221  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  34.88 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.126663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0835  inner-membrane translocator  33.75 
 
 		 335 aa  157  2e-37  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0400978  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0828  inner-membrane translocator  34.04 
 
 		 350 aa  156  4e-37  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0944  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein, putative  33.69 
 
 		 350 aa  155  7e-37  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.223424  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3835  ABC transporter related  34.97 
 
 		 830 aa  155  7e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3708  branched chain amino acid ABC transporter ATPase/inner membrane protein  34.47 
 
 		 646 aa  155  8e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.400523  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_815  ABC-type branched-chain amino acid transport system, permease component  33.69 
 
 		 350 aa  155  9e-37  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.488573  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  34.52 
 
 		 349 aa  154  2e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1821  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 328 aa  154  2.9999999999999998e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2358  inner-membrane translocator  36.69 
 
 		 348 aa  153  4e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.165636  normal  0.556674 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2083  inner-membrane translocator ABC transporter  34.09 
 
 		 832 aa  153  4e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.27241 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3519  ABC transporter related  34.24 
 
 		 643 aa  152  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.971696  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1595  inner-membrane translocator  35.12 
 
 		 355 aa  153  5e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1732  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.33 
 
 		 326 aa  152  5.9999999999999996e-36  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 321 aa  152  1e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0643  inner-membrane translocator  33.94 
 
 		 347 aa  152  1e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2738  inner-membrane translocator  29.79 
 
 		 360 aa  151  1e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0913  ABC transporter related  33.08 
 
 		 646 aa  151  2e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3688  inner-membrane translocator  33.1 
 
 		 330 aa  151  2e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1839  inner-membrane translocator  32.42 
 
 		 350 aa  150  2e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0403  inner-membrane translocator  34.6 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0112  inner-membrane translocator  31.56 
 
 		 327 aa  150  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1482  inner-membrane translocator  34.47 
 
 		 360 aa  149  7e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3820  inner-membrane translocator  31.69 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0270491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 357 aa  149  1.0000000000000001e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3103  inner-membrane translocator  31.21 
 
 		 354 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 300 aa  148  2.0000000000000003e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4055  ABC transporter related  27.95 
 
 		 663 aa  147  2.0000000000000003e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2283  inner-membrane translocator  32.52 
 
 		 318 aa  147  2.0000000000000003e-34  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4795  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 319 aa  147  2.0000000000000003e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.341671  normal  0.137989 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0263  inner-membrane translocator  32.72 
 
 		 358 aa  145  7.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2363  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 325 aa  145  7.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0322104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3368  ABC transporter related  31.48 
 
 		 593 aa  145  1e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2722  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 358 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.285208  normal  0.425385 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3553  inner-membrane translocator  34.83 
 
 		 331 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0610  ABC transporter related  30.14 
 
 		 647 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4441  ABC transporter related  31.74 
 
 		 603 aa  144  2e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0366  inner-membrane translocator  32.06 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00000392686  unclonable  0.0000000558621 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 454 aa  144  3e-33  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  34.12 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4064  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  33.45 
 
 		 299 aa  143  4e-33  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  29.54 
 
 		 376 aa  142  6e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1850  inner-membrane translocator  31.43 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.2267  normal  0.119632 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0217  inner-membrane translocator  32.82 
 
 		 358 aa  142  7e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3769  ABC transporter related  31.48 
 
 		 593 aa  142  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.234407 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6491  ABC transporter related  34.32 
 
 		 608 aa  142  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.133272  normal  0.2359 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 		 298 aa  141  1.9999999999999998e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1004  inner-membrane translocator  34.46 
 
 		 333 aa  140  3e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0678  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 314 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.297461  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  28.94 
 
 		 389 aa  140  3e-32  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4939  inner-membrane translocator  33.87 
 
 		 358 aa  140  3.9999999999999997e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.408733  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0030  inner-membrane translocator  33.88 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1424  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 381 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.132982  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  31.07 
 
 		 327 aa  139  6e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  32.54 
 
 		 297 aa  139  8.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  31.31 
 
 		 401 aa  138  1e-31  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  30.09 
 
 		 318 aa  138  1e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.37 
 
 		 307 aa  138  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5395  inner-membrane translocator  29.08 
 
 		 463 aa  138  2e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.118271 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1652  inner-membrane translocator  30.71 
 
 		 336 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 315 aa  137  3.0000000000000003e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1836  ABC transporter related  33.33 
 
 		 648 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0483035  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3027  inner-membrane translocator  32.21 
 
 		 393 aa  137  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.56847  normal  0.739943 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.93 
 
 		 418 aa  136  5e-31  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  32.43 
 
 		 407 aa  136  6.0000000000000005e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.41 
 
 		 423 aa  136  6.0000000000000005e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0115  inner-membrane translocator  32 
 
 		 325 aa  136  6.0000000000000005e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0504  inner-membrane translocator  32.03 
 
 		 571 aa  136  7.000000000000001e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.92013  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1582  inner-membrane translocator  30.39 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0587  inner-membrane translocator  29.33 
 
 		 398 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1326  ABC transporter-like protein  32.77 
 
 		 590 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587882  normal  0.051365 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4062  ABC transporter related  30.6 
 
 		 606 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2318  ABC transporter related protein  29.97 
 
 		 589 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>