More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0838 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0838  inner-membrane translocator  100 
 
 		 345 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.825897  normal  0.140783 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3726  inner-membrane translocator  64.44 
 
 		 342 aa  374  1e-102  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2770  inner-membrane translocator  35.57 
 
 		 320 aa  171  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0631444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3133  inner-membrane translocator  35.95 
 
 		 322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2987  inner-membrane translocator  34.33 
 
 		 340 aa  159  1e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.465915  normal  0.488268 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0212  inner-membrane translocator  34.49 
 
 		 337 aa  158  2e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3651  inner-membrane translocator  35.89 
 
 		 335 aa  156  5.0000000000000005e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2893  inner-membrane translocator  34.8 
 
 		 652 aa  156  6e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0734  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  33.78 
 
 		 315 aa  152  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3087  inner-membrane translocator  36.53 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.878842  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1620  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 368 aa  150  3e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0617  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0657  inner-membrane translocator  36.33 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.558006  normal  0.165436 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4183  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 358 aa  148  1.0000000000000001e-34  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.708738  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6328  inner-membrane translocator  33.22 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.540674  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2122  inner-membrane translocator  35.53 
 
 		 304 aa  145  7.0000000000000006e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.589332 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3307  inner-membrane translocator  36.79 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0663  inner-membrane translocator  36.68 
 
 		 339 aa  142  7e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.722061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0079  inner-membrane translocator  36.88 
 
 		 361 aa  142  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6025  inner-membrane translocator  33.03 
 
 		 333 aa  141  1.9999999999999998e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1990  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.97086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4746  inner-membrane translocator  35.17 
 
 		 340 aa  141  1.9999999999999998e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.333311  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1050  inner-membrane translocator  33.13 
 
 		 328 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  34.14 
 
 		 317 aa  140  3e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0634  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 324 aa  139  7e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2952  inner-membrane translocator  34.08 
 
 		 333 aa  139  7.999999999999999e-32  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.211647 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4999  inner-membrane translocator  36.98 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3556  inner-membrane translocator  34.17 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0669576  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4209  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 346 aa  138  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0640071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3458  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 328 aa  138  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.494334  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1079  inner-membrane translocator  32.86 
 
 		 333 aa  137  2e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.710188  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4477  branched-chain amino acid inner-membrane translocator  32.99 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0364038  normal  0.0227687 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1448  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00412694  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1286  inner-membrane translocator  34.53 
 
 		 337 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.20936  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3735  putative branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.05 
 
 		 333 aa  136  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2458  inner-membrane translocator  31.14 
 
 		 318 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3407  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.64 
 
 		 298 aa  135  9.999999999999999e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000473911 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1905  inner-membrane translocator  34.86 
 
 		 338 aa  134  1.9999999999999998e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.802473 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4227  urea ABC transporter, permease protein UrtC  32.45 
 
 		 418 aa  134  3e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.338662  normal  0.246211 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3531  inner-membrane translocator  31.79 
 
 		 340 aa  133  3.9999999999999996e-30  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.696528 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5160  inner-membrane translocator  32 
 
 		 332 aa  132  6.999999999999999e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.767449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4108  inner-membrane translocator  34.21 
 
 		 361 aa  132  9e-30  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2025  inner-membrane translocator  34.36 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4109  inner-membrane translocator  34.27 
 
 		 325 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.648849 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1331  inner-membrane translocator  34.68 
 
 		 363 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.412363  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1935  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.14 
 
 		 333 aa  130  3e-29  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2564  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.22 
 
 		 355 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5953  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 343 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0291485  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4079  inner-membrane translocator  30.36 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1019  ABC transporter related  34.72 
 
 		 594 aa  130  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3483  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 328 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742895  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0021  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.67 
 
 		 323 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.901563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3911  inner-membrane translocator  33 
 
 		 323 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.658147  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6572  inner-membrane translocator  32.09 
 
 		 351 aa  130  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0236609  normal  0.0263346 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2332  inner-membrane translocator  32.18 
 
 		 324 aa  129  6e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.404854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2167  inner-membrane translocator  35.76 
 
 		 325 aa  129  8.000000000000001e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5859  inner-membrane translocator  30.68 
 
 		 342 aa  129  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0455278 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0936  branched chain amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.69 
 
 		 656 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0175058  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2868  inner-membrane translocator  32.96 
 
 		 330 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3759  hypothetical protein  30.42 
 
 		 322 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.232972  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6269  inner-membrane translocator  31.51 
 
 		 339 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3675  putative branched-chain amino acid transport system ATP-binding protein  30.6 
 
 		 632 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1675  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 314 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.675221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2951  inner-membrane translocator  31.97 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0213557  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2520  inner-membrane translocator  32.53 
 
 		 323 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1228  inner-membrane translocator  31.94 
 
 		 354 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0580355  normal  0.0656558 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 337 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1662  inner-membrane translocator  31.62 
 
 		 637 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1046  inner-membrane translocator  31.58 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3535  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.0298292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3164  inner-membrane translocator  30.18 
 
 		 324 aa  127  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.317947  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1205  inner-membrane translocator  35.79 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2558  ABC transporter permease  34.63 
 
 		 330 aa  126  5e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.30876 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4428  inner-membrane translocator  31.78 
 
 		 359 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0177  inner-membrane translocator  30.93 
 
 		 333 aa  126  6e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1805  inner-membrane translocator  36.43 
 
 		 337 aa  126  6e-28  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.50221  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0957  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 		 331 aa  125  7e-28  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.834531  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3829  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 322 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0010  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 309 aa  125  7e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00370487 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4906  inner-membrane translocator  31.36 
 
 		 322 aa  126  7e-28  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3367  inner-membrane translocator  30.59 
 
 		 342 aa  125  9e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  30.03 
 
 		 412 aa  125  9e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0733  ABC transporter related  34.36 
 
 		 597 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1583  inner-membrane translocator  31.83 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4887  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  32.09 
 
 		 359 aa  124  2e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.599919  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  29.17 
 
 		 423 aa  124  2e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0943  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3045  inner-membrane translocator  33.89 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.926794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 332 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0195  inner-membrane translocator  34.4 
 
 		 337 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  32.97 
 
 		 293 aa  124  3e-27  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1175  inner-membrane translocator  35.04 
 
 		 328 aa  124  3e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1439  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 330 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.674436  normal  0.355177 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2583  inner-membrane translocator  32.23 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.48452  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3800  inner-membrane translocator  34.25 
 
 		 343 aa  123  5e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4151  inner-membrane translocator  32.04 
 
 		 375 aa  123  5e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4752  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 331 aa  122  7e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4608  inner-membrane translocator  33.46 
 
 		 316 aa  122  9e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0085  inner-membrane translocator  34.95 
 
 		 324 aa  122  9e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2235  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 327 aa  122  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.344649  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>